seq1 = pF1KE3762.tfa, 1701 bp
seq2 = pF1KE3762/gi568815592f_33312280.tfa (gi568815592f:33312280_33516095), 203816 bp

>pF1KE3762 1701
>gi568815592f:33312280_33516095 (Chr6)

1-159  (99985-100143)   100% ->
160-241  (100229-100310)   100% ->
242-337  (100419-100514)   100% ->
338-438  (100917-101017)   99% ->
439-587  (101130-101278)   100% ->
588-683  (101457-101552)   100% ->
684-752  (101762-101830)   100% ->
753-876  (101964-102087)   100% ->
877-944  (102198-102265)   98% ->
945-1049  (102446-102550)   100% ->
1050-1239  (102676-102865)   100% ->
1240-1334  (102956-103050)   100% ->
1335-1415  (103311-103391)   100% ->
1416-1701  (103531-103816)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCAGCCCCCCCGGCTGAGCCGCTCTGGTGCCTCCTCACTTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99985 ATGGCGCAGCCCCCCCGGCTGAGCCGCTCTGGTGCCTCCTCACTTTGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAGCTTCTCCTGCTCCCACCTCTGGCCCCAGGCCTCGGCTTTGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100035 CCCAGCTTCTCCTGCTCCCACCTCTGGCCCCAGGCCTCGGCTTTGGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCAAGATGTGCTGGCCAGATGGACTGATGGGCTGCTATACTTGGGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100085 GTCAAGATGTGCTGGCCAGATGGACTGATGGGCTGCTATACTTGGGTACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCAAAAAG         GTGGACAGTGCTAGGGAGGTGTGTCTGGTCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100135 ATCAAAAAGGTA...CAGGTGGACAGTGCTAGGGAGGTGTGTCTGGTCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTTGAGGATGATTCGCAGTTTCTGGTTCTATGGAAAGACATTAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100261 GTTTGAGGATGATTCGCAGTTTCTGGTTCTATGGAAAGACATTAGCCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242          CTGCCCTCCCTGGAGAGGAACTCCTCTGTTGTGTCTGTCGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100311 GTA...CAGCTGCCCTCCCTGGAGAGGAACTCCTCTGTTGTGTCTGTCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTGAGACTGTGGTCCCTGGGAACCGGCTGGTCAGCTGTGAGAAGTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100460 TCTGAGACTGTGGTCCCTGGGAACCGGCTGGTCAGCTGTGAGAAGTGTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCATG         CTTATCACCAGGACTGCCATGTTCCCAGGGCTCCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100510 CCATGGTG...CAGCTTATCACCAGGACTGCCATGTTCCCAGGGCTCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCCTGGAGAGGGAGAGGGCACATCCTGGGTATGCCGCCAGTGTGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100953 CCCCTGGAGAGGGAGAGGGCACATCCTGGGTATGCCGCCAGTGTGTCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTATCGCCACCAAG         AGGGGAGGTGCCCTGAAGAAGGGCCC
        || ||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101003 GCGATCGCCACCAAGGTA...CAGAGGGGAGGTGCCCTGAAGAAGGGCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTATGCCCGGGCCATGCTGGGTATGAAGCTTTCTCTGCCATATGGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101156 CTATGCCCGGGCCATGCTGGGTATGAAGCTTTCTCTGCCATATGGACTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGGGCTGGACTGGGATGCTGGACATCTGAGCAACCGACAGCAGAGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101206 AGGGGCTGGACTGGGATGCTGGACATCTGAGCAACCGACAGCAGAGTTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGTTACTGTGGTGGCCCTGGGGA         GTGGAACCTGAAAATGCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101256 TGTTACTGTGGTGGCCCTGGGGAGTG...CAGGTGGAACCTGAAAATGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCAGTGCCGGAGCTGCCTGCAGTGGTTCCATGAGGCCTGCACCCAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101475 GCAGTGCCGGAGCTGCCTGCAGTGGTTCCATGAGGCCTGCACCCAGTGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGAGCAAGCCCCTCCTCTATGGGGACAG         GTTCTATGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101525 TGAGCAAGCCCCTCCTCTATGGGGACAGGTG...CAGGTTCTATGAATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAATGCTGTGTGTGTCGCGGGGGCCCTGAGAAAGTCCGGAGACTACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101775 GAATGCTGTGTGTGTCGCGGGGGCCCTGAGAAAGTCCGGAGACTACAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCGCTG         GGTGGATGTGGCCCATCTTGTCCTGTATCACCTCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101825 TCGCTGGTG...CAGGGTGGATGTGGCCCATCTTGTCCTGTATCACCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GTGTTTGCTGTAAGAAGAAATACTTTGATTTTGATCGTGAGATCCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101999 GTGTTTGCTGTAAGAAGAAATACTTTGATTTTGATCGTGAGATCCTCCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTCACTTCTGAGAATTGGGACAGTTTGCTCCTGGGGGAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102049 TTCACTTCTGAGAATTGGGACAGTTTGCTCCTGGGGGAGGTA...CAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TTCAGACACCCCCAAAGGAGAACGTTCTTCCAAGCTCCTCTCTGCTCTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 102200 TTCAGACACCCCCAAAGGAGAACGTTCTTCCAGGCTCCTCTCTGCTCTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACAGCCACAAGGACCG         TTTCATTTCAGGGAGAGAGATTAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102250 ACAGCCACAAGGACCGGTG...CAGTTTCATTTCAGGGAGAGAGATTAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAGAGGAAATGTTTGTTTGGTCTCCATGCTCGGATGCCTCCCCCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102471 AAGAGGAAATGTTTGTTTGGTCTCCATGCTCGGATGCCTCCCCCTGTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCCCCCTACTGGAGATGGAGCACTCACCAG         CTTCCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102521 GCCCCCTACTGGAGATGGAGCACTCACCAGGTC...CAGCTTCCCTTCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GGCAGGGCCCTGGGGGAGGGGTCTCACGTCCCCTGGGGAAGCGCCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102687 GGCAGGGCCCTGGGGGAGGGGTCTCACGTCCCCTGGGGAAGCGCCGGAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCGGAGCCAGAGCCCCTGAGGAGGAGGCAGAAGGGGAAAGTGGAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102737 CCGGAGCCAGAGCCCCTGAGGAGGAGGCAGAAGGGGAAAGTGGAGGAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGGGCCACCCTCAGCAGTGCGCAATCAGCCCGAGCCCCAGGAGCAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102787 GGGGCCACCCTCAGCAGTGCGCAATCAGCCCGAGCCCCAGGAGCAGAGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGCGGGCTCATCTGCAGAGGGCACTGCAG         GCCTCAGTGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102837 AGCGGGCTCATCTGCAGAGGGCACTGCAGGTA...TAGGCCTCAGTGTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CCACCATCCCCCAGCCCTAACCAGAGTTACCAGGGCAGCAGCGGCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102968 CCACCATCCCCCAGCCCTAACCAGAGTTACCAGGGCAGCAGCGGCTACAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTTCCGGCCCACAGATGCCCGCTGCCTGCCCAG         CAGCCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103018 CTTCCGGCCCACAGATGCCCGCTGCCTGCCCAGGTC...CAGCAGCCCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TCCGGATGTTTGCTTCCTTCCACCCTTCTGCCAGCACCGCAGGGACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103319 TCCGGATGTTTGCTTCCTTCCACCCTTCTGCCAGCACCGCAGGGACCTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GGGGACAGTGGACCCCCAGACAG         GTCACCCCTGGAACTTCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103369 GGGGACAGTGGACCCCCAGACAGGTG...TAGGTCACCCCTGGAACTTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CATTGGTTTCCCCACAGACATCCCTAAAAGTGCCCCCCACTCGATGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103549 CATTGGTTTCCCCACAGACATCCCTAAAAGTGCCCCCCACTCGATGACTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CCTCATCTTCCTCAGTTTCATCCCCATCCCCAGGTCTTCCTAGACGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103599 CCTCATCTTCCTCAGTTTCATCCCCATCCCCAGGTCTTCCTAGACGCTCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GCACCCCCTTCTCCCCTGTGCCGTAGTTTGTCTCCTGGGACTGGGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103649 GCACCCCCTTCTCCCCTGTGCCGTAGTTTGTCTCCTGGGACTGGGGGAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AGTCCGAGGTGGGGTTGGTTACCTGTCCCGAGGGGACCCTGTCCGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103699 AGTCCGAGGTGGGGTTGGTTACCTGTCCCGAGGGGACCCTGTCCGGGTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TTGCTCGGAGAGTACGGCCTGATGGCTCTGTGCAGTACCTGGTTGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103749 TTGCTCGGAGAGTACGGCCTGATGGCTCTGTGCAGTACCTGGTTGAGTGG

   1800     .    :    .
   1684 GGAGGAGGGGGCATCTTC
        ||||||||||||||||||
 103799 GGAGGAGGGGGCATCTTC