seq1 = pF1KE3763.tfa, 1677 bp
seq2 = pF1KE3763/gi568815593r_40662781.tfa (gi568815593r:40662781_40898189), 235409 bp

>pF1KE3763 1677
>gi568815593r:40662781_40898189 (Chr5)

(complement)

1-127  (100001-100127)   100% ->
128-269  (120604-120745)   100% ->
270-363  (122687-122780)   100% ->
364-508  (126327-126471)   100% ->
509-596  (128687-128774)   100% ->
597-821  (130500-130724)   100% ->
822-1308  (132952-133438)   99% ->
1309-1435  (133550-133676)   100% ->
1436-1677  (135168-135409)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCAGACTCAGTTCCTGGAGAAAGATGGCGACAGCCGAGAAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCAGACTCAGTTCCTGGAGAAAGATGGCGACAGCCGAGAAGCAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACACGACGGGCGGGTGAAGATCGGCCACTACATTCTGGGTGACACGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACACGACGGGCGGGTGAAGATCGGCCACTACATTCTGGGTGACACGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGTCGGCACCTTCGGCAAAGTGAAGG         TTGGCAAACATGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100101 GGGTCGGCACCTTCGGCAAAGTGAAGGGTG...CAGTTGGCAAACATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGACTGGGCATAAAGTAGCTGTGAAGATACTCAATCGACAGAAGATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120618 TTGACTGGGCATAAAGTAGCTGTGAAGATACTCAATCGACAGAAGATTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGCCTTGATGTGGTAGGAAAAATCCGCAGAGAAATTCAGAACCTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120668 GAGCCTTGATGTGGTAGGAAAAATCCGCAGAGAAATTCAGAACCTCAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTTCAGGCATCCTCATATAATTAAACT         GTACCAGGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 120718 TTTTCAGGCATCCTCATATAATTAAACTGTA...CAGGTACCAGGTCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTACACCATCTGATATTTTCATGGTGATGGAATATGTCTCAGGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122700 AGTACACCATCTGATATTTTCATGGTGATGGAATATGTCTCAGGAGGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTATTTGATTATATCTGTAAGAATGGAAGG         CTGGATGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 122750 GCTATTTGATTATATCTGTAAGAATGGAAGGGTA...TAGCTGGATGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGAAAGTCGGCGTCTGTTCCAACAGATCCTTTCTGGTGTGGATTATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126337 AAGAAAGTCGGCGTCTGTTCCAACAGATCCTTTCTGGTGTGGATTATTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CACAGGCATATGGTGGTCCATAGAGATTTGAAACCTGAAAATGTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126387 CACAGGCATATGGTGGTCCATAGAGATTTGAAACCTGAAAATGTCCTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGATGCACACATGAATGCAAAGATAGCTGATTTTG         GTCTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 126437 TGATGCACACATGAATGCAAAGATAGCTGATTTTGGTA...CAGGTCTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAAACATGATGTCAGATGGTGAATTTTTAAGAACAAGTTGTGGCTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128693 CAAACATGATGTCAGATGGTGAATTTTTAAGAACAAGTTGTGGCTCACCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACTATGCTGCACCAGAAGTAATTTCAGGAAG         ATTGTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 128743 AACTATGCTGCACCAGAAGTAATTTCAGGAAGGTA...CAGATTGTATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGGCCCAGAGGTAGATATATGGAGCAGTGGGGTTATTCTCTATGCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130509 AGGCCCAGAGGTAGATATATGGAGCAGTGGGGTTATTCTCTATGCTTTAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TATGTGGAACCCTTCCATTTGATGATGACCATGTGCCAACTCTTTTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130559 TATGTGGAACCCTTCCATTTGATGATGACCATGTGCCAACTCTTTTTAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGATATGTGATGGGATCTTCTATACCCCTCAATATTTAAATCCTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130609 AAGATATGTGATGGGATCTTCTATACCCCTCAATATTTAAATCCTTCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GATTAGCCTTTTGAAACATATGCTGCAGGTGGATCCCATGAAGAGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130659 GATTAGCCTTTTGAAACATATGCTGCAGGTGGATCCCATGAAGAGGGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAATCAAAGATATCAG         GGAACATGAATGGTTCAAACAGGAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||| |||||||||
 130709 CAATCAAAGATATCAGGTA...CAGGGAACATGAATGGTTTAAACAGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTTCCAAAATATCTCTTTCCTGAGGATCCATCATATAGTTCAACCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132977 CTTCCAAAATATCTCTTTCCTGAGGATCCATCATATAGTTCAACCATGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGATGATGAAGCCTTAAAAGAAGTATGTGAAAAGTTTGAGTGCTCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133027 TGATGATGAAGCCTTAAAAGAAGTATGTGAAAAGTTTGAGTGCTCAGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGGAAGTTCTCAGCTGTCTTTACAACAGAAATCACCAGGATCCTTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133077 AGGAAGTTCTCAGCTGTCTTTACAACAGAAATCACCAGGATCCTTTGGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTTGCCTACCATCTCATAATAGATAACAGGAGAATAATGAATGAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133127 GTTGCCTACCATCTCATAATAGATAACAGGAGAATAATGAATGAAGCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGATTTCTATTTGGCGACAAGCCCACCTGATTCTTTTCTTGATGATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133177 AGATTTCTATTTGGCGACAAGCCCACCTGATTCTTTTCTTGATGATCATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACCTGACTCGGCCCCATCCTGAAAGAGTACCATTCTTGGTTGCTGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133227 ACCTGACTCGGCCCCATCCTGAAAGAGTACCATTCTTGGTTGCTGAAACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCAAGGGCACGCCATACCCTTGATGAATTAAATCCACAGAAATCCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133277 CCAAGGGCACGCCATACCCTTGATGAATTAAATCCACAGAAATCCAAACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCAAGGTGTAAGGAAAGCAAAATGGCATTTAGGAATTAGAAGTCAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133327 CCAAGGTGTAAGGAAAGCAAAATGGCATTTAGGAATTAGAAGTCAAAGTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GACCAAATGATATTATGGCAGAAGTATGTAGAGCAATCAAACAATTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133377 GACCAAATGATATTATGGCAGAAGTATGTAGAGCAATCAAACAATTGGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TATGAATGGAAG         GTTGTAAACCCATATTATTTGCGTGTACG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 133427 TATGAATGGAAGGTA...TAGGTTGTAAACCCATATTATTTGCGTGTACG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 AAGGAAGAATCCTGTGACAAGCACTTACTCCAAAATGAGTCTACAGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133579 AAGGAAGAATCCTGTGACAAGCACTTACTCCAAAATGAGTCTACAGTTAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ACCAAGTGGATAGTAGAACTTATCTACTGGATTTCCGTAGTATTGATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 133629 ACCAAGTGGATAGTAGAACTTATCTACTGGATTTCCGTAGTATTGATGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1436        ATGAAATTACAGAAGCCAAATCAGGGACTGCTACTCCACAGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133679 A...CAGATGAAATTACAGAAGCCAAATCAGGGACTGCTACTCCACAGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 ATCGGGATCAGTTAGCAACTATCGATCTTGCCAAAGGAGTGATTCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135211 ATCGGGATCAGTTAGCAACTATCGATCTTGCCAAAGGAGTGATTCAGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CTGAGGCTCAAGGAAAATCCTCAGAAGTTTCTCTTACCTCATCTGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135261 CTGAGGCTCAAGGAAAATCCTCAGAAGTTTCTCTTACCTCATCTGTGACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TCACTTGACTCTTCTCCTGTTGACCTAACTCCAAGACCTGGAAGTCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135311 TCACTTGACTCTTCTCCTGTTGACCTAACTCCAAGACCTGGAAGTCACAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1629 AATAGAATTTTTTGAGATGTGTGCAAATCTAATTAAAATTCTTGCACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135361 AATAGAATTTTTTGAGATGTGTGCAAATCTAATTAAAATTCTTGCACAA