seq1 = pF1KE3890.tfa, 1917 bp
seq2 = pF1KE3890/gi568815592f_47403279.tfa (gi568815592f:47403279_47724224), 320946 bp

>pF1KE3890 1917
>gi568815592f:47403279_47724224 (Chr6)

1-165  (99998-100162)   98% ->
166-319  (130324-130477)   100% ->
320-420  (141328-141428)   100% ->
421-541  (151368-151488)   100% ->
542-729  (170786-170973)   100% ->
730-808  (173246-173324)   100% ->
809-903  (173731-173825)   100% ->
904-1008  (176107-176211)   100% ->
1009-1045  (177586-177622)   100% ->
1046-1108  (178725-178787)   100% ->
1109-1274  (192583-192748)   100% ->
1275-1417  (196023-196165)   100% ->
1418-1530  (202887-202999)   100% ->
1531-1632  (204649-204750)   100% ->
1633-1814  (205845-206026)   100% ->
1815-1878  (209195-209258)   100% ->
1879-1917  (220908-220946)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTGACTATATTGTGGAGTATGACTATGATGCTGTACATGATGATGA
         | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 TTAGTTGACTATATTGTGGAGTATGACTATGATGCTGTACATGATGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTAACTATTCGAGTTGGAGAAATCATCAGGAATGTGAAAAAGCTACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 ATTAACTATTCGAGTTGGAGAAATCATCAGGAATGTGAAAAAGCTACAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAAGGGTGGCTGGAAGGAGAACTAAATGGGAGAAGAGGAATGTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 AGGAAGGGTGGCTGGAAGGAGAACTAAATGGGAGAAGAGGAATGTTCCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACAATTTCGTTAAG         GAAATTAAAAGAGAGACGGAATTCAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100148 GACAATTTCGTTAAGGTA...TAGGAAATTAAAAGAGAGACGGAATTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGATGACAGTTTGCCCATCAAACGGGAAAGGCATGGGAATGTAGCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130350 GGATGACAGTTTGCCCATCAAACGGGAAAGGCATGGGAATGTAGCAAGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGTACAACGAATAAGCACCTATGGACTTCCAGCTGGAGGAATTCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130400 TTGTACAACGAATAAGCACCTATGGACTTCCAGCTGGAGGAATTCAGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CATCCACAAACCAAAAACATTAAGAAGA         AGACCAAGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 130450 CATCCACAAACCAAAAACATTAAGAAGAGTA...TAGAGACCAAGAAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCAGTGTAAAGTTCTTTTTGAGTACATTCCACAAAATGAGGATGAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141341 TCAGTGTAAAGTTCTTTTTGAGTACATTCCACAAAATGAGGATGAACTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCTGAAAGTGGGAGATATTATTGATATTAATGAAGAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 141391 AGCTGAAAGTGGGAGATATTATTGATATTAATGAAGAGGTA...CAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAGAAGGCTGGTGGAGTGGAACCCTGAATAACAAGTTGGGACTGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151371 GAAGAAGGCTGGTGGAGTGGAACCCTGAATAACAAGTTGGGACTGTTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCAAATTTTGTGAAAGAATTAGAGGTAACAGATGATGGTGAAACTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151421 CTCAAATTTTGTGAAAGAATTAGAGGTAACAGATGATGGTGAAACTCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGCCCAGGACGATTCAG         AAACTGTTTTGGCTGGGCCTACT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 151471 AAGCCCAGGACGATTCAGGTA...CAGAAACTGTTTTGGCTGGGCCTACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCACCTATACCTTCTCTGGGAAATGTGAGTGAAACTGCATCTGGATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170809 TCACCTATACCTTCTCTGGGAAATGTGAGTGAAACTGCATCTGGATCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TACACAGCCAAAGAAAATTCGAGGAATTGGATTTGGAGACATTTTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170859 TACACAGCCAAAGAAAATTCGAGGAATTGGATTTGGAGACATTTTTAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGGCTCTGTGAAACTTCGGACAAGAACATCCAGTAGTGAAACAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170909 AAGGCTCTGTGAAACTTCGGACAAGAACATCCAGTAGTGAAACAGAAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAAAAACCAGAAAAG         CCCTTAATCCTACAGTCACTGGGACC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 170959 AAAAAACCAGAAAAGGTG...TAGCCCTTAATCCTACAGTCACTGGGACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAAAACTCAGAGTGTGGAGATAACAAAAACAGATACCGAAGGTAAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173272 CAAAACTCAGAGTGTGGAGATAACAAAAACAGATACCGAAGGTAAAATTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAG         CTAAAGAATATTGTAGAACATTATTTGCCTATGAAGGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173322 AAGGTA...CAGCTAAAGAATATTGTAGAACATTATTTGCCTATGAAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACTAATGAAGATGAACTTACTTTTAAAGAGGGGGAGATAATCCATTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173769 ACTAATGAAGATGAACTTACTTTTAAAGAGGGGGAGATAATCCATTTGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AAGTAAG         GAGACTGGAGAAGCTGGCTGGTGGAGGGGCGAAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173819 AAGTAAGGTA...TAGGAGACTGGAGAAGCTGGCTGGTGGAGGGGCGAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTAATGGTAAAGAAGGAGTATTTCCAGACAATTTTGCTGTCCAGATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176141 TTAATGGTAAAGAAGGAGTATTTCCAGACAATTTTGCTGTCCAGATAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAACTTGATAAAGACTTTCCA         AAACCAAAGAAACCACCACC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 176191 GAACTTGATAAAGACTTTCCAGTA...CAGAAACCAAAGAAACCACCACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TCCTGCTAAGGCTCCAG         CTCCAAAGCCTGAACTGATAGCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 177606 TCCTGCTAAGGCTCCAGGTA...TAGCTCCAAAGCCTGAACTGATAGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CAGAGAAGAAATATTTTTCTTTAAAGCCTGAAGAAAAGG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 178749 CAGAGAAGAAATATTTTTCTTTAAAGCCTGAAGAAAAGGGTG...TAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAAAAATCAACACTGGAACAGAAACCTTCTAAACCAGCAGCTCCACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192585 GAAAAATCAACACTGGAACAGAAACCTTCTAAACCAGCAGCTCCACAAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCCACCCAAGAAACCTACTCCACCTACCAAAGCCAGTAATTTACTGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192635 CCCACCCAAGAAACCTACTCCACCTACCAAAGCCAGTAATTTACTGAGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTTCTGGAACAGTGTACCCAAAGCGACCTGAAAAACCAGTTCCTCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192685 CTTCTGGAACAGTGTACCCAAAGCGACCTGAAAAACCAGTTCCTCCACCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CCTCCTATAGCCAA         GATTAATGGGGAAGTTTCTAGCATTTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 192735 CCTCCTATAGCCAAGTA...CAGGATTAATGGGGAAGTTTCTAGCATTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ATCAAAATTTGAAACTGAGCCAGTATCAAAACTAAAGCTAGATTCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196050 ATCAAAATTTGAAACTGAGCCAGTATCAAAACTAAAGCTAGATTCTGAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGCTGCCCCTTAGACCAAAATCAGTAGACTTTGATTCACTTACAGTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196100 AGCTGCCCCTTAGACCAAAATCAGTAGACTTTGATTCACTTACAGTAAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACCTCCAAAGAAACAG         ATGTTGTAAATTTTGATGACATAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 196150 ACCTCCAAAGAAACAGGTA...TAGATGTTGTAAATTTTGATGACATAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TTCCTCAGAAAACTTGCTTCATCTCACTGCAAATAGACCAAAGATGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202912 TTCCTCAGAAAACTTGCTTCATCTCACTGCAAATAGACCAAAGATGCCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GAAGAAGGTTGCCGGGCCGTTTCAATGGTGGACATTCT         CCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 202962 GAAGAAGGTTGCCGGGCCGTTTCAATGGTGGACATTCTGTG...TAGCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ACTCACAGCCCCGAAAAAATCTTGAAGTTACCAAAAGAAGAAGACAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204652 ACTCACAGCCCCGAAAAAATCTTGAAGTTACCAAAAGAAGAAGACAGTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CAACCTGAAGCCATCTGAATTAAAAAAAGATACATGCTACTCTCCAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 204702 CAACCTGAAGCCATCTGAATTAAAAAAAGATACATGCTACTCTCCAAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633         CCATCTGTGTACCTTTCAACACCTTCCAGTGCTTCTAAAGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204752 TG...CAGCCATCTGTGTACCTTTCAACACCTTCCAGTGCTTCTAAAGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 AATACAACTGCTTTCCTGACTCCATTAGAAATCAAAGCTAAAGTGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205887 AATACAACTGCTTTCCTGACTCCATTAGAAATCAAAGCTAAAGTGGAAAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AGATGATGTGAAAAAAAATTCCCTGGATGAACTTAGAGCCCAGATTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205937 AGATGATGTGAAAAAAAATTCCCTGGATGAACTTAGAGCCCAGATTATTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AATTGTTGTGCATTGTAGAAGCACTGAAAAAGGATCACGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 205987 AATTGTTGTGCATTGTAGAAGCACTGAAAAAGGATCACGGGTA...TAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 AAAGAACTGGAAAAACTGCGAAAAGATTTGGAAGAAGAGAAGACAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209196 AAAGAACTGGAAAAACTGCGAAAAGATTTGGAAGAAGAGAAGACAATGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 AAGTAATCTAGAG         ATGGAAATAGAGAAGCTGAAAAAAGCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 209246 AAGTAATCTAGAGGTA...TAGATGGAAATAGAGAAGCTGAAAAAAGCTG

   2050     .    :
   1907 TCCTGTCTTCT
        |||||||||||
 220936 TCCTGTCTTCT