seq1 = pF1KE3769.tfa, 2748 bp
seq2 = pF1KE3769/gi568815595r_49178296.tfa (gi568815595r:49178296_49440024), 261729 bp

>pF1KE3769 2748
>gi568815595r:49178296_49440024 (Chr3)

(complement)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-229  (104429-104556)   100% ->
230-360  (112209-112339)   100% ->
361-487  (114180-114306)   100% ->
488-633  (114986-115131)   100% ->
634-695  (115262-115323)   100% ->
696-813  (129288-129405)   100% ->
814-987  (134137-134310)   100% ->
988-1146  (137483-137641)   100% ->
1147-1371  (139334-139558)   100% ->
1372-1455  (141390-141473)   100% ->
1456-1550  (142061-142155)   98% ->
1551-1742  (145427-145618)   100% ->
1743-1831  (147427-147515)   100% ->
1832-2059  (153700-153927)   100% ->
2060-2130  (155106-155176)   100% ->
2131-2249  (155441-155559)   100% ->
2250-2399  (155889-156038)   100% ->
2400-2503  (159178-159281)   100% ->
2504-2592  (161123-161211)   100% ->
2593-2748  (161574-161729)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAAGGTGGAGGCTGCCGTGAGCGACCGGATGCGGAGACTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAAGGTGGAGGCTGCCGTGAGCGACCGGATGCGGAGACTCAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCGAGCTTGGACCCTTAATGAGGACCACACTCCAACGCGGGGCGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCGAGCTTGGACCCTTAATGAGGACCACACTCCAACGCGGGGCGCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 G         GTATCTTATTGACAGCCGGTGGTTCAAGCAGTGGAAGAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTG...TAGGTATCTTATTGACAGCCGGTGGTTCAAGCAGTGGAAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGTGGGCTTTGACAGCTGGGACATGTACAATGTGGGTGAACATAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104469 TATGTGGGCTTTGACAGCTGGGACATGTACAATGTGGGTGAACATAACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATTTCCTGGCCCAATAGACAACTCTGGGCTATTTTCAG         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104519 ATTTCCTGGCCCAATAGACAACTCTGGGCTATTTTCAGGTA...TAGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGAGAGTCAGACCTTGAAAGAACACTTAATTGATGAATTGGACTATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112212 CTGAGAGTCAGACCTTGAAAGAACACTTAATTGATGAATTGGACTATGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGGTCCCTACCGAGGCGTGGAATAAACTACTAAACTGGTACGGCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112262 TTGGTCCCTACCGAGGCGTGGAATAAACTACTAAACTGGTACGGCTGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAAGGCCAGCAACCCATCGTCAGAAAA         GTTGTGGAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 112312 AGAAGGCCAGCAACCCATCGTCAGAAAAGTG...TAGGTTGTGGAGCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCTGTTTGTCAAGCACTGCAAAGTCGAGGTGTATTTGCTGGAACTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114193 GCCTGTTTGTCAAGCACTGCAAAGTCGAGGTGTATTTGCTGGAACTGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCTGTGAGAACAGTGACCCCACCAATGTGCTGAGTTGCCATTTCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114243 CTCTGTGAGAACAGTGACCCCACCAATGTGCTGAGTTGCCATTTCAGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCAGACACCATTG         CAACCATCGAGAAAGAGATGCGGAAGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 114293 GGCAGACACCATTGGTG...TAGCAACCATCGAGAAAGAGATGCGGAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TATTCAACATCCCTGCGGAGCGTGAAACACGGCTCTGGAACAAATACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115013 TATTCAACATCCCTGCGGAGCGTGAAACACGGCTCTGGAACAAATACATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGCAACACCTACGAGCAGTTGAGCAAGCTAGACAACACTGTCCAGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115063 AGCAACACCTACGAGCAGTTGAGCAAGCTAGACAACACTGTCCAGGATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGGCTATACCAGGGTCAG         GTGCTAGTAATTGAGCCTCAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115113 TGGGCTATACCAGGGTCAGGTA...CAGGTGCTAGTAATTGAGCCTCAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGAAGATGGCACATGGCCCAGGCAGACCTTGCAGTCAAA         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115284 ATGAAGATGGCACATGGCCCAGGCAGACCTTGCAGTCAAAGTA...CAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGATCTGGCTTTTCTGCTTCGTATAATTGTCAGGAGCCACCATCCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129289 GGATCTGGCTTTTCTGCTTCGTATAATTGTCAGGAGCCACCATCCTCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TATACAACCTGGGCTCTGTGGACTTGGAAACCTGGGAAACACCTGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129339 TATACAACCTGGGCTCTGTGGACTTGGAAACCTGGGAAACACCTGCTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGAACTCCGCTTTGCAG         TGTTTGAGCAACACTGCACCACTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 129389 TGAACTCCGCTTTGCAGGTA...CAGTGTTTGAGCAACACTGCACCACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACTGACTACTTTCTCAAAGATGAGTATGAAGCCGAAATCAACAGAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134161 ACTGACTACTTTCTCAAAGATGAGTATGAAGCCGAAATCAACAGAGACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCCTCTGGGGATGAAAGGGGAAATTGCAGAAGCCTATGCTGAACTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134211 CCCTCTGGGGATGAAAGGGGAAATTGCAGAAGCCTATGCTGAACTCATTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGCAGATGTGGTCTGGAAGGGACGCCCATGTGGCACCTCGCATGTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134261 AGCAGATGTGGTCTGGAAGGGACGCCCATGTGGCACCTCGCATGTTCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988          ACTCAAGTAGGACGTTTTGCTCCTCAATTTTCTGGCTACCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134311 GTA...TAGACTCAAGTAGGACGTTTTGCTCCTCAATTTTCTGGCTACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCAACAAGATTCTCAGGAGCTGCTGGCCTTTCTTCTAGATGGATTGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137524 GCAACAAGATTCTCAGGAGCTGCTGGCCTTTCTTCTAGATGGATTGCATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAGATCTGAACCGGGTAAAGAAAAAGCCCTACTTGGAGCTGAAGGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137574 AAGATCTGAACCGGGTAAAGAAAAAGCCCTACTTGGAGCTGAAGGATGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AATGGGCGGCCAGATGCG         GTGGTGGCAAAGGAAGCCTGGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 137624 AATGGGCGGCCAGATGCGGTA...CAGGTGGTGGCAAAGGAAGCCTGGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GAATCACAGGTTGAGGAATGATTCTGTGATTGTGGATACTTTCCATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139357 GAATCACAGGTTGAGGAATGATTCTGTGATTGTGGATACTTTCCATGGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCTTCAAATCTACTTTGGTTTGCCCAGAATGTGCTAAGGTTTCTGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139407 TCTTCAAATCTACTTTGGTTTGCCCAGAATGTGCTAAGGTTTCTGTGACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTTGACCCATTTTGCTATCTAACGCTGCCACTGCCCTTGAAGAAAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139457 TTTGACCCATTTTGCTATCTAACGCTGCCACTGCCCTTGAAGAAAGATCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGTTATGGAGGTTTTCCTGGTTCCTGCTGACCCTCACTGCAGACCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139507 AGTTATGGAGGTTTTCCTGGTTCCTGCTGACCCTCACTGCAGACCTACTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AG         TACCGTGTGACTGTGCCGCTGATGGGGGCTGTGTCCGAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139557 AGGTG...CAGTACCGTGTGACTGTGCCGCTGATGGGGGCTGTGTCCGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CTGTGCGAGGCTCTCTCCAGGCTGTCTGGCATTGCTGCAGAAAAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 141429 CTGTGCGAGGCTCTCTCCAGGCTGTCTGGCATTGCTGCAGAAAATGTA..

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456     ATGGTGGTCGCAGATGTGTATAATCACCGATTCCACAAAATTTTCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141479 .TAGATGGTGGTCGCAGATGTGTATAATCACCGATTCCACAAAATTTTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AAATGGATGAAGGTTTGAACCACATCATGCCTCGGGATGACATTTTCGT 
        |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||>
 142107 AAATGGATGAAGGTTTAAACCACATCATGCCTCGGGATGACATTTTCGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551         GTACGAGGTCTGCAGCACTTCCGTGGATGGCTCGGAATGTGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142157 TG...CAGGTACGAGGTCTGCAGCACTTCCGTGGATGGCTCGGAATGTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CACGCTTCCAGTCTACTTCAGGGAGAGGAAGTCCAGGCCATCAAGCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145469 CACGCTTCCAGTCTACTTCAGGGAGAGGAAGTCCAGGCCATCAAGCACTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CCTCCGCATCAGCGCTATATGGGCAGCCACTATTGCTTTCTGTCCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145519 CCTCCGCATCAGCGCTATATGGGCAGCCACTATTGCTTTCTGTCCCCAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CACAAGTTAACCCTTGAGTCTTTGTACCAGGCTGTTTGTGATCGTATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145569 CACAAGTTAACCCTTGAGTCTTTGTACCAGGCTGTTTGTGATCGTATCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743          CCGCTATGTGAAACAGCCTTTACCTGATGAGTTTGGCAGCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145619 GTT...AAGCCGCTATGTGAAACAGCCTTTACCTGATGAGTTTGGCAGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CACCCTTGGAGCCAGGGGCCTGCAATGGCTCCAGGAACAGCTGTGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 147468 CACCCTTGGAGCCAGGGGCCTGCAATGGCTCCAGGAACAGCTGTGAAGGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1832        GAGAAGATGAGGAAGAAATGGAGCATCAGGAAGAAGGCAAAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147518 G...CAGGAGAAGATGAGGAAGAAATGGAGCATCAGGAAGAAGGCAAAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GCAGCTTTCAGAAACAGAAGGCAGTGGGGAAGATGAGCCAGGAAATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153743 GCAGCTTTCAGAAACAGAAGGCAGTGGGGAAGATGAGCCAGGAAATGACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CCAGTGAGACCACCCAAAAGAAGATCAAAGGCCAGCCCTGCCCAAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153793 CCAGTGAGACCACCCAAAAGAAGATCAAAGGCCAGCCCTGCCCAAAAAGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CTTTTTACCTTCAGTCTTGTGAACTCCTATGGAACAGCTGACATAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153843 CTTTTTACCTTCAGTCTTGTGAACTCCTATGGAACAGCTGACATAAATTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 ACTTGCAGCTGATGGAAAACTACTTAAACTCAACT         CTCGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 153893 ACTTGCAGCTGATGGAAAACTACTTAAACTCAACTGTA...CAGCTCGAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 CTACACTGGCCATGGATTGGGACAGTGAAACTCGGAGACTTTACTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155112 CTACACTGGCCATGGATTGGGACAGTGAAACTCGGAGACTTTACTATGAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 GAGCAAGAATCTGAG         GCCTACGAGAAGCATGTGAGCATGTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 155162 GAGCAAGAATCTGAGGTA...TAGGCCTACGAGAAGCATGTGAGCATGTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 GCAGCCTCAGAAGAAGAAGAAGACCACAGTGGCCCTGAGAGACTGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155467 GCAGCCTCAGAAGAAGAAGAAGACCACAGTGGCCCTGAGAGACTGCATCG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 AGCTCTTCACCACCATGGAGACCCTTGGGGAGCATGACCCCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 155517 AGCTCTTCACCACCATGGAGACCCTTGGGGAGCATGACCCCTGGTA...T

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2250   GTACTGTCCCAACTGTAAGAAGCATCAACAGGCCACAAAAAAGTTTGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155887 AGGTACTGTCCCAACTGTAAGAAGCATCAACAGGCCACAAAAAAGTTTGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 CCTATGGTCCTTGCCCAAGATCCTGGTGGTCCACCTCAAACGTTTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155937 CCTATGGTCCTTGCCCAAGATCCTGGTGGTCCACCTCAAACGTTTCTCCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 ACAACAGATACTGGAGGGATAAGCTCGACACAGTCGTAGAATTCCCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155987 ACAACAGATACTGGAGGGATAAGCTCGACACAGTCGTAGAATTCCCAATC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 AG         AGGGCTGAACATGTCCGAGTTTGTCTGTAACCTGTCAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156037 AGGTG...CAGAGGGCTGAACATGTCCGAGTTTGTCTGTAACCTGTCAGC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 AAGGCCTTATGTGTACGACCTCATTGCCGTGTCCAATCATTATGGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159217 AAGGCCTTATGTGTACGACCTCATTGCCGTGTCCAATCATTATGGAGCCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 TGGGGGTTGGCCACT         ACACTGCATATGCGAAGAACAAACTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 159267 TGGGGGTTGGCCACTGTA...CAGACACTGCATATGCGAAGAACAAACTG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 AATGGTAAATGGTATTACTTTGATGATAGCAACGTGTCCCTGGCCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161149 AATGGTAAATGGTATTACTTTGATGATAGCAACGTGTCCCTGGCCTCTGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2580 GGATCAGATAGTG         ACTAAAGCAGCTTATGTGCTATTTTACC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 161199 GGATCAGATAGTGGTG...CAGACTAAAGCAGCTTATGTGCTATTTTACC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2621 AACGTCGAGATGATGAATTTTATAAGACACCTTCACTTAGCAGTTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161602 AACGTCGAGATGATGAATTTTATAAGACACCTTCACTTAGCAGTTCTGGT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2671 TCCTCTGATGGAGGGACACGACCAAGCAGCTCTCAGCAGGGCTTTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161652 TCCTCTGATGGAGGGACACGACCAAGCAGCTCTCAGCAGGGCTTTGGGGA

   2900     .    :    .    :    .
   2721 TGATGAGGCTTGCAGCATGGACACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 161702 TGATGAGGCTTGCAGCATGGACACCAAC