seq1 = pF1KE3906.tfa, 1377 bp
seq2 = pF1KE3906/gi568815596r_174700119.tfa (gi568815596r:174700119_175052203), 352085 bp

>pF1KE3906 1377
>gi568815596r:174700119_175052203 (Chr2)

(complement)

1-19  (47292-47310)   100% ->
20-58  (100002-100040)   100% ->
59-114  (107261-107316)   100% ->
115-146  (133639-133670)   100% ->
147-260  (137033-137146)   100% ->
261-549  (174076-174364)   100% ->
550-627  (205247-205324)   100% ->
628-712  (227686-227770)   100% ->
713-886  (239722-239895)   100% ->
887-964  (240616-240693)   100% ->
965-1102  (243162-243299)   100% ->
1103-1208  (250392-250497)   100% ->
1209-1377  (251917-252085)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCTGACCCTGTTTG         ATACAGATGAATATAGACCTCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  47292 ATGGCCCTGACCCTGTTTGGTA...CAGATACAGATGAATATAGACCTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGTTTGGAAATCTTACT         TATATCAGCTACAACAGGAAGCCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100024 TGTTTGGAAATCTTACTGTA...CAGTATATCAGCTACAACAGGAAGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 CTCATCCTCGAAGAATTACCTGTACTTGCGAG         GTGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107285 CTCATCCTCGAAGAATTACCTGTACTTGCGAGGTG...TAGGTGGAAAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    124 AGACCAAAGTATTATGGAAGAGA         GTTTCATGGCATGATCTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 133648 AGACCAAAGTATTATGGAAGAGAGTA...TAGGTTTCATGGCATGATCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    165 CAGAGAAGCAGCCGACCAGCTCTTGATTGTGGCTGAGGGGAGCTACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137051 CAGAGAAGCAGCCGACCAGCTCTTGATTGTGGCTGAGGGGAGCTACCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 TCCGGGAGAGCCAGCGGCAGCCAGGGACCTACACTTTGGCTTTAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 137101 TCCGGGAGAGCCAGCGGCAGCCAGGGACCTACACTTTGGCTTTAAGGTT.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    261      ATTTGGAAGTCAAACCAGAAACTTCAGGCTCTACTACGATGGCAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137151 ..CAGATTTGGAAGTCAAACCAGAAACTTCAGGCTCTACTACGATGGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 GCACTTTGTTGGGGAGAAACGCTTTGAGTCCATCCACGATCTGGTGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174121 GCACTTTGTTGGGGAGAAACGCTTTGAGTCCATCCACGATCTGGTGACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 ATGGCTTGATTACTCTCTATATTGAAACCAAGGCAGCAGAATACATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174171 ATGGCTTGATTACTCTCTATATTGAAACCAAGGCAGCAGAATACATTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AAGATGACGATAAACCCAATTTATGAGCACGTAGGATACACAACCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174221 AAGATGACGATAAACCCAATTTATGAGCACGTAGGATACACAACCTTAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAGAGAGCCAGCATACAAAAAACATATGCCAGTCCTGAAAGAGACACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174271 CAGAGAGCCAGCATACAAAAAACATATGCCAGTCCTGAAAGAGACACATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATGAGAGAGATTCTACAGGCCAGGATGGGGTGTCAGAGAAAAGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 174321 ATGAGAGAGATTCTACAGGCCAGGATGGGGTGTCAGAGAAAAGGGTA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550    TTGACATCACTTGTTAGAAGAGCAACTCTGAAAGAAAACGAGCAAAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205244 CAGTTGACATCACTTGTTAGAAGAGCAACTCTGAAAGAAAACGAGCAAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TCCAAAATATGAAAAGATTCACAATTTCAAG         GTGCATACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 205294 TCCAAAATATGAAAAGATTCACAATTTCAAGGTA...CAGGTGCATACAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TCAGAGGGCCACACTGGTGTGAATACTGTGCCAACTTTATGTGGGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227696 TCAGAGGGCCACACTGGTGTGAATACTGTGCCAACTTTATGTGGGGTCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATTGCTCAGGGAGTGAAATGTGCAG         ATTGTGGTTTGAATGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 227746 ATTGCTCAGGGAGTGAAATGTGCAGGTA...TAGATTGTGGTTTGAATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TCATAAGCAGTGTTCCAAGATGGTCCCAAATGACTGTAAGCCAGACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239738 TCATAAGCAGTGTTCCAAGATGGTCCCAAATGACTGTAAGCCAGACTTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGCATGTCAAAAAGGTGTACAGCTGTGACCTTACGACGCTCGTGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239788 AGCATGTCAAAAAGGTGTACAGCTGTGACCTTACGACGCTCGTGAAAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CATACCACTAAGCGGCCAATGGTGGTAGACATGTGCATCAGGGAGATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239838 CATACCACTAAGCGGCCAATGGTGGTAGACATGTGCATCAGGGAGATTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GTCTAGAG         GTCTTAATTCTGAAGGACTATACCGAGTATCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 239888 GTCTAGAGGTG...CAGGTCTTAATTCTGAAGGACTATACCGAGTATCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GATTTAGTGACCTAATTGAAGATGTCAAGATGGCTTTCGACAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 240649 GATTTAGTGACCTAATTGAAGATGTCAAGATGGCTTTCGACAGAGGTA..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965     ATGGTGAGAAGGCAGATATTTCTGTGAACATGTATGAAGATATCAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240699 .AAGATGGTGAGAAGGCAGATATTTCTGTGAACATGTATGAAGATATCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CATTATCACTGGTGCACTTAAACTGTACTTCAGGGATTTGCCAATTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243208 CATTATCACTGGTGCACTTAAACTGTACTTCAGGGATTTGCCAATTCCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TCATTACATATGATGCCTACCCTAAGTTTATAGAATCTGCCA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 243258 TCATTACATATGATGCCTACCCTAAGTTTATAGAATCTGCCAGTA...TA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1103  AAATTATGGATCCGGATGAGCAATTGGAAACCCTTCATGAAGCACTGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250391 GAAATTATGGATCCGGATGAGCAATTGGAAACCCTTCATGAAGCACTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 ACTACTGCCACCTGCTCACTGCGAAACCCTCCGGTACCTCATGGCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250441 ACTACTGCCACCTGCTCACTGCGAAACCCTCCGGTACCTCATGGCACATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TAAAGAG         AGTGACCCTCCACGAAAAGGAGAATCTTATGAAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250491 TAAAGAGGCA...CAGAGTGACCCTCCACGAAAAGGAGAATCTTATGAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GCAGAGAACCTTGGAATCGTCTTTGGACCCACCCTTATGAGATCTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251951 GCAGAGAACCTTGGAATCGTCTTTGGACCCACCCTTATGAGATCTCCAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 ACTAGACGCCATGGCTGCATTGAATGATATACGGTATCAGAGACTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252001 ACTAGACGCCATGGCTGCATTGAATGATATACGGTATCAGAGACTGGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .
   1343 TGGAGCTGCTTATCAAAAACGAAGACATTTTATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252051 TGGAGCTGCTTATCAAAAACGAAGACATTTTATTT