seq1 = pF1KE3873.tfa, 1452 bp
seq2 = pF1KE3873/gi568815586f_48718930.tfa (gi568815586f:48718930_48927896), 208967 bp

>pF1KE3873 1452
>gi568815586f:48718930_48927896 (Chr12)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-168  (104415-104537)   100% ->
169-291  (104752-104874)   100% ->
292-407  (105329-105444)   100% ->
408-472  (105740-105804)   100% ->
473-492  (106020-106039)   100% ->
493-573  (106234-106314)   98% ->
574-632  (106505-106563)   100% ->
633-742  (106731-106840)   100% ->
743-894  (107438-107589)   100% ->
895-990  (107830-107925)   100% ->
991-1140  (108045-108194)   99% ->
1141-1452  (108656-108967)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATGACGACTCCTACGTGCCCGGGTTTGAGGACTCGGAGGCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGTATGACGACTCCTACGTGCCCGGGTTTGAGGACTCGGAGGCGGTG..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GGTTCAGCCGACTCCTACACCAGCCGCCCATCTCTGGACTCAGACG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGGGTTCAGCCGACTCCTACACCAGCCGCCCATCTCTGGACTCAGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTCCCTGGAGGAGGACCGGGAGAGTGCCCGGCGTGAAGTAGAGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104461 TCTCCCTGGAGGAGGACCGGGAGAGTGCCCGGCGTGAAGTAGAGAGCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCAGCAGCAGCTCGAAAGGGCCAAG         CACAAACCTGTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104511 GCTCAGCAGCAGCTCGAAAGGGCCAAGGTA...CAGCACAAACCTGTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATTTGCGGTGAGGACCAATGTCAGCTACTGTGGCGTACTGGATGAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104766 ATTTGCGGTGAGGACCAATGTCAGCTACTGTGGCGTACTGGATGAGGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCCAGTCCAGGGCTCTGGAGTCAACTTTGAGGCCAAAGATTTTCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104816 GCCCAGTCCAGGGCTCTGGAGTCAACTTTGAGGCCAAAGATTTTCTGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTAAAGAG         AAGTACAGCAATGACTGGTGGATCGGGCGGCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104866 ATTAAAGAGGTG...CAGAAGTACAGCAATGACTGGTGGATCGGGCGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTGAAAGAGGGCGGGGACATCGCCTTCATCCCCAGCCCCCAGCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105361 AGTGAAAGAGGGCGGGGACATCGCCTTCATCCCCAGCCCCCAGCGCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAGCATCCGGCTCAAACAGGAGCAGAAGGCCAG         GAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105411 AGAGCATCCGGCTCAAACAGGAGCAGAAGGCCAGGTG...CAGGAGATCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGGAACCCTTCCAGCCTGAGTGACATTGGCAACCGACGCTCCCCTCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105747 GGGAACCCTTCCAGCCTGAGTGACATTGGCAACCGACGCTCCCCTCCGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATCTCTAG         CCAAGCAGAAGCAAAAGCAG         GCGG
        ||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105797 ATCTCTAGGTA...AAGCCAAGCAGAAGCAAAAGCAGGTG...CAGGCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AACATGTTCCCCCATATGACGTGGTGCCCTCCATGCGGCCTGTGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106238 AACATGTTCCCCCATATGACGTGGTGCCCTCCATGCGGCCTGTGGTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTGGGACCATCTCTGAAAGGTTATGAG         GTCACAGACATGAT
        |||||||| ||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106288 GTGGGACCCTCTCTGAAAGGTTATGAGGTG...CAGGTCACAGACATGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GCAGAAGGCTCTCTTCGACTTCCTCAAACACAGATTTGATGGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 106519 GCAGAAGGCTCTCTTCGACTTCCTCAAACACAGATTTGATGGCAGGTA..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633     GATCTCCATCACCCGAGTCACAGCCGACCTCTCCCTGGCAAAGCGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106569 .CAGGATCTCCATCACCCGAGTCACAGCCGACCTCTCCCTGGCAAAGCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TCTGTGCTCAACAATCCGGGCAAGAGGACCATCATTGAGCGCTCCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106777 TCTGTGCTCAACAATCCGGGCAAGAGGACCATCATTGAGCGCTCCTCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CCGCTCCAGCATTG         CGGAAGTGCAGAGTGAGATCGAGCGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106827 CCGCTCCAGCATTGGTG...TAGCGGAAGTGCAGAGTGAGATCGAGCGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TATTTGAGCTGGCCAAATCCCTGCAGCTAGTAGTGTTGGACGCTGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107465 TATTTGAGCTGGCCAAATCCCTGCAGCTAGTAGTGTTGGACGCTGACACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ATCAACCACCCAGCACAGCTGGCCAAGACCTCGCTGGCCCCCATCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107515 ATCAACCACCCAGCACAGCTGGCCAAGACCTCGCTGGCCCCCATCATCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CTTTGTCAAAGTGTCCTCACCAAAG         GTACTCCAGCGTCTCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107565 CTTTGTCAAAGTGTCCTCACCAAAGGTA...CAGGTACTCCAGCGTCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TTCGCTCCCGGGGGAAGTCACAGATGAAGCACCTGACCGTACAGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107846 TTCGCTCCCGGGGGAAGTCACAGATGAAGCACCTGACCGTACAGATGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GCATATGATAAGCTGGTTCAGTGCCCACCG         GAGTCATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107896 GCATATGATAAGCTGGTTCAGTGCCCACCGGTG...CAGGAGTCATTTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 TGTGATTCTGGATGAGAACCAGCTGGAGGATGCCTGTGAGCACCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108056 TGTGATTCTGGATGAGAACCAGCTGGAGGATGCCTGTGAGCACCTGGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 AGTACCTGGAGGTTTACTGGCGGGCCACGCACCACCCAGCCCCTGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108106 AGTACCTGGAGGTTTACTGGCGGGCCACGCACCACCCAGCCCCTGGCCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GGACTTCTGGGTCCTCCCAGTGCCATCCCGGGACTTCAG         AA
        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||>>>...>>>||
 108156 GGACTTCTGGGTCCTCCCAGTGCCATCCCCGGACTTCAGGTA...CAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CCAGCAGCTGCTGGGGGAGCGTGGCGAGGAGCACTCCCCCCTTGAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108658 CCAGCAGCTGCTGGGGGAGCGTGGCGAGGAGCACTCCCCCCTTGAGCGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 ACAGCTTGATGCCCTCTGATGAGGCCAGCGAGAGCTCCCGCCAAGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108708 ACAGCTTGATGCCCTCTGATGAGGCCAGCGAGAGCTCCCGCCAAGCCTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 ACAGGATCTTCACAGCGTAGCTCCCGCCACCTGGAGGAGGACTATGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108758 ACAGGATCTTCACAGCGTAGCTCCCGCCACCTGGAGGAGGACTATGCAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGCCTACCAGGACCTGTACCAGCCTCACCGCCAACACACCTCGGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108808 TGCCTACCAGGACCTGTACCAGCCTCACCGCCAACACACCTCGGGGCTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CTAGTGCTAACGGGCATGACCCCCAAGACCGGCTTCTAGCCCAGGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108858 CTAGTGCTAACGGGCATGACCCCCAAGACCGGCTTCTAGCCCAGGACTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAGCACAACCACAGTGACCGGAACTGGCAGCGCAACCGGCCTTGGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108908 GAGCACAACCACAGTGACCGGAACTGGCAGCGCAACCGGCCTTGGCCCAA

   1550     .    :
   1443 GGATAGCTAC
        ||||||||||
 108958 GGATAGCTAC