seq1 = pF1KE3902.tfa, 543 bp
seq2 = pF1KE3902/gi568815586r_101296398.tfa (gi568815586r:101296398_101505982), 209585 bp

>pF1KE3902 543
>gi568815586r:101296398_101505982 (Chr12)

(complement)

1-142  (99998-100139)   98% ->
143-224  (103037-103118)   100% ->
225-336  (104810-104921)   100% ->
337-515  (109406-109584)   100% ->
516-543  (110313-110340)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGGCTTTTTCTCAAGTATATTTTCCAGTCTGTTTGGAACTCGGGA
         | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 TTAGGTGGCTTTTTCTCAAGTATATTTTCCAGTCTGTTTGGAACTCGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATGAGAATTTTAATTTTGGGATTAGATGGAGCAGGAAAAACCACAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 AATGAGAATTTTAATTTTGGGATTAGATGGAGCAGGAAAAACCACAATTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTACAGATTACAAGTGGGAGAAGTTGTTACTACTATACCTA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100098 TGTACAGATTACAAGTGGGAGAAGTTGTTACTACTATACCTAGTA...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  CCATTGGATTTAATGTAGAGACGGTGACGTACAAAAACCTTAAATTCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103036 GCCATTGGATTTAATGTAGAGACGGTGACGTACAAAAACCTTAAATTCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTCTGGGATTTAGGAGGACAGACAAGTATCAG         GCCATACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103086 AGTCTGGGATTTAGGAGGACAGACAAGTATCAGGTA...TAGGCCATACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGAGATGTTACTATTCAAACACAGATGCAGTCATTTATGTAGTAGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104818 GGAGATGTTACTATTCAAACACAGATGCAGTCATTTATGTAGTAGACAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGTGACCGAGACCGAATTGGCATTTCCAAATCAGAGTTAGTTGCCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104868 TGTGACCGAGACCGAATTGGCATTTCCAAATCAGAGTTAGTTGCCATGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAG         GAAGAAGAGCTGAGAAAAGCCATTTTAGTGGTGTTTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104918 GGAGGTA...TAGGAAGAAGAGCTGAGAAAAGCCATTTTAGTGGTGTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAAATAAACAGGACATGGAACAGGCCATGACTTCCTCAGAGATGGCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109443 CAAATAAACAGGACATGGAACAGGCCATGACTTCCTCAGAGATGGCAAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCACTTGGGTTACCTGCCTTGAAGGACCGAAAATGGCAGATATTCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109493 TCACTTGGGTTACCTGCCTTGAAGGACCGAAAATGGCAGATATTCAAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTCAGCAACCAAAGGCACCGGCCTTGATGAGGCAATGGAATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109543 GTCAGCAACCAAAGGCACCGGCCTTGATGAGGCAATGGAATGGCA...CA

    550     .    :    .    :    .
    516  GTTAGTTGAAACATTAAAAAGCAGACAG
        >||||||||||||||||||||||||||||
 110312 GGTTAGTTGAAACATTAAAAAGCAGACAG