seq1 = pF1KE3760.tfa, 1482 bp
seq2 = pF1KE3760/gi568815596r_43124322.tfa (gi568815596r:43124322_43326315), 201994 bp

>pF1KE3760 1482
>gi568815596r:43124322_43326315 (Chr2)

(complement)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-1482  (100564-101994)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGACCACACTTCTGTCCGCCTTCTACGATGTCGACTTCTTGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGACCACACTTCTGTCCGCCTTCTACGATGTCGACTTCTTGTGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         ACAGAGAAATCCCTGGCCAACCTCAACCTGAACAACATGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...CAGACAGAGAAATCCCTGGCCAACCTCAACCTGAACAACATGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGACAAGAAGGCGGTGGGGACGCCTGTGGCCGCCGCCCCCAGCTCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100604 TGGACAAGAAGGCGGTGGGGACGCCTGTGGCCGCCGCCCCCAGCTCGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCGCGCCGGGATTCCTCCGACGGCACTCGGCCAGCAACCTGCATGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100654 TTCGCGCCGGGATTCCTCCGACGGCACTCGGCCAGCAACCTGCATGCACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGCCCACCCCGCGCCCAGCCCCGGCAGCTGCTCGCCCAAGTTCCCGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100704 CGCCCACCCCGCGCCCAGCCCCGGCAGCTGCTCGCCCAAGTTCCCGGGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGCTAACGGCAGCAGCTGCGGCAGCGCGGCGGCCGGCGGTCCGACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100754 CCGCTAACGGCAGCAGCTGCGGCAGCGCGGCGGCCGGCGGTCCGACCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TACGGCACCCTTAAGGAGCCGTCGGGGGGCGGCGGCACAGCCCTGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100804 TACGGCACCCTTAAGGAGCCGTCGGGGGGCGGCGGCACAGCCCTGCTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAGGAGAACAAATTCCGGGACCGCTCGTTTAGCGAGAACGGCGATCGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100854 CAAGGAGAACAAATTCCGGGACCGCTCGTTTAGCGAGAACGGCGATCGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCCAGCACCTCCTGCACCTGCAGCAGCAGCAGAAGGGGGGCGGCGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100904 GCCAGCACCTCCTGCACCTGCAGCAGCAGCAGAAGGGGGGCGGCGGCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGATCAACTCCACGCGCTACAAGACCGAGCTGTGCCGGCCCTTCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100954 CAGATCAACTCCACGCGCTACAAGACCGAGCTGTGCCGGCCCTTCGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GAGCGGCACGTGCAAGTACGGCGAAAAGTGCCAGTTCGCGCATGGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101004 GAGCGGCACGTGCAAGTACGGCGAAAAGTGCCAGTTCGCGCATGGCTTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACGAGCTGCGCAGCCTGACTCGCCATCCGAAGTACAAGACCGAGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101054 ACGAGCTGCGCAGCCTGACTCGCCATCCGAAGTACAAGACCGAGCTGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CGCACCTTTCATACCATCGGCTTCTGCCCCTATGGGCCGCGCTGCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101104 CGCACCTTTCATACCATCGGCTTCTGCCCCTATGGGCCGCGCTGCCACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CATCCACAACGCGGACGAGCGGCGGCCCGCGCCGTCGGGGGGCGCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101154 CATCCACAACGCGGACGAGCGGCGGCCCGCGCCGTCGGGGGGCGCCTCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GGGACCTGCGTGCCTTTGGCACGCGCGATGCGTTGCACCTGGGCTTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101204 GGGACCTGCGTGCCTTTGGCACGCGCGATGCGTTGCACCTGGGCTTCCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGGGAGCCGCGGCCCAAGCTGCACCACAGCCTCAGCTTCTCGGGCTTCCC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 101254 CGGGAGCCGCGGCCCAAGTTGCACCACAGCCTCAGCTTCTCGGGCTTCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GTCGGGCCACCATCAGCCCCCGGGCGGCCTCGAGTCGCCGCTGCTGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101304 GTCGGGCCACCATCAGCCCCCGGGCGGCCTCGAGTCGCCGCTGCTGCTCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ACAGCCCCACGTCGCGCACGCCGCCGCCGCCCTCCTGCTCTTCGGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101354 ACAGCCCCACGTCGCGCACGCCGCCGCCGCCCTCCTGCTCTTCGGCCTCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TCCTGCTCCTCCTCCGCCTCCTCCTGTTCCTCGGCCTCCGCGGCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101404 TCCTGCTCCTCCTCCGCCTCCTCCTGTTCCTCGGCCTCCGCGGCCTCCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCCCTCGGGCGCCCCGACATGCTGCGCCTCCGCGGCGGCCGCGGCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101454 GCCCTCGGGCGCCCCGACATGCTGCGCCTCCGCGGCGGCCGCGGCTGCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCGCTCTGCTGTACGGCACCGGGGGCGCCGAGGACCTGCTGGCGCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101504 CCGCTCTGCTGTACGGCACCGGGGGCGCCGAGGACCTGCTGGCGCCGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GCCCCGTGCGCGGCCTGCTCGTCGGCCTCGTGCGCCAACAACGCCTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101554 GCCCCGTGCGCGGCCTGCTCGTCGGCCTCGTGCGCCAACAACGCCTTCGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CTTCGGTCCGGAGCTCAGCAGCCTCATCACGCCGCTCGCCATCCAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101604 CTTCGGTCCGGAGCTCAGCAGCCTCATCACGCCGCTCGCCATCCAGACCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 ACAACTTTGCCGCCGTGGCCGCCGCCGCCTACTACCGCAGTCAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101654 ACAACTTTGCCGCCGTGGCCGCCGCCGCCTACTACCGCAGTCAGCAGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CAGCAGCAGCAGGGCCTGGCGCCCCCCGCGCAGCCGCCGGCGCCGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101704 CAGCAGCAGCAGGGCCTGGCGCCCCCCGCGCAGCCGCCGGCGCCGCCCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CGCGACCCTCCCCGCCGGGGCCGCCGCACCTCCCTCGCCGCCCTTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101754 CGCGACCCTCCCCGCCGGGGCCGCCGCACCTCCCTCGCCGCCCTTCAGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TCCAGCTGCCGCGCCGCCTGTCCGACTCGCCCGTGTTCGACGCGCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101804 TCCAGCTGCCGCGCCGCCTGTCCGACTCGCCCGTGTTCGACGCGCCCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 AGCCCCCCGGACTCGCTGTCGGACCGCGACAGCTACCTAAGCGGCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101854 AGCCCCCCGGACTCGCTGTCGGACCGCGACAGCTACCTAAGCGGCTCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 GAGCTCCGGCAGCCTCAGCGGCTCTGAGTCTCCCAGCCTCGACCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101904 GAGCTCCGGCAGCCTCAGCGGCTCTGAGTCTCCCAGCCTCGACCCTGGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 GCCGCCTGCCAATCTTCAGCCGCCTCTCCATCTCCGACGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101954 GCCGCCTGCCAATCTTCAGCCGCCTCTCCATCTCCGACGAC