seq1 = pF1KE3805.tfa, 690 bp
seq2 = pF1KE3805/gi568815593f_10342168.tfa (gi568815593f:10342168_10564944), 222777 bp

>pF1KE3805 690
>gi568815593f:10342168_10564944 (Chr5)

1-131  (100001-100131)   100% ->
132-255  (106093-106216)   100% ->
256-417  (107785-107946)   100% ->
418-593  (119017-119192)   99% ->
594-690  (122681-122777)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCTTCCCGACACCATGTTCTGCGCTCAGCAGATCCACATTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCTTCCCGACACCATGTTCTGCGCTCAGCAGATCCACATTCCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCTGCCGGACATCCTGAAGCAATTCACCAAGGCTGCCATCCGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGCTGCCGGACATCCTGAAGCAATTCACCAAGGCTGCCATCCGCACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCGGCCGACGTGCTGCGGTGGTCCGCGGG         CTATTTTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100101 AGCCGGCCGACGTGCTGCGGTGGTCCGCGGGGTA...TAGCTATTTTTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCTGTCGAGAGGAGATCCACTTCCTGTAAAGGACAGAATGGAAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106103 GCTCTGTCGAGAGGAGATCCACTTCCTGTAAAGGACAGAATGGAAATGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACGGCAACCCAGAAAACAGACACAGGCCTGACTCAAGGACTCCTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106153 CACGGCAACCCAGAAAACAGACACAGGCCTGACTCAAGGACTCCTGAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTTGCACAAGCAG         TGTCACCACAAGCGGTATGTGGAATTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106203 TTTTGCACAAGCAGGTA...CAGTGTCACCACAAGCGGTATGTGGAATTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAGATCTTGAGCAGAAGTGGAAGAACTTGTGCCTGCCGAAGGAAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107812 ACAGATCTTGAGCAGAAGTGGAAGAACTTGTGCCTGCCGAAGGAAAAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAAGCGCTCTTACAACTGGATCCTTGTGAAAACAAAATCAAGTGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107862 CAAAGCGCTCTTACAACTGGATCCTTGTGAAAACAAAATCAAGTGGATAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTTTTTAGCGCTTGGATGCAGCATGCTTGGTGGG         TCCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107912 ACTTTTTAGCGCTTGGATGCAGCATGCTTGGTGGGGTA...CAGTCCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACACTGCGCTGAAGCACCTGTGCGAGATCCTCACGGACGATCGGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 119023 AACACTGCGCTGAAGCACCTGTGCGAGATCCTCACGGACGATCCGGAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGGGCCCGCTCGCATCCCCTTCAAGACGTTTTCCTACGTTTACCGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119073 CGGGCCCGCTCGCATCCCCTTCAAGACGTTTTCCTACGTTTACCGCTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGCCAGATTAGACTCAGATGTGTCTCCCTTGGAGACGGAATCCTACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119123 TGGCCAGATTAGACTCAGATGTGTCTCCCTTGGAGACGGAATCCTACCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCTCTCTAAAGGAAAATAT         AGACGCCAGGAAGAACGGCAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 119173 GCCTCTCTAAAGGAAAATATGTA...TAGAGACGCCAGGAAGAACGGCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GATAGGTCTTTCAGATTTCTTCTTTCCAAAGAGGAAACTTTTAGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122702 GATAGGTCTTTCAGATTTCTTCTTTCCAAAGAGGAAACTTTTAGAAAGCA

    700     .    :    .    :    .
    665 TTGAAAACTCTGAAGATGTAGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||
 122752 TTGAAAACTCTGAAGATGTAGGCCAT