seq1 = pF1KE3730.tfa, 552 bp
seq2 = pF1KE3730/gi568815590r_79938119.tfa (gi568815590r:79938119_80164595), 226477 bp

>pF1KE3730 552
>gi568815590r:79938119_80164595 (Chr8)

(complement)

18-135  (100001-100118)   100% ->
136-284  (111166-111314)   100% ->
285-386  (112968-113069)   100% ->
387-435  (121928-121976)   100% ->
436-552  (126361-126477)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     18 AGGTCTGCTGAGAACAGACCCAGTCCCTGAGGAAGGAGAAGATGTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGTCTGCTGAGAACAGACCCAGTCCCTGAGGAAGGAGAAGATGTTGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     68 CCACGATCAGTGCCACAGAGACCCTCTCGGAAGAGGAGCAGGAAGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCACGATCAGTGCCACAGAGACCCTCTCGGAAGAGGAGCAGGAAGAGCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    118 AGAAGAGAACTTGCAAAG         GTAGAAGAAGAAATCCAGACTCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100101 AGAAGAGAACTTGCAAAGGTA...TAGGTAGAAGAAGAAATCCAGACTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    159 GTCTCAAGTGTTAGCAGCAAAAGAGAAGCATCTAGCAGAGATCAAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111189 GTCTCAAGTGTTAGCAGCAAAAGAGAAGCATCTAGCAGAGATCAAGCGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    209 AACTTGGAATCAATTCTCTACAGGAACTAAAACAGAACATTGCCAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111239 AACTTGGAATCAATTCTCTACAGGAACTAAAACAGAACATTGCCAAAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    259 TGGCAAGACGTGACAGCAACATCTGC         TTACAAGAAGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 111289 TGGCAAGACGTGACAGCAACATCTGCGTA...TAGTTACAAGAAGACATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 TGAAACCTTATCCCAGGCTGGACAGAAGGCCTCAGCTGCTTTTTCGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112983 TGAAACCTTATCCCAGGCTGGACAGAAGGCCTCAGCTGCTTTTTCGTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 TTGGCTCAGTCATCACCAAAAAGCTGGAAGATGTAAA         AAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 113033 TTGGCTCAGTCATCACCAAAAAGCTGGAAGATGTAAAGTA...TAGAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391 TCCCCAACTTTTAAATCATTTGAAGAAAAGGTCGAAAACTTAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 121932 TCCCCAACTTTTAAATCATTTGAAGAAAAGGTCGAAAACTTAAAGGCA..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    436     TCTAAAGTAGGGGGAACCAAGCCTGCTGGTGGTGATTTTGGAGAAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121982 .AAGTCTAAAGTAGGGGGAACCAAGCCTGCTGGTGGTGATTTTGGAGAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482 TCTTGAATTCGGCTGCAAATGCTAGTGCCACCACCACGGAGCCTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126407 TCTTGAATTCGGCTGCAAATGCTAGTGCCACCACCACGGAGCCTCTTCCA

    550     .    :    .    :
    532 GAAAAGACACAGGAGAGCCTG
        |||||||||||||||||||||
 126457 GAAAAGACACAGGAGAGCCTG