seq1 = pF1KE3759.tfa, 1443 bp
seq2 = pF1KE3759/gi568815594f_25134164.tfa (gi568815594f:25134164_25377169), 243006 bp

>pF1KE3759 1443
>gi568815594f:25134164_25377169 (Chr4)

1-268  (100001-100268)   99% ->
269-423  (118158-118312)   99% ->
424-624  (120902-121102)   99% ->
625-756  (122380-122511)   100% ->
757-910  (124874-125027)   100% ->
911-978  (126361-126428)   100% ->
979-1078  (129587-129686)   100% ->
1079-1212  (134280-134413)   100% ->
1213-1272  (134981-135040)   100% ->
1273-1443  (142851-143021)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGATCCCTCCGAGCCCGACCGGTTGGCGTCCGCGGACGGCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGATCCCTCCGAGCCCGACCGGTTGGCGTCCGCGGACGGCGGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGGAGGAGGAGGAGGATGGGGAGCGGGAGCCGCTGCTCCCGCGGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100051 CCCGGAGGAGGAGGAGGATGGGGAGCGGGAGCCGCTGCTACCGCGGATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTGGGCCCACCCGCGGAGAGGCGCCCCAGGCAGCGCCGTGAGGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTGGGCCCACCCGCGGAGAGGCGCCCCAGGCAGCGCCGTGAGGCTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACGCTGCCGGGGAGGAGGGCGAGGCCGGCGACGAGGAGCTGCCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACGCTGCCGGGGAGGAGGGCGAGGCCGGCGACGAGGAGCTGCCCCTCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCGGGGACGTGGGGGTCTCCCGGAGTTCGCCCGCCGAGCTGGACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100201 GCCCGGGGACGTGGGGGTCTCCCGGAGTTCGTCCGCCGAGCTGGACCGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCGCCCCGCGGTTTCAG         TAACTATTGGTACTTCAGAGATG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100251 GCCGCCCCGCGGTTTCAGGTG...CAGTAACTATTGGTACTTCAGAGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATGCATTCTTGGATGACCCAGAATTTGCTGATATTATGCTGAGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 118181 AATGCATTCTTGGATGACCCAGAATTTGCCGATATTATGCTGAGAGCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCAAGCAATAGAAGTTGGAATTTTTCCAGAAAGAATCTCTCAAGGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118231 GCAAGCAATAGAAGTTGGAATTTTTCCAGAAAGAATCTCTCAAGGTTCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTGGAAGTTACTTTGTGAAGGATCCTAAGAGG         AAAATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 118281 GTGGAAGTTACTTTGTGAAGGATCCTAAGAGGGTG...TAGAAAATTATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGTGTGTTCAAACCCAAATCAGAAGAGCCTTATGGTCAACTCAATCCAAA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120911 GGTGTGTTTAAACCCAAATCAGAAGAGCCTTATGGTCAACTCAATCCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATGGACCAAATATGTCCATAAGGTCTGCTGCCCTTGCTGCTTTGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120961 ATGGACCAAATATGTCCATAAGGTCTGCTGCCCTTGCTGCTTTGGCCGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCTGCCTGATTCCTAATCAGGGGTACCTTTCCGAAGCGGGTGCCTATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121011 GCTGCCTGATTCCTAATCAGGGGTACCTTTCCGAAGCGGGTGCCTATCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTGGACAACAAGCTTCATCTGAGCATTGTACCTAAAACAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 121061 GTGGACAACAAGCTTCATCTGAGCATTGTACCTAAAACAAAGGTA...TA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    625  GTGGTTTGGCTTGTCAGTGAGACATTTAACTATAATGCGATTGACCGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122379 GGTGGTTTGGCTTGTCAGTGAGACATTTAACTATAATGCGATTGACCGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAAAATCAAGAGGCAAAAAGTATGCTTTAGAAAAAGTGCCAAAAGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122429 CAAAATCAAGAGGCAAAAAGTATGCTTTAGAAAAAGTGCCAAAAGTGGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGAAAGTTTCATAGGATAGGACTCCCTCCTAAG         ATTGGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 122479 AGAAAGTTTCATAGGATAGGACTCCCTCCTAAGGTA...TAGATTGGTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTTTCAGTTATTTGTTGAAGGTTACAAGGAGGCTGAATATTGGCTTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124882 CTTTCAGTTATTTGTTGAAGGTTACAAGGAGGCTGAATATTGGCTTAGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AATTTGAAGCTGACCCTTTGCCTGAGAATATTAGAAAACAATTTCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124932 AATTTGAAGCTGACCCTTTGCCTGAGAATATTAGAAAACAATTTCAGTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CAATTTGAAAGATTAGTTATTTTGGATTACATCATCAGAAATACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 124982 CAATTTGAAAGATTAGTTATTTTGGATTACATCATCAGAAATACAGGTA.

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911      ACAGGGGCAATGATAATTGGTTAGTCAGATACGAAAAGCAGAAAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125032 ..AAGACAGGGGCAATGATAATTGGTTAGTCAGATACGAAAAGCAGAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GTGAAAAGGAAATTGACCATAAG         GAATCAAAATGGATTGAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 126406 GTGAAAAGGAAATTGACCATAAGGTA...TAGGAATCAAAATGGATTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GATGAAGAATTCCTTATTAAAATAGCTGCAATTGATAATGGTCTAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129605 GATGAAGAATTCCTTATTAAAATAGCTGCAATTGATAATGGTCTAGCATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCCTTTTAAACATCCTGATGAATGGAGAGCAT         ATCCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 129655 TCCTTTTAAACATCCTGATGAATGGAGAGCATGTG...TAGATCCATTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACTGGGCTTGGCTTCCTCAAGCAAAAGTTCCCTTTTCTGAAGAAATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134289 ACTGGGCTTGGCTTCCTCAAGCAAAAGTTCCCTTTTCTGAAGAAATAAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AATTTGATTCTACCATATATTTCTGACATGAACTTTGTGCAAGATTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134339 AATTTGATTCTACCATATATTTCTGACATGAACTTTGTGCAAGATTTATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGAAGATCTCTATGAACTTTTTAAG         ACTGACAAAGGATTTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 134389 TGAAGATCTCTATGAACTTTTTAAGGTA...TAGACTGACAAAGGATTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACAAAGCCACTTTTGAAAGTCAGATGTCTGTGATGAGGGGTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 134997 ACAAAGCCACTTTTGAAAGTCAGATGTCTGTGATGAGGGGTCAGGTA...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1273    ATCTTAAACCTTACTCAGGCATTGAGAGACGGGAAGAGTCCTTTCCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142848 CAGATCTTAAACCTTACTCAGGCATTGAGAGACGGGAAGAGTCCTTTCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCTAGTACAGATACCTTGTGTGATTGTGGAACGCAGTCAAGGTGGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142898 GCTAGTACAGATACCTTGTGTGATTGTGGAACGCAGTCAAGGTGGAAGTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGGGTCGGATTGTCCACCTGAGCAATTCCTTTACCCAGACTGTCAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142948 AGGGTCGGATTGTCCACCTGAGCAATTCCTTTACCCAGACTGTCAATTGC

   1500     .    :    .    :
   1420 AGGAAGCCATTTTTTTCCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||
 142998 AGGAAGCCATTTTTTTCCTCCTGG