seq1 = pF1KE3764.tfa, 1890 bp
seq2 = pF1KE3764/gi568815583r_48725974.tfa (gi568815583r:48725974_49063015), 337042 bp

>pF1KE3764 1890
>gi568815583r:48725974_49063015 (Chr15)

(complement)

1-585  (100001-100585)   100% ->
586-656  (138067-138137)   100% ->
657-720  (172205-172268)   100% ->
721-840  (178649-178768)   100% ->
841-894  (190874-190927)   100% ->
895-946  (195147-195198)   100% ->
947-1070  (205201-205324)   99% ->
1071-1242  (206892-207063)   100% ->
1243-1303  (211768-211828)   100% ->
1304-1483  (219428-219607)   100% ->
1484-1737  (227994-228247)   100% ->
1738-1890  (236890-237042)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGAGAACGCGGCCAGGACAGCCTGGCAGGACTCGTGCTGTATGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGAGAACGCGGCCAGGACAGCCTGGCAGGACTCGTGCTGTATGTAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTCTTCGGGCACCCCGGGATGCTGCACAGGGCCAAGTACAGCCGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTCTTCGGGCACCCCGGGATGCTGCACAGGGCCAAGTACAGCCGCTTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAACGAGTCGATCACGTCCTTGGACGAAGGTAGCTCCGGAGGCTCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGAACGAGTCGATCACGTCCTTGGACGAAGGTAGCTCCGGAGGCTCGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGAACAAGGGCTCGCCGCAGCCTCCCCACCCCGCCCTGGCACCTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGAACAAGGGCTCGCCGCAGCCTCCCCACCCCGCCCTGGCACCTCACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCGACTGAAGATGCCACCTTGCCGTCGCAGGAGAGCCCCACCCCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCGACTGAAGATGCCACCTTGCCGTCGCAGGAGAGCCCCACCCCACTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCACCTTGATCCCCCGCATGGCAAGCATGAAGCTGGCCAACCCGGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCACCTTGATCCCCCGCATGGCAAGCATGAAGCTGGCCAACCCGGCCACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTGCTGAGTCTGAAAAACTTTTGCCTGGGTACCAAAGAGGTGCCTCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTGCTGAGTCTGAAAAACTTTTGCCTGGGTACCAAAGAGGTGCCTCGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAAGCTCCAGGAAAGCCGGGACCCAGGTTCCAGCGGCCCCTCTTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAAGCTCCAGGAAAGCCGGGACCCAGGTTCCAGCGGCCCCTCTTCCCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAACCAGTTTAAGTAGGTCCGGGACTGCACCTCCACCGCAGCAGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AAACCAGTTTAAGTAGGTCCGGGACTGCACCTCCACCGCAGCAGGACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGGGACACAGGGCAACCGCCCTAACCCCTGATTCGTGCCCGCTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTGGGACACAGGGCAACCGCCCTAACCCCTGATTCGTGCCCGCTTCCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCTGGGGAGCCAACACTTAGGAGCAGGCAGGACAGGCACTTTCTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCCTGGGGAGCCAACACTTAGGAGCAGGCAGGACAGGCACTTTCTACAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACCTGTTGGGGATGGGCATGAACTACTGTGTGAGG         TACATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100551 ACCTGTTGGGGATGGGCATGAACTACTGTGTGAGGGTA...TAGTACATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGCTGTGTTGAAGTGCTGCAATCAATGAGATCACTGGATTTTGGAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138073 GGCTGTGTTGAAGTGCTGCAATCAATGAGATCACTGGATTTTGGAATGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AACCCAAGTTACAAG         GGAAGCAATAAGTCGCCTGTGTGAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 138123 AACCCAAGTTACAAGGTA...TAGGGAAGCAATAAGTCGCCTGTGTGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTGTCCCCGGGGCAAATGGAGCCATTAAAAAGCGAAAG         CCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 172231 CTGTCCCCGGGGCAAATGGAGCCATTAAAAAGCGAAAGGTA...AAGCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCAGTTAAGTTCCTATCAACAGTCCTTGGCAAAAGTAATCTTCAGTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178652 CCAGTTAAGTTCCTATCAACAGTCCTTGGCAAAAGTAATCTTCAGTTTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGGAATGAATATAAAACTGACCATCTCAACATGCAGTCTCACATTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178702 AGGAATGAATATAAAACTGACCATCTCAACATGCAGTCTCACATTGATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ATCTTGACAACCAACAG         ATTATTGCAAATCATCATATGCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 178752 ATCTTGACAACCAACAGGTA...CAGATTATTGCAAATCATCATATGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TCTATTTCATTTGCCTCTGGAGGGGATCCT         GATACTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 190898 TCTATTTCATTTGCCTCTGGAGGGGATCCTGTA...TAGGATACTACAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTATGTTGCCTACGTAGCTAAAGATCCAGTTAATCAACGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 195158 CTATGTTGCCTACGTAGCTAAAGATCCAGTTAATCAACGAGGTA...CAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCTGTCACATATTGGAATGCCACAATGGAATGGCCCAAGACGTCATAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205201 CCTGTCACATATTGGAATGCCACAATGGAATGGCCCAAGACGTCATAAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACCATAGGGCAGGCTTTTGAACTCCGGTTCAAACAGTACTTGAAAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 205251 ACCATAGGGCAGGCTTTTGAACTCCGGTTTAAACAGTACTTGAAAAATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TTCTTTGAATACTTCTTGTGAAAG         TGAGGAGGTGCATATTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 205301 TTCTTTGAATACTTCTTGTGAAAGGTC...CAGTGAGGAGGTGCATATTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATAGCCATGCCGAGGAGAGAGAAGATCATGAATATTACAATGAAATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206909 ATAGCCATGCCGAGGAGAGAGAAGATCATGAATATTACAATGAAATTCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGGAAGCAGCCACCAGTAGGTGGTGTTTCAGATATGCGGATCAAAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206959 GGGAAGCAGCCACCAGTAGGTGGTGTTTCAGATATGCGGATCAAAGTTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AGCCACGGAACAAATGGCTTACTGCCCCATACAGTGTGAAAAGTTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207009 AGCCACGGAACAAATGGCTTACTGCCCCATACAGTGTGAAAAGTTGTGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ATTTG         CCTGGAAACTCCAAGTGCAGCAGTGTATATGAGAAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207059 ATTTGGTA...CAGCCTGGAAACTCCAAGTGCAGCAGTGTATATGAGAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TGTTTAGAACAAAGCAGGGCAATAG         GTAATGTCCATCCAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 211804 TGTTTAGAACAAAGCAGGGCAATAGGTA...CAGGTAATGTCCATCCAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGGGGTGCAGTCCCAGCGAGATACCTCATTATTGAAGCACACGTGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219444 AGGGGTGCAGTCCCAGCGAGATACCTCATTATTGAAGCACACGTGCCGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGGATCTCTTTGATGACCCCTGCTACATTAATACACAGGCTCTTCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219494 TGGATCTCTTTGATGACCCCTGCTACATTAATACACAGGCTCTTCAAAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACACCTGGCTCTGCTGGAAATCAAAGGTCAGCCCAACCACTGGGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219544 ACACCTGGCTCTGCTGGAAATCAAAGGTCAGCCCAACCACTGGGGAGCCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 ATGGCACTGCGGAA         AGGCACCAGAAACTGTTCAGCCGGGTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 219594 ATGGCACTGCGGAAGTA...CAGAGGCACCAGAAACTGTTCAGCCGGGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CCACAGCCCAGCCTGCCAGCTCACATTCTTTGCCACACATTAAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228021 CCACAGCCCAGCCTGCCAGCTCACATTCTTTGCCACACATTAAGCAGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CTGTGGAGCGAAGAATGCTATCATGGCAAGCTGAGCAGGAAGGCGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228071 CTGTGGAGCGAAGAATGCTATCATGGCAAGCTGAGCAGGAAGGCGGCAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GAGCCTCTTGGTAAAGGATGGGGACTTTTTGGTTCGAGAGAGTGCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228121 GAGCCTCTTGGTAAAGGATGGGGACTTTTTGGTTCGAGAGAGTGCAACAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CCCCTGGCCAATATGTGCTGAGTGGACTACAGGGAGGCCAAGCAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228171 CCCCTGGCCAATATGTGCTGAGTGGACTACAGGGAGGCCAAGCAAAACAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CTTCTCCTGGTGGATCCTGAAGGCAAG         GTGAGGACCAAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 228221 CTTCTCCTGGTGGATCCTGAAGGCAAGGTA...AAGGTGAGGACCAAGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TCATGTATTTGATAATGTCGGCCACCTTATCAGATACCATATGGATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236904 TCATGTATTTGATAATGTCGGCCACCTTATCAGATACCATATGGATAACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 GTTTGCCAATCATCTCCTCTGGAAGCGAAGTAAGCCTTAAACAACCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236954 GTTTGCCAATCATCTCCTCTGGAAGCGAAGTAAGCCTTAAACAACCAGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .
   1852 AGAAAAGATAATAATCCAGCACTTTTGCATTCCAACAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237004 AGAAAAGATAATAATCCAGCACTTTTGCATTCCAACAAA