seq1 = pF1KE3761.tfa, 1656 bp
seq2 = pF1KE3761/gi568815597f_56545388.tfa (gi568815597f:56545388_56807710), 262323 bp

>pF1KE3761 1656
>gi568815597f:56545388_56807710 (Chr1)

1-94  (100001-100094)   100% ->
95-236  (128994-129135)   100% ->
237-330  (146007-146100)   100% ->
331-475  (146971-147115)   100% ->
476-563  (148378-148465)   100% ->
564-788  (150548-150772)   100% ->
789-1293  (158584-159088)   99% ->
1294-1420  (160705-160831)   100% ->
1421-1656  (162088-162323)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGAAGCAGAAGCACGACGGGCGGGTGAAGATCGGACACTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGAGAAGCAGAAGCACGACGGGCGGGTGAAGATCGGACACTACGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGGCGACACGCTGGGCGTCGGCACCTTCGGCAAAGTGAAGA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100051 GCTGGGCGACACGCTGGGCGTCGGCACCTTCGGCAAAGTGAAGAGTT...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95    TTGGAGAACATCAATTAACAGGCCATAAAGTGGCAGTTAAAATCTTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128991 TAGTTGGAGAACATCAATTAACAGGCCATAAAGTGGCAGTTAAAATCTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATAGACAGAAGATTCGCAGTTTAGATGTTGTTGGAAAAATAAAACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129041 AATAGACAGAAGATTCGCAGTTTAGATGTTGTTGGAAAAATAAAACGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATTCAAAATCTAAAACTCTTTCGTCATCCTCATATTATCAAACT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 129091 AATTCAAAATCTAAAACTCTTTCGTCATCCTCATATTATCAAACTGTA..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    237     ATACCAGGTGATCAGCACTCCAACAGATTTTTTTATGGTAATGGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129141 .AAGATACCAGGTGATCAGCACTCCAACAGATTTTTTTATGGTAATGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATGTGTCTGGAGGTGAATTATTTGACTACATCTGTAAGCATGGACGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 146053 TATGTGTCTGGAGGTGAATTATTTGACTACATCTGTAAGCATGGACGGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        GTTGAAGAGATGGAAGCCAGGCGGCTCTTTCAGCAGATTCTGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146103 G...TAGGTTGAAGAGATGGAAGCCAGGCGGCTCTTTCAGCAGATTCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGCTGTGGATTACTGTCATAGGCATATGGTTGTTCATCGAGACCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147014 CTGCTGTGGATTACTGTCATAGGCATATGGTTGTTCATCGAGACCTGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCAGAGAATGTCCTGTTGGATGCACACATGAATGCCAAGATAGCCGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147064 CCAGAGAATGTCCTGTTGGATGCACACATGAATGCCAAGATAGCCGATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CG         GATTATCTAATATGATGTCAGATGGTGAATTTCTGAGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147114 CGGTA...TAGGATTATCTAATATGATGTCAGATGGTGAATTTCTGAGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTAGTTGCGGATCTCCAAATTATGCAGCACCTGAAGTCATCTCAGGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 148417 CTAGTTGCGGATCTCCAAATTATGCAGCACCTGAAGTCATCTCAGGCAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564         ATTGTATGCAGGTCCTGAAGTTGATATCTGGAGCTGTGGTGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148467 TA...TAGATTGTATGCAGGTCCTGAAGTTGATATCTGGAGCTGTGGTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TATCTTGTATGCTCTTCTTTGTGGCACCCTCCCATTTGATGATGAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150590 TATCTTGTATGCTCTTCTTTGTGGCACCCTCCCATTTGATGATGAGCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TACCTACGTTATTTAAGAAGATCCGAGGGGGTGTCTTTTATATCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150640 TACCTACGTTATTTAAGAAGATCCGAGGGGGTGTCTTTTATATCCCAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TATCTCAATCGTTCTGTCGCCACTCTCCTGATGCATATGCTGCAGGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150690 TATCTCAATCGTTCTGTCGCCACTCTCCTGATGCATATGCTGCAGGTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCCACTGAAACGAGCAACTATCAAAGACATAAG         AGAGCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 150740 CCCACTGAAACGAGCAACTATCAAAGACATAAGGTG...TAGAGAGCATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AATGGTTCAAACAAGATTTGCCCAGTTACTTATTTCCTGAAGACCCTTCC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158592 AATGGTTTAAACAAGATTTGCCCAGTTACTTATTTCCTGAAGACCCTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TATGATGCTAACGTCATTGATGATGAGGCTGTGAAAGAAGTGTGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158642 TATGATGCTAACGTCATTGATGATGAGGCTGTGAAAGAAGTGTGTGAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATTTGAATGTACAGAATCAGAAGTAATGAACAGTTTATATAGTGGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158692 ATTTGAATGTACAGAATCAGAAGTAATGAACAGTTTATATAGTGGTGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTCAAGACCAGCTTGCAGTGGCTTATCATCTTATCATTGACAATCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158742 CTCAAGACCAGCTTGCAGTGGCTTATCATCTTATCATTGACAATCGGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATAATGAACCAAGCCAGTGAGTTCTACCTCGCCTCTAGTCCTCCATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158792 ATAATGAACCAAGCCAGTGAGTTCTACCTCGCCTCTAGTCCTCCATCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TTCTTTTATGGATGATAGTGCCATGCATATTCCCCCAGGCCTGAAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158842 TTCTTTTATGGATGATAGTGCCATGCATATTCCCCCAGGCCTGAAACCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATCCAGAAAGGATGCCACCTCTTATAGCAGACAGCCCCAAAGCAAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158892 ATCCAGAAAGGATGCCACCTCTTATAGCAGACAGCCCCAAAGCAAGATGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCATTGGATGCACTGAATACGACTAAGCCCAAATCTTTAGCTGTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158942 CCATTGGATGCACTGAATACGACTAAGCCCAAATCTTTAGCTGTGAAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AGCCAAGTGGCATCTTGGAATCCGAAGTCAGAGCAAACCGTATGACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158992 AGCCAAGTGGCATCTTGGAATCCGAAGTCAGAGCAAACCGTATGACATTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGGCTGAAGTTTACCGAGCTATGAAGCAGCTGGATTTTGAATGGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 159042 TGGCTGAAGTTTACCGAGCTATGAAGCAGCTGGATTTTGAATGGAAGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1294       GTAGTGAATGCATACCATCTTCGTGTAAGAAGAAAAAATCCAGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159092 ...TAGGTAGTGAATGCATACCATCTTCGTGTAAGAAGAAAAAATCCAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GACTGGCAATTACGTGAAAATGAGCTTACAACTTTACCTGGTTGATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160749 GACTGGCAATTACGTGAAAATGAGCTTACAACTTTACCTGGTTGATAACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GGAGCTATCTTTTGGACTTTAAAAGCATTGATG         ATGAAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 160799 GGAGCTATCTTTTGGACTTTAAAAGCATTGATGGTA...CAGATGAAGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GTGGAGCAGAGATCTGGTTCCTCAACACCTCAGCGTTCCTGTTCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162096 GTGGAGCAGAGATCTGGTTCCTCAACACCTCAGCGTTCCTGTTCTGCTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TGGCTTACACAGACCAAGATCAAGTTTTGATTCCACAACTGCAGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162146 TGGCTTACACAGACCAAGATCAAGTTTTGATTCCACAACTGCAGAGAGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 ATTCACTTTCTGGCTCTCTCACTGGCTCTTTGACCGGAAGCACATTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162196 ATTCACTTTCTGGCTCTCTCACTGGCTCTTTGACCGGAAGCACATTGTCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TCAGTTTCACCTCGCCTGGGCAGTCACACCATGGATTTTTTTGAAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162246 TCAGTTTCACCTCGCCTGGGCAGTCACACCATGGATTTTTTTGAAATGTG

   1700     .    :    .    :    .
   1629 TGCCAGTCTGATTACTACTTTAGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||
 162296 TGCCAGTCTGATTACTACTTTAGCCCGT