seq1 = pF1KE3880.tfa, 1137 bp
seq2 = pF1KE3880/gi568815583f_58671396.tfa (gi568815583f:58671396_58921824), 250429 bp

>pF1KE3880 1137
>gi568815583f:58671396_58921824 (Chr15)

1-840  (100001-100840)   100% ->
841-898  (116511-116568)   100% ->
899-963  (130918-130982)   100% ->
964-1020  (138835-138891)   100% ->
1021-1137  (150322-150436)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGCAGCCCCGAGAGCCTGCAGCCGCTAGAACACGGGGTGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGCAGCCCCGAGAGCCTGCAGCCGCTAGAACACGGGGTGGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGCCAGCGTCAGGGACAGGTTCTTCGCAGGAAGGGCTACAGGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGCCAGCGTCAGGGACAGGTTCTTCGCAGGAAGGGCTACAGGAGACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTCGCCGCTGGTGATGGTCCTGGGGTATGGGCGGCGGAGACCAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCTCGCCGCTGGTGATGGTCCTGGGGTATGGGCGGCGGAGACCAGCGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGAATGGGCTGGGGGCGGCGGCCGCCAGGAGGAGCCTCCCGGACTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGAATGGGCTGGGGGCGGCGGCCGCCAGGAGGAGCCTCCCGGACTCGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTCTCCCGCGGGCTCTCCTGAGGTTCCCGGACCCTGCAGCTCCTCCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTCTCCCGCGGGCTCTCCTGAGGTTCCCGGACCCTGCAGCTCCTCCGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTTTGGACTTGAAGGACAGTGGTTTGGAGAGTCCTGCTGCCGCCGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTTTGGACTTGAAGGACAGTGGTTTGGAGAGTCCTGCTGCCGCCGAGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCTCTGAGAGGGCAGTACAAGGTGACCGCCTCCCCGGAGACAGCCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCTCTGAGAGGGCAGTACAAGGTGACCGCCTCCCCGGAGACAGCCGTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGAGTGGGTCATGAGTTGGGTACCGCCGGAGACGCGGGAGCCCGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGAGTGGGTCATGAGTTGGGTACCGCCGGAGACGCGGGAGCCCGCCCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATCTCGCCGGCACCTGCCAAGCAGAACTGACCGCCGCCGGCTCCGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATCTCGCCGGCACCTGCCAAGCAGAACTGACCGCCGCCGGCTCCGAAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCCAGCAGCGCCGGCGGCCTCAGCAGCAGTTGCAGCGACCCGAGCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCCAGCAGCGCCGGCGGCCTCAGCAGCAGTTGCAGCGACCCGAGCCCTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGGGGAATCTCCGAGCCTGGACTCTCTGGAGTCGTTCTCTAACCTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGGGGAATCTCCGAGCCTGGACTCTCTGGAGTCGTTCTCTAACCTGCATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTTTTCCCAGTAGCTGCGAGTTCAATAGTGAGGAGGGAGCGGAGAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTTTTCCCAGTAGCTGCGAGTTCAATAGTGAGGAGGGAGCGGAGAACAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTCCCTGAGGAGGAGGAGGGCGCGGCGGTGTTGCCCGGGGCTGTTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTCCCTGAGGAGGAGGAGGGCGCGGCGGTGTTGCCCGGGGCTGTTCCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTGCAAGGAGGAGGAGGGGGAGGAGACCGCTCAGGTGCTGGCGGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTGCAAGGAGGAGGAGGGGGAGGAGACCGCTCAGGTGCTGGCGGCCTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGAACGCTTCCCGGGACAATCTGTGTATCACATCAAGTGGATCCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGAACGCTTCCCGGGACAATCTGTGTATCACATCAAGTGGATCCAGTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAGGAAGAGAACACACCCATCATCACCCAGAATGAGAACGGACCCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAGGAAGAGAACACACCCATCATCACCCAGAATGAGAACGGACCCTGCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTGCTGGCCATCCTCAATGTTTTGCTCCTGGCCTGGAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100801 CTTGCTGGCCATCCTCAATGTTTTGCTCCTGGCCTGGAAGGTA...CAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGAAACTTCCACCGATGATGGAAATCATAACTGCTGAGCAGCTGATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116512 TGAAACTTCCACCGATGATGGAAATCATAACTGCTGAGCAGCTGATGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TATTTAG         GAGATTACATGCTTGATGCAAAGCCAAAAGAAAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116562 TATTTAGGTT...CAGGAGATTACATGCTTGATGCAAAGCCAAAAGAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TTCAGAAATTCAACGTTTAAATTATGAACAG         AATATGAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 130952 TTCAGAAATTCAACGTTTAAATTATGAACAGGTA...CAGAATATGAGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ATGCCATGGCAATTTTGCACAAACTACAGACAGGCCTGGATGTAAAT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 138845 ATGCCATGGCAATTTTGCACAAACTACAGACAGGCCTGGATGTAAATGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1021       ATTGATGACATTGTAAAAGCTGTTGGTAACTGCAGCTACAACCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138895 ...TAGATTGATGACATTGTAAAAGCTGTTGGTAACTGCAGCTACAACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 ACTAGTGGAGAAGATCATCTCTTGTAAACAGTCAGACAATAGTGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150366 ACTAGTGGAGAAGATCATCTCTTGTAAACAGTCAGACAATAGTGAGCTGG

   1150     .    :    .    :
   1115 TTAGTGAAGGTGGGCTTTGTAGC
        ||||||||||||||-|  ||-||
 150416 TTAGTGAAGGTGGG TGAGT GC