seq1 = pF1KE3709.tfa, 636 bp
seq2 = pF1KE3709/gi568815595f_125872055.tfa (gi568815595f:125872055_126083317), 211263 bp

>pF1KE3709 636
>gi568815595f:125872055_126083317 (Chr3)

1-116  (100001-100116)   100% ->
117-234  (103509-103626)   100% ->
235-396  (104950-105111)   100% ->
397-572  (110216-110391)   100% ->
573-636  (111200-111263)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCAGACAGATAAGCCAACATGCATCCCGCCGGAGCTGCCGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCAGACAGATAAGCCAACATGCATCCCGCCGGAGCTGCCGAAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGAAGGAGTTTGCCAAAGCCGCCATTCGGGCGCAGCCGCAGGACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGAAGGAGTTTGCCAAAGCCGCCATTCGGGCGCAGCCGCAGGACCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCAGTGGGGGGCCGA         TTATTTTGAGGCCCTGTCCCGTGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCAGTGGGGGGCCGAGTA...TAGTTATTTTGAGGCCCTGTCCCGTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGACGCCTCCGGTGAGAGAGCGGTCTGAGCGAGTCGCTTTGTGTAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103534 GAGACGCCTCCGGTGAGAGAGCGGTCTGAGCGAGTCGCTTTGTGTAACTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCAGAGCTAACACCTGAGCTGTTAAAGATCCTGCATTCTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103584 GGCAGAGCTAACACCTGAGCTGTTAAAGATCCTGCATTCTCAGGTA...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   GTTGCTGGCAGACTGATCATCCGTGCAGAGGAGCTGGCCCAGATGTGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104948 AGGTTGCTGGCAGACTGATCATCCGTGCAGAGGAGCTGGCCCAGATGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAGTGGTGAATCTCCCAACAGATCTGTTTAATAGTGTGATGAATGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104998 AAAGTGGTGAATCTCCCAACAGATCTGTTTAATAGTGTGATGAATGTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCGCTTCACGGAGGAGATCGAGTGGCTGAAGTTTTTAGCCCTTGCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105048 TCGCTTCACGGAGGAGATCGAGTGGCTGAAGTTTTTAGCCCTTGCTTGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCGCTCTGGGAGTT         ACTATTACCAAAACTCTCAAGATAGTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105098 GCGCTCTGGGAGTTGTA...TAGACTATTACCAAAACTCTCAAGATAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTGAGGTCTTATCATGTGACCACAATGGTGGGTTGCCCCGAATCCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110243 TGTGAGGTCTTATCATGTGACCACAATGGTGGGTTGCCCCGAATCCCATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAGCACCTTCCAGTTTCTCTACACGTATATTGCCGAAGTGGATGGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110293 CAGCACCTTCCAGTTTCTCTACACGTATATTGCCGAAGTGGATGGGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTGTGCATCACATGTCAGCAGGATGCTAAACTACATTGAACAGGAAGT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 110343 TCTGTGCATCACATGTCAGCAGGATGCTAAACTACATTGAACAGGAAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    573         AATTGGTCCTGATGGTTTAATCACGGTGAATGACTTTACCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110393 TA...CAGAATTGGTCCTGATGGTTTAATCACGGTGAATGACTTTACCCA

    650     .    :    .    :
    615 AAACCCCAGGGTTTGGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||
 111242 AAACCCCAGGGTTTGGCTGGAG