seq1 = pF1KE3756.tfa, 1116 bp
seq2 = pF1KE3756/gi568815586r_6520133.tfa (gi568815586r:6520133_6721248), 201116 bp

>pF1KE3756 1116
>gi568815586r:6520133_6721248 (Chr12)

(complement)

1-1116  (100001-101116)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTAGCCAACAGCTCCTCAACCAACAGTTCTGTTCTCCCGTGTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTAGCCAACAGCTCCTCAACCAACAGTTCTGTTCTCCCGTGTCCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACCGACCTACCCACCGCCTGCACTTGGTGGTCTACAGCTTGGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTACCGACCTACCCACCGCCTGCACTTGGTGGTCTACAGCTTGGTGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCCGGGCTCCCCCTCAACGCGCTAGCCCTCTGGGTCTTCCTGCGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCCGGGCTCCCCCTCAACGCGCTAGCCCTCTGGGTCTTCCTGCGCGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCGCGTGCACTCGGTGGTGAGCGTGTACATGTGTAACCTGGCGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCGCGTGCACTCGGTGGTGAGCGTGTACATGTGTAACCTGGCGGCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGACCTGCTCTTCACCCTCTCGCTGCCCGTTCGTCTCTCCTACTACGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGACCTGCTCTTCACCCTCTCGCTGCCCGTTCGTCTCTCCTACTACGCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCACCACTGGCCCTTCCCCGACCTCCTGTGCCAGACGACGGGCGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCACCACTGGCCCTTCCCCGACCTCCTGTGCCAGACGACGGGCGCCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCCAGATGAACATGTACGGCAGCTGCATCTTCCTGATGCTCATCAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCCAGATGAACATGTACGGCAGCTGCATCTTCCTGATGCTCATCAACGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGACCGCTACGCCGCCATCGTGCACCCGCTGCGACTGCGCCACCTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGACCGCTACGCCGCCATCGTGCACCCGCTGCGACTGCGCCACCTGCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGCCCCGCGTGGCGCGGCTGCTCTGCCTGGGCGTGTGGGCGCTCATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGCCCCGCGTGGCGCGGCTGCTCTGCCTGGGCGTGTGGGCGCTCATCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGTTTGCCGTGCCCGCCGCCCGCGTGCACAGGCCCTCGCGTTGCCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTGTTTGCCGTGCCCGCCGCCCGCGTGCACAGGCCCTCGCGTTGCCGCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCGGGACCTCGAGGTGCGCCTATGCTTCGAGAGCTTCAGCGACGAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCGGGACCTCGAGGTGCGCCTATGCTTCGAGAGCTTCAGCGACGAGCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGAAAGGCAGGCTGCTGCCCCTCGTGCTGCTGGCCGAGGCGCTGGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGAAAGGCAGGCTGCTGCCCCTCGTGCTGCTGGCCGAGGCGCTGGGCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGCTGCCCCTGGCGGCGGTGGTCTACTCGTCGGGCCGAGTCTTCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGCTGCCCCTGGCGGCGGTGGTCTACTCGTCGGGCCGAGTCTTCTGGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTGGCGCGCCCCGACGCCACGCAGAGCCAGCGGCGGCGGAAGACCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCTGGCGCGCCCCGACGCCACGCAGAGCCAGCGGCGGCGGAAGACCGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCTCCTGCTGGCTAACCTCGTCATCTTCCTGCTGTGCTTCGTGCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCCTCCTGCTGGCTAACCTCGTCATCTTCCTGCTGTGCTTCGTGCCCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AACAGCACGCTGGCGGTCTACGGGCTGCTGCGGAGCAAGCTGGTGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AACAGCACGCTGGCGGTCTACGGGCTGCTGCGGAGCAAGCTGGTGGCGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAGCGTGCCTGCCCGCGATCGTGTGCGCGGGGTGCTGATGGTGATGGTGC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAGCGTGCCTGCCCGCGATCGCGTGCGCGGGGTGCTGATGGTGATGGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCTGGCCGGCGCCAACTGCGTGCTGGACCCGCTGGTGTACTACTTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCTGGCCGGCGCCAACTGCGTGCTGGACCCGCTGGTGTACTACTTTAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCGAGGGCTTCCGCAACACCCTGCGCGGCCTGGGCACTCCGCACCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCGAGGGCTTCCGCAACACCCTGCGCGGCCTGGGCACTCCGCACCGGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAGGACCTCGGCCACCAACGGGACGCGGGCGGCGCTCGCGCAATCCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAGGACCTCGGCCACCAACGGGACGCGGGCGGCGCTCGCGCAATCCGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GGTCCGCCGTCACCACCGACGCCACCAGGCCGGATGCCGCCAGTCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GGTCCGCCGTCACCACCGACGCCACCAGGCCGGATGCCGCCAGTCAGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTGCTCCGACCCTCCGACTCCCACTCTCTGTCTTCCTTCACACAGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTGCTCCGACCCTCCGACTCCCACTCTCTGTCTTCCTTCACACAGTGTCC

   1100     .    :    .
   1101 CCAGGATTCCGCCCTC
        ||||||||||||||||
 101101 CCAGGATTCCGCCCTC