seq1 = pF1KE3905.tfa, 1335 bp
seq2 = pF1KE3905/gi568815588r_5666009.tfa (gi568815588r:5666009_5913258), 247250 bp

>pF1KE3905 1335
>gi568815588r:5666009_5913258 (Chr10)

(complement)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-153  (112554-112661)   100% ->
154-253  (116397-116496)   100% ->
254-388  (118240-118374)   100% ->
389-587  (127209-127407)   100% ->
588-719  (127986-128117)   100% ->
720-819  (139318-139417)   100% ->
820-991  (144875-145046)   100% ->
992-1136  (146621-146765)   100% ->
1137-1191  (146964-147018)   100% ->
1192-1335  (147107-147250)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGAGGAGTACGACGTGATCGTGCTGGGCACCGGCCTGACG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGAATGAGGAGTACGACGTGATCGTGCTGGGCACCGGCCTGACGGTG..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GAATGTATCCTGTCAGGTATAATGTCAGTGAATGGCAAGAAAGTTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .TAGGAATGTATCCTGTCAGGTATAATGTCAGTGAATGGCAAGAAAGTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCATATGGATCGAAACCCTTACTACGGAGGAGAGAGTGCATCTATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112600 TTCATATGGATCGAAACCCTTACTACGGAGGAGAGAGTGCATCTATAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCATTGGAAGAT         TTATACAAAAGATTTAAAATACCAGGATC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112650 CCATTGGAAGATGTA...TAGTTATACAAAAGATTTAAAATACCAGGATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACCACCCGAGTCAATGGGGAGAGGAAGAGACTGGAATGTTGACTTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116426 ACCACCCGAGTCAATGGGGAGAGGAAGAGACTGGAATGTTGACTTGATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAAGTTCCTTATGGCTAATG         GTCAGCTGGTTAAGATGCTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 116476 CCAAGTTCCTTATGGCTAATGGTA...TAGGTCAGCTGGTTAAGATGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTTTATACAGAGGTAACTCGCTATCTGGATTTTAAAGTGACTGAAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118260 CTTTATACAGAGGTAACTCGCTATCTGGATTTTAAAGTGACTGAAGGGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTTGTCTATAAGGGTGGAAAAATCTACAAGGTTCCTTCCACTGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118310 CTTTGTCTATAAGGGTGGAAAAATCTACAAGGTTCCTTCCACTGAAGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGCCCTGGCATCTA         GCCTAATGGGATTGTTTGAAAAACGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 118360 AAGCCCTGGCATCTAGTA...TAGGCCTAATGGGATTGTTTGAAAAACGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGCTTCAGGAAATTCCTAGTGTATGTTGCCAACTTCGATGAAAAAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127235 CGCTTCAGGAAATTCCTAGTGTATGTTGCCAACTTCGATGAAAAAGATCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAGAACTTTTGAAGGCATTGATCCTAAGAAGACCACAATGCGAGATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127285 AAGAACTTTTGAAGGCATTGATCCTAAGAAGACCACAATGCGAGATGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATAAGAAATTTGATTTGGGTCAAGACGTTATAGATTTTACTGGTCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127335 ATAAGAAATTTGATTTGGGTCAAGACGTTATAGATTTTACTGGTCATGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTTGCACTTTACAGAACTGATGA         TTACTTAGATCAACCGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 127385 CTTGCACTTTACAGAACTGATGAGTA...CAGTTACTTAGATCAACCGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTATGAAACCATTAATAGAATTAAACTTTACAGTGAATCTTTGGCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128004 TTATGAAACCATTAATAGAATTAAACTTTACAGTGAATCTTTGGCAAGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGGCAAAAGCCCATACCTTTATCCACTCTATGGCCTTGGAGAACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128054 ATGGCAAAAGCCCATACCTTTATCCACTCTATGGCCTTGGAGAACTGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAAGGATTTGCAAG         GCTAAGTGCTATTTATGGAGGTACCTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 128104 CAAGGATTTGCAAGGTA...CAGGCTAAGTGCTATTTATGGAGGTACCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TATGCTGAATAAACCCATTGAAGAAATCATTGTACAGAATGGAAAAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139345 TATGCTGAATAAACCCATTGAAGAAATCATTGTACAGAATGGAAAAGTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGGTGTAAAATCTGAAGGAGAA         ATTGCTCGCTGTAAGCAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 139395 TTGGTGTAAAATCTGAAGGAGAAGTA...TAGATTGCTCGCTGTAAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTCATCTGTGACCCCAGCTACGTAAAAGATCGGGTAGAAAAAGTGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144893 CTCATCTGTGACCCCAGCTACGTAAAAGATCGGGTAGAAAAAGTGGGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGTGATCAGAGTTATTTGCATCCTCAGCCACCCCATCAAGAACACCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144943 GGTGATCAGAGTTATTTGCATCCTCAGCCACCCCATCAAGAACACCAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGCCAACTCCTGCCAGATCATTATTCCACAGAACCAAGTCAATCGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144993 ATGCCAACTCCTGCCAGATCATTATTCCACAGAACCAAGTCAATCGAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCAG         ATATCTACGTCTGCATGATCTCCTTTGCGCACAATGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145043 TCAGGTG...TAGATATCTACGTCTGCATGATCTCCTTTGCGCACAATGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGCAGCACAAGGGAAGTACATTGCTATAGTTAGTACAACTGTGGAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146658 AGCAGCACAAGGGAAGTACATTGCTATAGTTAGTACAACTGTGGAAACCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGAGCCTGAGAAGGAAATCAGACCAGCTTTGGAGCTCTTGGAACCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146708 AGGAGCCTGAGAAGGAAATCAGACCAGCTTTGGAGCTCTTGGAACCAATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAACAGAA         ATTTGTTAGCATCAGTGACCTCCTGGTACCAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 146758 GAACAGAAGTG...CAGATTTGTTAGCATCAGTGACCTCCTGGTACCAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGACTTGGGAACAGAAAGCCAG         ATCTTTATTTCCCGCACAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 146997 AGACTTGGGAACAGAAAGCCAGGTG...CAGATCTTTATTTCCCGCACAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATGATGCCACCACTCATTTTGAGACAACGTGTGATGACATTAAAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147126 ATGATGCCACCACTCATTTTGAGACAACGTGTGATGACATTAAAAACATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TATAAGAGGATGACAGGATCAGAGTTTGACTTTGAGGAAATGAAGCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147176 TATAAGAGGATGACAGGATCAGAGTTTGACTTTGAGGAAATGAAGCGCAA

   1400     .    :    .    :    .
   1311 GAAGAATGACATCTATGGGGAAGAC
        |||||||||||||||||||||||||
 147226 GAAGAATGACATCTATGGGGAAGAC