seq1 = pF1KE3810.tfa, 1221 bp
seq2 = pF1KE3810/gi568815581f_49995436.tfa (gi568815581f:49995436_50210094), 214659 bp

>pF1KE3810 1221
>gi568815581f:49995436_50210094 (Chr17)

1-118  (100001-100118)   100% ->
119-260  (101988-102129)   100% ->
261-332  (109936-110007)   100% ->
333-517  (110450-110634)   100% ->
518-607  (111359-111448)   100% ->
608-685  (111641-111718)   100% ->
686-762  (112721-112797)   100% ->
763-861  (112884-112982)   100% ->
862-969  (113177-113284)   100% ->
970-1083  (113852-113965)   100% ->
1084-1221  (114522-114659)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCTGGGTGTGGGCGCTGCTGAAGAATGCGTCCCTGGCAGGGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCTGGGTGTGGGCGCTGCTGAAGAATGCGTCCCTGGCAGGGGCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGTACATAGAGCACTTCAGCAAGTTCTCCCCGTCCCCGCTGTCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGTACATAGAGCACTTCAGCAAGTTCTCCCCGTCCCCGCTGTCCATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGTTTCTGGACTTCG         GATCCAGCAATGCCTGTGAGAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGTTTCTGGACTTCGGTA...CAGGATCCAGCAATGCCTGTGAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCTCCTTCACCTTCCTCAGGCAGGAGCTGCCTGTGCGCCTGGCCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102011 ACCTCCTTCACCTTCCTCAGGCAGGAGCTGCCTGTGCGCCTGGCCAACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATGAAAGAGATCAACCTGCTTCCCGACCGAGTGCTGAGCACACCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102061 CATGAAAGAGATCAACCTGCTTCCCGACCGAGTGCTGAGCACACCCTCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCAGCTGGTGCAGAGCTG         GTATGTCCAGAGCCTCCTGGAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102111 TGCAGCTGGTGCAGAGCTGGTG...CAGGTATGTCCAGAGCCTCCTGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCATGGAGTTCCTGGACAAGGATCCCGAGGACCATCGCACCCTGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109958 ATCATGGAGTTCCTGGACAAGGATCCCGAGGACCATCGCACCCTGAGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333          GTTCACTGACGCCCTGGTCACCATCCGGAACCGGCACAACG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110008 GTG...CAGGTTCACTGACGCCCTGGTCACCATCCGGAACCGGCACAACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACGTGGTGCCCACCATGGCACAAGGCGTGCTTGAGTACAAGGACACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110491 ACGTGGTGCCCACCATGGCACAAGGCGTGCTTGAGTACAAGGACACCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCGATGACCCCGTCTCCAACCAGAACATCCAGTACTTCCTGGACCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110541 GGCGATGACCCCGTCTCCAACCAGAACATCCAGTACTTCCTGGACCGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTACCTCAGCCGCATCTCCATCCGCATGCTCATCAACCAGCACA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 110591 CTACCTCAGCCGCATCTCCATCCGCATGCTCATCAACCAGCACAGTG...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    518    CCCTCATCTTTGATGGCAGCACCAACCCAGCCCATCCCAAACACATC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111356 CAGCCCTCATCTTTGATGGCAGCACCAACCCAGCCCATCCCAAACACATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCAGCATCGACCCCAACTGCAACGTCTCTGAGGTGGTCAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 111406 GGCAGCATCGACCCCAACTGCAACGTCTCTGAGGTGGTCAAAGGTG...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    608   ATGCCTACGACATGGCTAAGCTCCTGTGTGACAAGTATTACATGGCCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111639 AGATGCCTACGACATGGCTAAGCTCCTGTGTGACAAGTATTACATGGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CACCTGACCTGGAGATCCAGGAGATCAATG         CAGCCAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111689 CACCTGACCTGGAGATCCAGGAGATCAATGGTG...TAGCAGCCAACTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAACAGCCGATTCACATGGTCTACGTCCCCTCCCACCTCTACCACATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112732 AAACAGCCGATTCACATGGTCTACGTCCCCTCCCACCTCTACCACATGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTTGAGCTCTTCAAG         AATGCCATGAGGGCGACTGTGGAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112782 CTTTGAGCTCTTCAAGGTG...CAGAATGCCATGAGGGCGACTGTGGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCCATGAGTCCAGCCTCATTCTCCCACCCATCAAGGTCATGGTGGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112909 GCCATGAGTCCAGCCTCATTCTCCCACCCATCAAGGTCATGGTGGCCTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGTGAGGAAGATCTGTCCATCAAG         ATGAGTGACCGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112959 GGTGAGGAAGATCTGTCCATCAAGGTA...CAGATGAGTGACCGAGGTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGGTGTTCCCTTGAGGAAGATTGAGCGACTCTTCAGCTACATGTACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113194 GGGTGTTCCCTTGAGGAAGATTGAGCGACTCTTCAGCTACATGTACTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CAGCACCCACCCCCCAGCCTGGCACCGGGGGAACGCCGCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 113244 CAGCACCCACCCCCCAGCCTGGCACCGGGGGAACGCCGCTGGTG...CAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GCTGGCTTTGGTTATGGGCTCCCCATTTCCCGCCTCTACGCCAAGTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113852 GCTGGCTTTGGTTATGGGCTCCCCATTTCCCGCCTCTACGCCAAGTACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCAGGGAGACCTGCAGCTCTTCTCCATGGAAGGCTTTGGGACCGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113902 CCAGGGAGACCTGCAGCTCTTCTCCATGGAAGGCTTTGGGACCGATGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCATCTATCTCAAG         GCCCTGTCCACGGACTCGGTGGAGCGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 113952 TCATCTATCTCAAGGTG...CAGGCCCTGTCCACGGACTCGGTGGAGCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTGCCTGTCTACAACAAGTCAGCCTGGCGCCACTACCAGACCATCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114549 CTGCCTGTCTACAACAAGTCAGCCTGGCGCCACTACCAGACCATCCAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGCCGGCGACTGGTGTGTGCCCAGCACGGAGCCCAAGAACACGTCCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114599 GGCCGGCGACTGGTGTGTGCCCAGCACGGAGCCCAAGAACACGTCCACGT

   1300     .    :
   1211 ACCGCGTCAGC
        |||||||||||
 114649 ACCGCGTCAGC