seq1 = pF1KE3705.tfa, 414 bp
seq2 = pF1KE3705/gi568815597f_10330518.tfa (gi568815597f:10330518_10542402), 211885 bp

>pF1KE3705 414
>gi568815597f:10330518_10542402 (Chr1)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-175  (103325-103448)   100% ->
176-209  (104140-104173)   100% ->
210-276  (109830-109896)   100% ->
277-414  (111748-111885)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGGAGGCGGAGACCGAGGAGCAGCAGCGATTCTCTTACCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGGAGGCGGAGACCGAGGAGCAGCAGCGATTCTCTTACCAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         AGGCTAAAGGCAGCAGTTCACTATACTGTGGGTTGTCTTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...CAGAGGCTAAAGGCAGCAGTTCACTATACTGTGGGTTGTCTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCGAGGAAGTTGCATTGGACAAAGAGATGCAGTTCAGCAAACAGACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103365 GCGAGGAAGTTGCATTGGACAAAGAGATGCAGTTCAGCAAACAGACCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCGGCCATTTCGGAGCTGACTTTCCGACAGTGTG         AAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103415 GCGGCCATTTCGGAGCTGACTTTCCGACAGTGTGGTA...CAGAAAATTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCCAAAGACCTTGAAATGTTTGCAAG         ACATGCGAAAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104147 TGCCAAAGACCTTGAAATGTTTGCAAGGTG...CAGACATGCGAAAAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCACAATTAACACTGAAGATGTGAAGCTCTTAGCCAGGAGGAGTAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109844 CCACAATTAACACTGAAGATGTGAAGCTCTTAGCCAGGAGGAGTAATTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTG         CTAAAATACATCACAGACAAAAGTGAAGAGATTGCTCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109894 CTGGTG...TAGCTAAAATACATCACAGACAAAAGTGAAGAGATTGCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GATTAACCTAGAACGAAAAGCACAGAAGAAAAAGAAGTCAGAGGATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111786 GATTAACCTAGAACGAAAAGCACAGAAGAAAAAGAAGTCAGAGGATGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCAAAAATTCAAGGCAGCCAGCAGAGGCTGGAGTGGTGGAAAGTGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111836 GCAAAAATTCAAGGCAGCCAGCAGAGGCTGGAGTGGTGGAAAGTGAGAAT