seq1 = pF1KE3892.tfa, 459 bp
seq2 = pF1KE3892/gi568815575r_48196816.tfa (gi568815575r:48196816_48511372), 314557 bp

>pF1KE3892 459
>gi568815575r:48196816_48511372 (ChrX)

1-69  (187239-187307)   100% ->
70-184  (187746-187860)   100% ->
185-280  (188537-188632)   100% ->
281-330  (190496-190545)   100% ->
331-435  (195054-195158)   100% ->
436-459  (195941-195964)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGGAGACGACGCCTTTGCAAGGAGACCCAGGGATGATGCTCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187239 ATGAACGGAGACGACGCCTTTGCAAGGAGACCCAGGGATGATGCTCAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCAGAGAAGTTACGAAAG         GCCTTCGATGATATTGCCAAAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 187289 ATCAGAGAAGTTACGAAAGGTG...CAGGCCTTCGATGATATTGCCAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTTCTCTAAGAAAGAGTGGGAAAAGATGAAATCCTCGGAGAAAATCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187768 ACTTCTCTAAGAAAGAGTGGGAAAAGATGAAATCCTCGGAGAAAATCGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGTGTATATGAAGCTAAACTATGAGGTCATGACTAAACTAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 187818 TATGTGTATATGAAGCTAAACTATGAGGTCATGACTAAACTAGGTA...T

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    185   GTTTCAAGGTCACCCTCCCACCTTTCATGCGTAGTAAACGGGCTGCAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188535 AGGTTTCAAGGTCACCCTCCCACCTTTCATGCGTAGTAAACGGGCTGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTTCCACGGGAATGATTTTGGTAACGATCGAAACCACAGGAATCAGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 188585 ACTTCCACGGGAATGATTTTGGTAACGATCGAAACCACAGGAATCAGGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    281        TTGAACGTCCTCAGATGACTTTCGGCAGCCTCCAGAGAATCTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188635 G...CAGTTGAACGTCCTCAGATGACTTTCGGCAGCCTCCAGAGAATCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCGAAG         GACCCAAAAGGGGGAAACATGCCTGGACCCACAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190539 CCCGAAGGTG...TAGGACCCAAAAGGGGGAAACATGCCTGGACCCACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACTGCGTGAGAGAAAGCAGCTGGTGGTTTATGAAGAGATCAGCGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195088 ACTGCGTGAGAGAAAGCAGCTGGTGGTTTATGAAGAGATCAGCGACCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGGAAGATGACGAGTAACTCC         CCTCGGGGATATGACACATG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 195138 AGGAAGATGACGAGTAACTCCGTA...CAGCCTCGGGGATATGACACATG

    500 
    456 CCCA
        ||||
 195961 CCCA