seq1 = pF1KE3896.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KE3896/gi568815578f_58552007.tfa (gi568815578f:58552007_58776288), 224282 bp

>pF1KE3896 975
>gi568815578f:58552007_58776288 (Chr20)

1-140  (100001-100136)   97% ->
141-252  (115484-115591)   96% ->
253-393  (115981-116121)   100% ->
394-556  (117285-117447)   100% ->
557-648  (118506-118597)   100% ->
649-792  (119148-119291)   100% ->
793-873  (121625-121705)   100% ->
874-975  (124181-124282)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCAGGCGTTTAACCGACGCTTTCTTGTTGTTGCGGAATAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCAGGCGTTTAACCGACGCTTTCTTGTTGTTGCGGAATAATTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCCAAAACCGGCAGCTGTTAGCCGAGCAAGTGAGTAGTCACATCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCCAAAACCGGCAGCTGTTAGCCGAGCAAGTGAGTAGTCACATCACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGCCCTCTGCATTCACGTAGCATTGCTGCGGAGCTGGA         C
        |||||||||||||||||||||||||||||||||---||-|>>>...>>>-
 100101 CCAGCCCTCTGCATTCACGTAGCATTGCTGCGG   TG AGTC...TAG 

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCTTGCTGATGACCGTATGGCACTGGTGTCAGGCATCAGCTTAGATCC
        ---|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115484    CTTGCTGATGACCGTATGGCACTGGTGTCAGGCATCAGCTTAGATCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAAGCAGCGATTGGTGTGACAAAACGGCCACCTCCTAAGTGGGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115531 AGAAGCAGCGATTGGTGTGACAAAACGGCCACCTCCTAAGTGGGTGGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGTGGATGAA         ATTCAGTATGATGTTGGCCGGATTAAGCAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 115581 GAGTGGATGAAGTA...TAGATTCAGTATGATGTTGGCCGGATTAAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGATGAAAGAATTGGCCAGCCTTCATGACAAGCATTTAAACAGACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116011 AAGATGAAAGAATTGGCCAGCCTTCATGACAAGCATTTAAACAGACCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTGGATGACAGCAGCGAAGAGGAACATGCCATTGAGATAACTACCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116061 CCTGGATGACAGCAGCGAAGAGGAACATGCCATTGAGATAACTACCCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGATCACTCAG         CTCTTCCACAGGTGCCAGCGTGCCGTGCAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 116111 AGATCACTCAGGTG...TAGCTCTTCCACAGGTGCCAGCGTGCCGTGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCCTGCCGAGCCGGGCCCGGGCCTGCTCCGAGCAGGAGGGGCGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117315 GCCCTGCCGAGCCGGGCCCGGGCCTGCTCCGAGCAGGAGGGGCGGCTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGGAACGTGGTGGCCTCGCTGGCGCAGGCCCTGCAGGAACTCTCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117365 TGGGAACGTGGTGGCCTCGCTGGCGCAGGCCCTGCAGGAACTCTCCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCTTCCGGCACGCACAGTCAGGCTACCTCAAAC         GCATGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 117415 GCTTCCGGCACGCACAGTCAGGCTACCTCAAACGTG...TAGGCATGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATCGAGAGGAAAGATCCCAGCATTTTTTCGACACATCAGTACCACTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118514 AATCGAGAGGAAAGATCCCAGCATTTTTTCGACACATCAGTACCACTAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGATGATGGAGACGATAACACTCTTTACCATCGG         GGTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118564 GGATGATGGAGACGATAACACTCTTTACCATCGGGTA...TAGGGTTTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGAGGACCAGTTAGTTCTGGTGGAGCAGAACACACTGATGGTGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119155 CAGAGGACCAGTTAGTTCTGGTGGAGCAGAACACACTGATGGTGGAAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGGGAACGAGAGATTCGCCAGATTGTACAGTCCATTTCTGACCTGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119205 CGGGAACGAGAGATTCGCCAGATTGTACAGTCCATTTCTGACCTGAATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AATATTCAGGGACTTAGGGGCGATGATTGTAGAACAG         GGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 119255 AATATTCAGGGACTTAGGGGCGATGATTGTAGAACAGGTA...TAGGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAGTCCTTGACAGAATTGACTATAACGTTGAACAGTCCTGTATCAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121629 CAGTCCTTGACAGAATTGACTATAACGTTGAACAGTCCTGTATCAAAACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAGATGGTTTGAAACAGCTTCACAAG         GCAGAACAGTATCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 121679 GAAGATGGTTTGAAACAGCTTCACAAGGTA...TAGGCAGAACAGTATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAAGAAGAATCGGAAGATGCTTGTGATTTTAATATTATTTGTCATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124195 AAAGAAGAATCGGAAGATGCTTGTGATTTTAATATTATTTGTCATCATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .
    938 TTGTGCTCATTGTTGTCCTCGTTGGCGTGAAGTCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124245 TTGTGCTCATTGTTGTCCTCGTTGGCGTGAAGTCTCGA