seq1 = pF1KE3811.tfa, 1257 bp
seq2 = pF1KE3811/gi568815593r_179863470.tfa (gi568815593r:179863470_180171702), 308233 bp

>pF1KE3811 1257
>gi568815593r:179863470_180171702 (Chr5)

(complement)

1-247  (100001-100247)   99% ->
248-442  (131056-131250)   100% ->
443-693  (158392-158642)   100% ->
694-765  (191503-191574)   100% ->
766-848  (193418-193500)   100% ->
849-945  (201197-201293)   100% ->
946-1150  (204693-204897)   100% ->
1151-1248  (208139-208235)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTGCGCGGGGCGGGCGGGCCCTGCCCGGCTCGCCGCGCTAGCCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100001 ATGAGCTGCGCGGGGCGGGCGGGCCCTGCCCGGCTCGCCGCGCTCGCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGACCTGCAGCCTGTGGCCGGCACGGGCAGACAACGCGAGCCAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGACCTGCAGCCTGTGGCCGGCACGGGCAGACAACGCGAGCCAGGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTACACAGCGCTCATCAACGTGACGGTGCAGGAGCCCGGCCGCGGCGCC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTACACGGCGCTCATCAACGTGACGGTGCAGGAGCCCGGCCGCGGCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGCTCACGTTTCGCATCGACCGCGGGCGCTACGGGCTTGACTCCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGCTCACGTTTCGCATCGACCGCGGGCGCTACGGGCTTGACTCCCCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCGAGGTCCGCGGCCAGGTGCTGGCGCCGCTGCCCCTCCACGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100201 GGCCGAGGTCCGCGGCCAGGTGCTGGCGCCGCTGCCCCTCCACGGAGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    248       TTGCTGATCATCTGGGCTGTGATCCACAAACCCGGTTCTTTGTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ...CAGTTGCTGATCATCTGGGCTGTGATCCACAAACCCGGTTCTTTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTCCTAATATCAAACAGTGGATTGCCTTGCTGCAGAGGGGAAACTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131100 CCTCCTAATATCAAACAGTGGATTGCCTTGCTGCAGAGGGGAAACTGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTTTAAAGAGAAAATATCACGGGCCGCTTTCCACAATGCAGTTGCTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131150 GTTTAAAGAGAAAATATCACGGGCCGCTTTCCACAATGCAGTTGCTGTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCATCTACAATAATAAATCCAAAGAGGAGCCAGTTACCATGACTCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131200 TCATCTACAATAATAAATCCAAAGAGGAGCCAGTTACCATGACTCATCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 G         GCACTGGAGATATTATTGCTGTCATGATAACAGAATTGAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131250 GGTA...CAGGCACTGGAGATATTATTGCTGTCATGATAACAGAATTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGTAAGGATATTTTGAGTTATCTGGAGAAAAACATCTCTGTACAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158432 GGGTAAGGATATTTTGAGTTATCTGGAGAAAAACATCTCTGTACAAATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CAATAGCTGTTGGAACTCGAATGCCACCGAAGAACTTCAGCCGTGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158482 CAATAGCTGTTGGAACTCGAATGCCACCGAAGAACTTCAGCCGTGGCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTAGTCTTCGTGTCAATATCCTTTATTGTTTTGATGATTATTTCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158532 CTAGTCTTCGTGTCAATATCCTTTATTGTTTTGATGATTATTTCTTCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ATGGCTCATATTCTACTTCATTCAGAAGATCAGGTACACAAATGCACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158582 ATGGCTCATATTCTACTTCATTCAGAAGATCAGGTACACAAATGCACGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACAGGAACCAG         CGTCGTCTCGGAGATGCAGCCAAGAAAGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 158632 ACAGGAACCAGGTG...TAGCGTCGTCTCGGAGATGCAGCCAAGAAAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATCAGTAAATTGACAACCAGGACAGTAAAGAAGGGTGACAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 191533 ATCAGTAAATTGACAACCAGGACAGTAAAGAAGGGTGACAAGGTA...TA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    766  GAAACTGACCCAGACTTTGATCATTGTGCAGTCTGCATAGAGAGCTATA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193417 GGAAACTGACCCAGACTTTGATCATTGTGCAGTCTGCATAGAGAGCTATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGCAGAATGATGTCGTCCGAATTCTCCCCTGCAA         GCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 193467 AGCAGAATGATGTCGTCCGAATTCTCCCCTGCAAGTA...TAGGCATGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTCCACAAATCCTGCGTGGATCCCTGGCTTAGTGAACATTGTACCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201204 TTCCACAAATCCTGCGTGGATCCCTGGCTTAGTGAACATTGTACCTGTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TATGTGCAAACTTAATATATTGAAGGCCCTGGGAATTGTG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 201254 TATGTGCAAACTTAATATATTGAAGGCCCTGGGAATTGTGGTA...CAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CGAATTTGCCATGTACTGATAACGTAGCATTCGATATGGAAAGGCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204694 CGAATTTGCCATGTACTGATAACGTAGCATTCGATATGGAAAGGCTCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGAACCCAAGCTGTTAACCGAAGATCAGCCCTCGGCGACCTCGCCGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204744 AGAACCCAAGCTGTTAACCGAAGATCAGCCCTCGGCGACCTCGCCGGCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAACTCCCTTGGCCTTGAGCCACTTCGAACTTCGGGGATCTCACCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204794 CAACTCCCTTGGCCTTGAGCCACTTCGAACTTCGGGGATCTCACCTCTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTCAGGATGGGGAGCTCACTCCGAGAACAGGAGAAATCAACATTGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204844 CTCAGGATGGGGAGCTCACTCCGAGAACAGGAGAAATCAACATTGCAGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ACAA         AAGAATGGTTTATTATTGCCAGTTTTGGCCTCCTCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204894 ACAAGTA...CAGAAGAATGGTTTATTATTGCCAGTTTTGGCCTCCTCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGCCCTCACACTCTGCTACATGATCATCAGAGCCACAGCTAGCTTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208176 TGCCCTCACACTCTGCTACATGATCATCAGAGCCACAGCTAGCTTGAATG

   1300     .    :
   1238 CTAATGAGGTA
        ||||||||-||
 208226 CTAATGAG TA