seq1 = pF1KE3754.tfa, 747 bp
seq2 = pF1KE3754/gi568815581f_7449154.tfa (gi568815581f:7449154_7657347), 208194 bp

>pF1KE3754 747
>gi568815581f:7449154_7657347 (Chr17)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-207  (100321-100368)   100% ->
208-283  (100967-101042)   98% ->
284-337  (101646-101699)   98% ->
338-373  (101790-101825)   100% ->
374-498  (107625-107749)   100% ->
499-747  (107946-108194)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCCCGTCGGAGCCAGAGGCGGAGGGGGCGCCGGGGGGAGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCCCGTCGGAGCCAGAGGCGGAGGGGGCGCCGGGGGGAGCCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCGCCCTGCTGGTCCCGCTCGCGCTGGGCCTGGGCCTGGCGCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCGCCCTGCTGGTCCCGCTCGCGCTGGGCCTGGGCCTGGCGCTGGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTCGGCCTCCTGCTGGCCGTGGTCAGTTTGGGGAGCCGGGCATCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCTCGGCCTCCTGCTGGCCGTGGTCAGTTTGGGGAGCCGGGCATCGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCGCCCAG         GAGCCTGCCCAGGAGGAGCTGGTGGCAGAGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCGCCCAGGTG...CAGGAGCCTGCCCAGGAGGAGCTGGTGGCAGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGACCAGGACCCGTCG         GAACTGAATCCCCAGACAGAAGAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100353 GGACCAGGACCCGTCGGTG...TAGGAACTGAATCCCCAGACAGAAGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCAGGATCCTGCGCCTTTCCTGAACCGACTAGTTCGGCCTCGAAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100992 GCCAGGATCCTGCGCCTTTCCTGAACCGACTAGTTCGGCCTCGCAGAAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 G         CACCTAAAGGCCGGAAAACACGGGCTCGAAGAGCTATCGC
        |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 101042 GGTG...CAGCACCTAAAGGCCGGAAAACACGGGCTCGAAGAGCGATCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCCCATTATGAAG         TTCATCCACGACCTGGACAGGACGGAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101686 AGCCCATTATGAAGGTG...CAGTTCATCCACGACCTGGACAGGACGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CGCAGGCAG         GTGTGGACGGGACAGTGAGTGGCTGGGAGGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101817 CGCAGGCAGGTG...CAGGTGTGGACGGGACAGTGAGTGGCTGGGAGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GCCAGAATCAACAGCTCCAGCCCTCTGCGCTACAACCGCCAGATCGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107657 GCCAGAATCAACAGCTCCAGCCCTCTGCGCTACAACCGCCAGATCGGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GTTTATAGTCACCCGGGCTGGGCTCTACTACCTGTACTGTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107707 GTTTATAGTCACCCGGGCTGGGCTCTACTACCTGTACTGTCAGGTA...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    499   GTGCACTTTGATGAGGGGAAGGCTGTCTACCTGAAGCTGGACTTGCTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107944 AGGTGCACTTTGATGAGGGGAAGGCTGTCTACCTGAAGCTGGACTTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTGGATGGTGTGCTGGCCCTGCGCTGCCTGGAGGAATTCTCAGCCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107994 GTGGATGGTGTGCTGGCCCTGCGCTGCCTGGAGGAATTCTCAGCCACTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGCGAGTTCCCTCGGGCCCCAGCTCCGCCTCTGCCAGGTGTCTGGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108044 GGCGAGTTCCCTCGGGCCCCAGCTCCGCCTCTGCCAGGTGTCTGGGCTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGGCCCTGCGGCCAGGGTCCTCCCTGCGGATCCGCACCCTCCCCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108094 TGGCCCTGCGGCCAGGGTCCTCCCTGCGGATCCGCACCCTCCCCTGGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CATCTCAAGGCTGCCCCCTTCCTCACCTACTTCGGACTCTTCCAGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108144 CATCTCAAGGCTGCCCCCTTCCTCACCTACTTCGGACTCTTCCAGGTTCA

    800 
    747 C
        |
 108194 C