seq1 = pF1KE3707.tfa, 903 bp
seq2 = pF1KE3707/gi568815586r_51090250.tfa (gi568815586r:51090250_51296843), 206594 bp

>pF1KE3707 903
>gi568815586r:51090250_51296843 (Chr12)

(complement)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-249  (100671-100874)   100% ->
250-391  (104373-104514)   100% ->
392-560  (105080-105248)   100% ->
561-903  (106252-106594)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGGGATCAGCAGTCAGATCCTCACCAATGCTCAGGGACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGCCAGGGATCAGCAGTCAGATCCTCACCAATGCTCAGGGACAGGCA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GTTATTGGAACCCTTCCATGGGTAGTGAACTCAGCTAGTGTGGCGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGGTTATTGGAACCCTTCCATGGGTAGTGAACTCAGCTAGTGTGGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCCAGCACCAGCCCAAAGCCTGCAGGTCCAGGCCGTGACCCCCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100717 CCCCAGCACCAGCCCAAAGCCTGCAGGTCCAGGCCGTGACCCCCCAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGTTGAACGCCCAGGGCCAGGTGATTGCGACCCTGGCTAGCAGCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100767 TTGTTGAACGCCCAGGGCCAGGTGATTGCGACCCTGGCTAGCAGCCCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCTCCACCTGTGGCTGTCCGGAAGCCAAGCACACCTGAGTCCCCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100817 GCCTCCACCTGTGGCTGTCCGGAAGCCAAGCACACCTGAGTCCCCTGCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAGTGAG         GTGCAGCCCATCCAGCCCACACCAACCGTGCCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100867 AGAGTGAGGTA...CAGGTGCAGCCCATCCAGCCCACACCAACCGTGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGCCTGCTGTGGTCATTGCCAGCCCAGCTCCAGCCGCCAAGCCATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104406 CAGCCTGCTGTGGTCATTGCCAGCCCAGCTCCAGCCGCCAAGCCATCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCTGCTCCTATCCCAATTACCTGCTCAGAGACCCCCACCGTCAGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104456 CTCTGCTCCTATCCCAATTACCTGCTCAGAGACCCCCACCGTCAGCCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGTGTCCA         AGCCACATACTCCAAGTCTGGATGAGGATGGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104506 TGGTGTCCAGTA...TAGAGCCACATACTCCAAGTCTGGATGAGGATGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCAACTTAGAAGAGATCCGGGAGTTTGCCAAGAACTTTAAGATCCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105112 ATCAACTTAGAAGAGATCCGGGAGTTTGCCAAGAACTTTAAGATCCGGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTCTCGCTGGGCCTTACACAGACCCAGGTGGGTCAGGCTCTGACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105162 GCTCTCGCTGGGCCTTACACAGACCCAGGTGGGTCAGGCTCTGACTGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGGAAGGTCCAGCCTACAGCCAGTCAGCCATCTGCCG         GTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105212 CGGAAGGTCCAGCCTACAGCCAGTCAGCCATCTGCCGGTG...CAGGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGAAGCTAGACATCACACCCAAGAGTGCCCAGAAGCTAAAGCCGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106256 GAGAAGCTAGACATCACACCCAAGAGTGCCCAGAAGCTAAAGCCGGTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAAAAGTGGCTAAACGAAGCTGAACTGCGGAACCAGGAAGGCCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106306 GGAAAAGTGGCTAAACGAAGCTGAACTGCGGAACCAGGAAGGCCAGCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCTGATGGAGTTTGTGGGAGGCGAGCCCTCCAAGAAACGCAAACGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106356 ACCTGATGGAGTTTGTGGGAGGCGAGCCCTCCAAGAAACGCAAACGCCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACCTCCTTCACCCCCCAGGCCATAGAGGCTCTCAATGCCTATTTTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106406 ACCTCCTTCACCCCCCAGGCCATAGAGGCTCTCAATGCCTATTTTGAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAACCCACTGCCCACAGGCCAGGAGATCACTGAAATTGCTAAGGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106456 GAACCCACTGCCCACAGGCCAGGAGATCACTGAAATTGCTAAGGAGCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACTACGACCGTGAGGTAGTGCGGGTCTGGTTCTGCAATCGGCGCCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106506 ACTACGACCGTGAGGTAGTGCGGGTCTGGTTCTGCAATCGGCGCCAGACG

    900     .    :    .    :    .    :    .
    865 CTCAAGAACACCAGCAAGCTGAACGTCTTTCAGATCCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106556 CTCAAGAACACCAGCAAGCTGAACGTCTTTCAGATCCCT