seq1 = pF1KE3753.tfa, 603 bp
seq2 = pF1KE3753/gi568815595f_23108700.tfa (gi568815595f:23108700_23689828), 581129 bp

>pF1KE3753 603
>gi568815595f:23108700_23689828 (Chr3)

1-176  (100001-100176)   100% ->
177-227  (108563-108613)   100% ->
228-360  (390909-391041)   99% ->
361-508  (423855-424002)   100% ->
509-603  (481035-481129)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCACTGAGGCACAAAGAGTTGATGACAGTCCAAGCACTAGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCACTGAGGCACAAAGAGTTGATGACAGTCCAAGCACTAGTGGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGTTCCGATGGAGATCAACGTGAAAGTGTTCAGCAAGAACCAGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGTTCCGATGGAGATCAACGTGAAAGTGTTCAGCAAGAACCAGAAAGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACAAGTTCAGCCCAAGAAAAAGGAGGGAAAAATATCCAGCAAAACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACAAGTTCAGCCCAAGAAAAAGGAGGGAAAAATATCCAGCAAAACCGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTAAATTGTCAACTAGTGCTAAAAG         AATTCAGAAGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100151 GCTAAATTGTCAACTAGTGCTAAAAGGTA...AAGAATTCAGAAGGAACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCAGAAATCACATTGGACCCTCCTCCCAACTGTAG         TGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108578 TGCAGAAATCACATTGGACCCTCCTCCCAACTGTAGGTA...CAGTGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GACCCAAAGGAGACAACATTTATGAATGGAGGTCAACTATATTGGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 390914 GACCCAAAGGAGACAACATTTATGAATGGAGGTCAACTATATTGGGACCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAGGATCTGTCTATGAAGGAGGGGTGTTCTTTCTTGACATTACCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 390964 CCAGGATCTGTCTATGAAGGAGGGGTGTTCTTTCTTGACATTACCTTTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACCAGACTATCCGTTCAAACCCCCTAAG         GTTACCTTCCGAA
        ||||||||||||||| ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 391014 ACCAGACTATCCGTTTAAACCCCCTAAGGTC...TAGGTTACCTTCCGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAAGAATCTATCACTGTAATATTAACAGCCAAGGTGTGATCTGTCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423868 CAAGAATCTATCACTGTAATATTAACAGCCAAGGTGTGATCTGTCTGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCTTAAAGGACAACTGGAGTCCGGCTTTAACTATTTCTAAAGTTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423918 ATCTTAAAGGACAACTGGAGTCCGGCTTTAACTATTTCTAAAGTTCTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCCATCTGCTCACTTCTTACAGATTGCAACCCTG         CTGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 423968 CTCCATCTGCTCACTTCTTACAGATTGCAACCCTGGTA...CAGCTGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCTGGTGGGCAGCATCGCCACACAGTACATGACCAACAGAGCAGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481041 CTCTGGTGGGCAGCATCGCCACACAGTACATGACCAACAGAGCAGAGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .
    565 GACCGGATGGCCAGACAGTGGACCAAGCGGTACGCCACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481091 GACCGGATGGCCAGACAGTGGACCAAGCGGTACGCCACA