seq1 = pF1KE3723.tfa, 2334 bp
seq2 = pF1KE3723/gi568815587f_63739507.tfa (gi568815587f:63739507_64009234), 269728 bp

>pF1KE3723 2334
>gi568815587f:63739507_64009234 (Chr11)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-234  (155653-155832)   100% ->
235-288  (156074-156127)   100% ->
289-337  (158726-158774)   100% ->
338-403  (159102-159167)   100% ->
404-474  (159257-159327)   100% ->
475-531  (159546-159602)   100% ->
532-768  (160368-160604)   100% ->
769-888  (161053-161172)   100% ->
889-988  (161274-161373)   100% ->
989-1101  (161451-161563)   100% ->
1102-1234  (162692-162824)   100% ->
1235-1413  (163098-163276)   100% ->
1414-1511  (163555-163652)   100% ->
1512-1678  (164480-164647)   97% ->
1679-1931  (165285-165537)   100% ->
1932-1976  (168754-168798)   100% ->
1977-2334  (169371-169728)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCAGCGCTCGGACCCCCCTACCCACGCTGAACGAGAGGGACACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCAGCGCTCGGACCCCCCTACCCACGCTGAACGAGAGGGACACGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAG         CCCACCTTGGGACACCTTGACTCCAAGCCCAGCAGTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGTA...CAGCCCACCTTGGGACACCTTGACTCCAAGCCCAGCAGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTCCAACATGATTCGGGGCCGCAACTCAGCCACCTCTGCTGATGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155690 AGTCCAACATGATTCGGGGCCGCAACTCAGCCACCTCTGCTGATGAGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCCACATTGGAAACTACCGGCTCCTCAAGACCATTGGCAAGGGTAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155740 CCCCACATTGGAAACTACCGGCTCCTCAAGACCATTGGCAAGGGTAATTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCAAGGTGAAGTTGGCCCGACACATCCTGACTGGGAAAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 155790 TGCCAAGGTGAAGTTGGCCCGACACATCCTGACTGGGAAAGAGGTG...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   GTAGCTGTGAAGATCATTGACAAGACTCAACTGAACTCCTCCAGCCTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156072 AGGTAGCTGTGAAGATCATTGACAAGACTCAACTGAACTCCTCCAGCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGAAA         CTATTCCGCGAAGTAAGAATAATGAAGGTTTTGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156122 CAGAAAGTA...CAGCTATTCCGCGAAGTAAGAATAATGAAGGTTTTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCATCCCAACATAG         TTAAATTATTTGAAGTGATTGAGACTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 158761 TCATCCCAACATAGGTG...TAGTTAAATTATTTGAAGTGATTGAGACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGAAAACGCTCTACCTTGTCATGGAGTACGCTAGTGGCG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 159129 AGAAAACGCTCTACCTTGTCATGGAGTACGCTAGTGGCGGTA...CAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAGGTATTTGATTACCTAGTGGCTCATGGCAGGATGAAAGAAAAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159259 GAGGTATTTGATTACCTAGTGGCTCATGGCAGGATGAAAGAAAAAGAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCGAGCCAAATTCCGCCAG         ATAGTGTCTGCTGTGCAGTACT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 159309 TCGAGCCAAATTCCGCCAGGTA...CAGATAGTGTCTGCTGTGCAGTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GTCACCAGAAGTTTATTGTCCATAGAGACTTAAAG         GCAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 159568 GTCACCAGAAGTTTATTGTCCATAGAGACTTAAAGGTA...CAGGCAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 AACCTGCTCTTGGATGCTGATATGAACATCAAGATTGCAGACTTTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160374 AACCTGCTCTTGGATGCTGATATGAACATCAAGATTGCAGACTTTGGCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CAGCAATGAATTCACCTTTGGGAACAAGCTGGACACCTTCTGTGGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160424 CAGCAATGAATTCACCTTTGGGAACAAGCTGGACACCTTCTGTGGCAGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CCCCTTATGCTGCCCCAGAACTCTTCCAGGGCAAAAAATATGATGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160474 CCCCTTATGCTGCCCCAGAACTCTTCCAGGGCAAAAAATATGATGGACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAGGTGGATGTGTGGAGCCTAGGAGTTATCCTCTATACACTGGTCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160524 GAGGTGGATGTGTGGAGCCTAGGAGTTATCCTCTATACACTGGTCAGCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ATCCCTGCCTTTTGATGGACAGAACCTCAAG         GAGCTGCGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 160574 ATCCCTGCCTTTTGATGGACAGAACCTCAAGGTG...CAGGAGCTGCGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AACGGGTACTGAGGGGAAAATACCGTATTCCATTCTACATGTCCACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161063 AACGGGTACTGAGGGGAAAATACCGTATTCCATTCTACATGTCCACGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TGTGAAAACCTGCTTAAGAAATTTCTCATTCTTAATCCCAGCAAGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161113 TGTGAAAACCTGCTTAAGAAATTTCTCATTCTTAATCCCAGCAAGAGAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CACTTTAGAG         CAAATCATGAAAGATCGATGGATGAATGTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 161163 CACTTTAGAGGTG...CAGCAAATCATGAAAGATCGATGGATGAATGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GTCACGAAGATGATGAACTAAAGCCTTACGTGGAGCCACTCCCTGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161305 GTCACGAAGATGATGAACTAAAGCCTTACGTGGAGCCACTCCCTGACTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAGGACCCCCGGCGGACAG         AGCTGATGGTGTCCATGGGTTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 161355 AAGGACCCCCGGCGGACAGGTG...CAGAGCTGATGGTGTCCATGGGTTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TACACGGGAAGAGATCCAGGACTCGCTGGTGGGCCAGAGATACAACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161473 TACACGGGAAGAGATCCAGGACTCGCTGGTGGGCCAGAGATACAACGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGATGGCCACCTATCTGCTCCTGGGCTACAAGAGCTCCGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 161523 TGATGGCCACCTATCTGCTCCTGGGCTACAAGAGCTCCGAGGTG...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CTGGAAGGCGACACCATCACCCTGAAACCCCGGCCTTCAGCTGATCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162692 CTGGAAGGCGACACCATCACCCTGAAACCCCGGCCTTCAGCTGATCTGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CAATAGCAGCGCCCCATCCCCATCCCACAAGGTACAGCGCAGCGTGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162742 CAATAGCAGCGCCCCATCCCCATCCCACAAGGTACAGCGCAGCGTGTCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CCAATCCCAAGCAGCGGCGCTTCAGCGACCAGG         CTGGTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 162792 CCAATCCCAAGCAGCGGCGCTTCAGCGACCAGGGTA...CAGCTGGTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GCCATTCCCACCTCTAATTCTTACTCTAAGAAGACTCAGAGTAACAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163106 GCCATTCCCACCTCTAATTCTTACTCTAAGAAGACTCAGAGTAACAACGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AGAAAATAAGCGGCCTGAGGAGGACCGGGAGTCAGGGCGGAAAGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163156 AGAAAATAAGCGGCCTGAGGAGGACCGGGAGTCAGGGCGGAAAGCCAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GCACAGCCAAGGTGCCTGCCAGCCCCCTGCCCGGTCTGGAGAGGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163206 GCACAGCCAAGGTGCCTGCCAGCCCCCTGCCCGGTCTGGAGAGGAAGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ACCACCCCAACCCCCTCCACG         AACAGCGTCCTCTCCACCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 163256 ACCACCCCAACCCCCTCCACGGTG...CAGAACAGCGTCCTCTCCACCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CACAAATCGAAGCAGGAATTCCCCACTTTTGGAGCGGGCCAGCCTCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163575 CACAAATCGAAGCAGGAATTCCCCACTTTTGGAGCGGGCCAGCCTCGGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AGGCCTCCATCCAGAATGGCAAAGACAG         CCTAACCATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 163625 AGGCCTCCATCCAGAATGGCAAAGACAGGTG...TAGCCTAACCATGCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GGGTCCCGGGCCTCCACGGCTTCTGCTTCTGCCGCAGTCTCCGCGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 164493 GGGTCCCGGGCCTCCACGGCTTCTGCTTCTGCCGCAGTCTCTGCGGCCCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GCCCCGCCAGCACCAGAAATCCATGTCGGCCTCCGTGCACCCCAACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164543 GCCCCGCCAGCACCAGAAATCCATGTCGGCCTCCGTGCACCCCAACAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CCTCTGGGCTGCCCCCCACGGAGAGTAACTGTGAGGTGCCGCGGCCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-
 164593 CCTCTGGGCTGCCCCCCACGGAGAGTAACTGTGAGGTGCCGCGGCCCAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 CACAG          CCCCCCAGCGTGTCCCTGTTGCCTCCCCATCCGCC
        ||-||->>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164643 CA AGTGTG...CAGCCCCCCAGCGTGTCCCTGTTGCCTCCCCATCCGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1714 CACAACATCAGCAGCAGTGGTGGAGCCCCAGACCGAACTAACTTCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165320 CACAACATCAGCAGCAGTGGTGGAGCCCCAGACCGAACTAACTTCCCCCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1764 GGGTGTGTCCAGCCGAAGCACCTTCCATGCTGGGCAGCTCCGACAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165370 GGGTGTGTCCAGCCGAAGCACCTTCCATGCTGGGCAGCTCCGACAGGTGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1814 GGGACCAGCAGAATTTGCCCTACGGTGTGACCCCAGCCTCTCCCTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165420 GGGACCAGCAGAATTTGCCCTACGGTGTGACCCCAGCCTCTCCCTCTGGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1864 CACAGCCAGGGCCGGCGGGGGGCCTCTGGGAGCATCTTCAGCAAGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165470 CACAGCCAGGGCCGGCGGGGGGCCTCTGGGAGCATCTTCAGCAAGTTCAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1914 CTCCAAGTTTGTACGCAG         GAACCTGAATGAACCTGAAAGCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 165520 CTCCAAGTTTGTACGCAGGTA...GAGGAACCTGAATGAACCTGAAAGCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1955 AAGACCGAGTGGAGACGCTCAG         ACCTCACGTGGTGGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 168777 AAGACCGAGTGGAGACGCTCAGGTG...CAGACCTCACGTGGTGGGCAGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1996 GGCGGCAACGACAAAGAAAAGGAAGAATTTCGGGAGGCCAAGCCCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169390 GGCGGCAACGACAAAGAAAAGGAAGAATTTCGGGAGGCCAAGCCCCGCTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2046 CCTCCGCTTCACGTGGAGTATGAAGACCACGAGCTCCATGGAGCCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169440 CCTCCGCTTCACGTGGAGTATGAAGACCACGAGCTCCATGGAGCCCAACG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2096 AGATGATGCGGGAGATCCGCAAGGTGCTGGACGCGAACAGCTGCCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169490 AGATGATGCGGGAGATCCGCAAGGTGCTGGACGCGAACAGCTGCCAGAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2146 GAGCTGCATGAGAAGTACATGCTGCTGTGCATGCACGGCACGCCGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169540 GAGCTGCATGAGAAGTACATGCTGCTGTGCATGCACGGCACGCCGGGCCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2196 CGAGGACTTCGTGCAGTGGGAGATGGAGGTGTGCAAACTGCCGCGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169590 CGAGGACTTCGTGCAGTGGGAGATGGAGGTGTGCAAACTGCCGCGGCTCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2246 CTCTCAACGGGGTTCGATTTAAGCGGATATCGGGCACCTCCATGGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169640 CTCTCAACGGGGTTCGATTTAAGCGGATATCGGGCACCTCCATGGCCTTC

   2450     .    :    .    :    .    :    .
   2296 AAAAACATTGCCTCCAAAATAGCCAACGAGCTGAAGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169690 AAAAACATTGCCTCCAAAATAGCCAACGAGCTGAAGCTT