seq1 = pF1KE3808.tfa, 1077 bp
seq2 = pF1KE3808/gi568815579r_55440849.tfa (gi568815579r:55440849_55645543), 204695 bp

>pF1KE3808 1077
>gi568815579r:55440849_55645543 (Chr19)

(complement)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-196  (100595-100745)   99% ->
197-399  (101242-101444)   100% ->
400-1077  (104018-104695)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCGCAGGGCCTCCGAGACCCCTGAGGATGGGGACCCAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGGAGCGCAGGGCCTCCGAGACCCCTGAGGATGGGGACCCAGAGGTG..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GAGGACACAGCCACAGCCCTCCAACGGCTGGTGGAGCTGACGACCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .TAGGAGGACACAGCCACAGCCCTCCAACGGCTGGTGGAGCTGACGACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAGGGTGACCCCGGTGAGGAGCCTTCGGGACCAGTACCACCTCATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100641 GCAGGGTGACCCCGGTGAGGAGCCTTCGGGACCAGTACCACCTCATCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGCTGGGCTCCGGCTCCTACGGCCGCGTGCTCCTCGCCCAGCCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100691 AAGCTGGGCTCCGGCTCCTACGGCCGCGTGCTCCTTGCCCAGCCTCACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGGG         GTCCAGCTGTGGCTCTGAAGCTCCTGCGTCGGGATT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100741 GGGGGGTG...CAGGTCCAGCTGTGGCTCTGAAGCTCCTGCGTCGGGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGTCCTGAGAAGCACCTTCCTGAGGGAGTTCTGTGTGGGCCGCTGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101278 TGGTCCTGAGAAGCACCTTCCTGAGGGAGTTCTGTGTGGGCCGCTGCGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTGCACACCCAGGCCTGCTGCAGACCCTGGCAGGACCCCTACAGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101328 TCTGCACACCCAGGCCTGCTGCAGACCCTGGCAGGACCCCTACAGACCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCGCTATTTTGCCTTCGCCCAGGAGTACGCGCCCTGTGGGGACCTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101378 CCGCTATTTTGCCTTCGCCCAGGAGTACGCGCCCTGTGGGGACCTCAGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGATGCTGCAGGAAAGG         GGCCTCCCAGAACTGCTAGTGAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||| ||||||
 101428 GGATGCTGCAGGAAAGGGTG...CAGGGCCTCCCAGAACTGCTGGTGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGGGTGGTGGCCCAGTTGGCAGGAGCTCTGGACTTCCTCCACAGCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104042 CGGGTGGTGGCCCAGTTGGCAGGAGCTCTGGACTTCCTCCACAGCCGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGGTCCACGCAGATGTCAAACCTGACAACGTGCTGGTCTTCGACCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 104092 GCTGGTCCACGCAGATGTCAAACCTGACAACGTGCTGGTCTTCGACCCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTGCAGCCGTGTGGCCCTAGGAGACCTGGGTCTGACCCGGCCAGAGGGC
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 104142 TCTGCAGCCGTGTGGCCCTGGGAGACCTGGGTCTGACCCGGCCAGAGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGCCCGACCCCCGCCCCACCAGTGCCTCTGCCCACGGCACCGCCTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104192 AGCCCGACCCCCGCCCCACCAGTGCCTCTGCCCACGGCACCGCCTGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTGTCTCCTGCTACCGCCCGACACCCTGCCTCTGCGGCCAGCCGTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104242 CTGTCTCCTGCTACCGCCCGACACCCTGCCTCTGCGGCCAGCCGTGGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCTGGGGCCTGGGGGTGCTTCTCTTCTGTGCTGCCACTGCCTGTTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104292 CCTGGGGCCTGGGGGTGCTTCTCTTCTGTGCTGCCACTGCCTGTTTCCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TGGGACGTGGCACTGGCCCCCAACCCTGAGTTCGAGGCCTTCGCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104342 TGGGACGTGGCACTGGCCCCCAACCCTGAGTTCGAGGCCTTCGCTGGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGTGACCACCAAGCCTCAGCCACCTCAGCCACCACCACCCTGGGACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104392 GGTGACCACCAAGCCTCAGCCACCTCAGCCACCACCACCCTGGGACCAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTGCGCCCCCAGCCCTGGCCTTGCTCCAGGGGCTTCTGGACCTGGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104442 TTGCGCCCCCAGCCCTGGCCTTGCTCCAGGGGCTTCTGGACCTGGATCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAGACTAGGAGCCCCCCACTGGCTGTCCTGGACTTCCTGGGGGACGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104492 GAGACTAGGAGCCCCCCACTGGCTGTCCTGGACTTCCTGGGGGACGACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GGGGTTGCAAGGGAACAGAGAGGGACCTGGGGTTTTGGGGAGCGCCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104542 GGGGTTGCAAGGGAACAGAGAGGGACCTGGGGTTTTGGGGAGCGCCGTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CCTATGAGGACAGGGAGGAGGGAGGCTCAAGCCTGGAGGAGTGGACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104592 CCTATGAGGACAGGGAGGAGGGAGGCTCAAGCCTGGAGGAGTGGACAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GAGGGTGATGACAGCAAAAGTGGTGGGAGGACGGGGACAGATGGGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104642 GAGGGTGATGACAGCAAAAGTGGTGGGAGGACGGGGACAGATGGGGGAGC

   1100 
   1074 TCCC
        ||||
 104692 TCCC