seq1 = pF1KE3878.tfa, 1896 bp
seq2 = pF1KE3878/gi568815595f_37352375.tfa (gi568815595f:37352375_37729393), 377019 bp

>pF1KE3878 1896
>gi568815595f:37352375_37729393 (Chr3)

1-185  (100001-100185)   100% ->
186-313  (118633-118760)   100% ->
314-420  (120980-121086)   100% ->
421-544  (129110-129233)   100% ->
545-612  (142127-142194)   100% ->
613-742  (150804-150933)   100% ->
743-828  (153626-153711)   100% ->
829-897  (156185-156253)   100% ->
898-1035  (161389-161526)   100% ->
1036-1141  (165130-165235)   100% ->
1142-1236  (166886-166980)   100% ->
1237-1327  (171147-171237)   100% ->
1328-1373  (173652-173697)   100% ->
1374-1528  (180940-181094)   99% ->
1529-1689  (190051-190211)   100% ->
1690-1896  (276813-277019)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGGCCCGGCTGCGCCGAGGGGCGCCGGGAGGCTCCGCGCGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGGCCCGGCTGCGCCGAGGGGCGCCGGGAGGCTCCGCGCGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGCGCTGGTGGTCGCGGGGATCCCCGCGGGCGCCTACAACCTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGCGCTGGTGGTCGCGGGGATCCCCGCGGGCGCCTACAACCTCGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCAGCGCCCCGTGCACTTCCAGGGCCCCGCTGACTCGTTCTTCGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCAGCGCCCCGTGCACTTCCAGGGCCCCGCTGACTCGTTCTTCGGCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGTTCTGGAGCATTTCCACGACAACACGCGCTG         GGTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100151 GCAGTTCTGGAGCATTTCCACGACAACACGCGCTGGTG...CAGGGTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGGGCGCACCAAAGGCAGATTCCAAATACAGCCCTTCAGTGAAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118639 TGTGGGCGCACCAAAGGCAGATTCCAAATACAGCCCTTCAGTGAAGTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGGGGCTGTGTTTAAGTGCCGTGTTCACACCAACCCTGACCGGAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118689 CTGGGGCTGTGTTTAAGTGCCGTGTTCACACCAACCCTGACCGGAGATGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCGAACTGGACATGGCTCGAG         GGAAGAATCGGGGCACGTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 118739 ACCGAACTGGACATGGCTCGAGGTG...CAGGGAAGAATCGGGGCACGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGCGGAAAGACCTGCCGGGAAGACCGCGATGATGAGTGGATGGGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120999 CTGCGGAAAGACCTGCCGGGAAGACCGCGATGATGAGTGGATGGGGGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCCTGGCCCGACAGCCCAAGGCTGATGGCCGTGTGTTG         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 121049 GCCTGGCCCGACAGCCCAAGGCTGATGGCCGTGTGTTGGTA...TAGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTGCTCATCGCTGGAAGAACATCTACTATGAAGCCGACCACATCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129113 TGTGCTCATCGCTGGAAGAACATCTACTATGAAGCCGACCACATCCTACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCATGGCTTCTGCTACATCATCCCCTCCAACCTCCAGGCCAAAGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129163 CCATGGCTTCTGCTACATCATCCCCTCCAACCTCCAGGCCAAAGGCAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGCTGATCCCTTGCTATGAAG         AGTATAAGAAGAAGTACGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 129213 CGCTGATCCCTTGCTATGAAGGTG...TAGAGTATAAGAAGAAGTACGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGGAACACGGCTCCTGCCAGGCTGGGATAGCGGGCTTCTTCACCGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 142147 GAGGAACACGGCTCCTGCCAGGCTGGGATAGCGGGCTTCTTCACCGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    613        GAGCTGGTGGTGATGGGTGCTCCAGGGTCATTTTATTGGGCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142197 G...TAGGAGCTGGTGGTGATGGGTGCTCCAGGGTCATTTTATTGGGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GAACCATCAAAGTGCTGAACCTTACGGACAACACCTATTTAAAACTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150847 GAACCATCAAAGTGCTGAACCTTACGGACAACACCTATTTAAAACTGAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACGAAGTGATCATGAACAGGCGGTACACCTACCTGG         GCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 150897 GACGAAGTGATCATGAACAGGCGGTACACCTACCTGGGTG...CAGGCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CGCAGTGACCGCTGGCCACTTCTCTCACCCGTCCACCATTGATGTGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153630 CGCAGTGACCGCTGGCCACTTCTCTCACCCGTCCACCATTGATGTGGTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GAGGTGCCCCACAGGACAAAGGCATCGGCAAG         GTTTATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 153680 GAGGTGCCCCACAGGACAAAGGCATCGGCAAGGTG...TAGGTTTATATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTCAGAGCTGACCGAAGATCAGGCACCTTAATTAAGATCTTTCAAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156194 TTCAGAGCTGACCGAAGATCAGGCACCTTAATTAAGATCTTTCAAGCATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGGTAAAAAG         ATGGGCTCTTACTTCGGCTCCTCCTTGTGCG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 156244 AGGTAAAAAGGTG...CAGATGGGCTCTTACTTCGGCTCCTCCTTGTGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CAGTTGACCTGAATGGGGACGGCCTCTCTGACCTGCTGGTGGGGGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161420 CAGTTGACCTGAATGGGGACGGCCTCTCTGACCTGCTGGTGGGGGCCCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATGTTTTCTGAGATCAGGGATGAGGGACAGGTCACTGTCTACATCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161470 ATGTTTTCTGAGATCAGGGATGAGGGACAGGTCACTGTCTACATCAACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGGAAAT         GGAGCCCTCGAGGAGCAGCTGGCTCTGACTGGGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161520 AGGAAATGTG...CAGGGAGCCCTCGAGGAGCAGCTGGCTCTGACTGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATGGTGCCTACAATGCGCACTTTGGAGAGAGCATTGCCAGCCTGGACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165164 ATGGTGCCTACAATGCGCACTTTGGAGAGAGCATTGCCAGCCTGGACGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTGGACAATGATGGGTTCCCAG         ATGTGGCCATTGGTGCACC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 165214 CTGGACAATGATGGGTTCCCAGGTG...CAGATGTGGCCATTGGTGCACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CAAGGAGGATGACTTCGCAGGGGCGGTCTATATCTATCATGGTGATGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166905 CAAGGAGGATGACTTCGCAGGGGCGGTCTATATCTATCATGGTGATGCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GTGGGATAGTCCCTCAGTACTCAATG         AAACTGTCTGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 166955 GTGGGATAGTCCCTCAGTACTCAATGGTA...CAGAAACTGTCTGGGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAGATAAATCCAGTGCTCCGGATGTTTGGTCAGTCCATATCGGGAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171162 AAGATAAATCCAGTGCTCCGGATGTTTGGTCAGTCCATATCGGGAGGCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TGATATGGATGGAAATGGCTATCCTG         ATGTCACTGTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 171212 TGATATGGATGGAAATGGCTATCCTGGTA...CAGATGTCACTGTTGGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CCTTCATGTCCGACAGCGTGGTTCTTCTCAG         AGCAAGGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 173667 CCTTCATGTCCGACAGCGTGGTTCTTCTCAGGTG...CAGAGCAAGGCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GTCATTACGGTGGATGTCTCCATCTTCCTCCCGGGCTCCATCAACATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180950 GTCATTACGGTGGATGTCTCCATCTTCCTCCCGGGCTCCATCAACATCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 AGCGCCTCAGTGTCACGACGGACAGCAGCCTGTGAACTGCCTGAACGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181000 AGCGCCTCAGTGTCACGACGGACAGCAGCCTGTGAACTGCCTGAACGTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CCACCTGCTTCAGCTTCCATGGCAAACACGTTCCAGAAGAGATTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||>>>..
 181050 CCACCTGCTTCAGCTTCCATGGCAAACACGTTCCAGGAGAGATTGGTA..

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529     GCCTGAATTATGTTCTGATGGCTGACGTGGCCAAAAAGGAGAAGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181100 .CAGGCCTGAATTATGTTCTGATGGCTGACGTGGCCAAAAAGGAGAAGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CCAGATGCCCAGGGTCTACTTTGTGCTGCTGGGAGAGACCATGGGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190097 CCAGATGCCCAGGGTCTACTTTGTGCTGCTGGGAGAGACCATGGGTCAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TCACAGAGAAGCTGCAGCTGACTTACATGGAGGAGACGTGTCGTCACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190147 TCACAGAGAAGCTGCAGCTGACTTACATGGAGGAGACGTGTCGTCACTAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GTGGCCCATGTGAAG         CGGAGGGTGCAGGACGTCATCAGCCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 190197 GTGGCCCATGTGAAGGTC...CAGCGGAGGGTGCAGGACGTCATCAGCCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GATCGTGTTTGAAGCAGCCTACAGCCTCAGTGAGCATGTGACTGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276839 GATCGTGTTTGAAGCAGCCTACAGCCTCAGTGAGCATGTGACTGGAGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 AGGAGAGGGAACTGCCGCCTCTGACACCAGTTCTCCGCTGGAAAAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276889 AGGAGAGGGAACTGCCGCCTCTGACACCAGTTCTCCGCTGGAAAAAGGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CAAAAGATTGCCCAAAAGAATCAGGTCAGAACCTTAAAGCTCATACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276939 CAAAAGATTGCCCAAAAGAATCAGGTCAGAACCTTAAAGCTCATACTCAG

   2000     .    :    .    :    .    :
   1866 CACCCAAGGTGGCAGCTGCACAGAGCAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 276989 CACCCAAGGTGGCAGCTGCACAGAGCAGAAA