seq1 = pF1KE3695.tfa, 2004 bp
seq2 = pF1KE3695/gi568815587f_1290285.tfa (gi568815587f:1290285_1559240), 268956 bp

>pF1KE3695 2004
>gi568815587f:1290285_1559240 (Chr11)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-186  (145756-145850)   100% ->
187-272  (148022-148107)   100% ->
273-413  (150504-150644)   100% ->
414-530  (152206-152322)   100% ->
531-564  (152822-152855)   100% ->
565-633  (153051-153119)   100% ->
634-780  (153205-153351)   100% ->
781-812  (154687-154718)   100% ->
813-977  (155010-155174)   100% ->
978-1075  (155287-155384)   100% ->
1076-1226  (155473-155623)   100% ->
1227-1287  (159492-159552)   100% ->
1288-1495  (160303-160510)   100% ->
1496-1544  (161087-161135)   100% ->
1545-1668  (164201-164324)   100% ->
1669-1849  (166064-166244)   100% ->
1850-1939  (166314-166403)   100% ->
1940-1987  (168908-168955)   100% ->
1988-2004  (170686-170702)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACATCGACGGGGAAGGACGGCGGCGCGCAGCACGCGCAGTATGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACATCGACGGGGAAGGACGGCGGCGCGCAGCACGCGCAGTATGTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCTACCGGCTGGAGAAGACGCTGGGCAAGGGGCAGACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 GCCCTACCGGCTGGAGAAGACGCTGGGCAAGGGGCAGACAGGTG...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTCTGGTGAAGCTGGGGGTTCACTGCGTCACCTGCCAGAAGGTGGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145756 GTCTGGTGAAGCTGGGGGTTCACTGCGTCACCTGCCAGAAGGTGGCCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGATCGTCAACCGTGAGAAGCTCAGCGAGTCGGTGCTGATGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 145806 AAGATCGTCAACCGTGAGAAGCTCAGCGAGTCGGTGCTGATGAAGGTG..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     GTGGAGCGGGAGATCGCGATCCTGAAGCTCATTGAGCACCCCCACG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145856 .CAGGTGGAGCGGGAGATCGCGATCCTGAAGCTCATTGAGCACCCCCACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCTAAAGCTGCACGACGTTTATGAAAACAAAAAATATTT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 148068 TCCTAAAGCTGCACGACGTTTATGAAAACAAAAAATATTTGTA...CAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TACCTGGTGCTAGAACACGTGTCAGGTGGTGAGCTCTTCGACTACCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150505 TACCTGGTGCTAGAACACGTGTCAGGTGGTGAGCTCTTCGACTACCTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGAAGGGGAGGCTGACGCCTAAGGAGGCTCGGAAGTTCTTCCGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150555 GAAGAAGGGGAGGCTGACGCCTAAGGAGGCTCGGAAGTTCTTCCGGCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCATCTCTGCGCTGGACTTCTGCCACAGCCACTCCATATG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 150605 TCATCTCTGCGCTGGACTTCTGCCACAGCCACTCCATATGGTG...CAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CACAGGGATCTGAAACCTGAAAACCTCCTGCTGGACGAGAAGAACAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152207 CACAGGGATCTGAAACCTGAAAACCTCCTGCTGGACGAGAAGAACAACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCGCATCGCAGACTTTGGCATGGCGTCCCTGCAGGTTGGCGACAGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152257 CCGCATCGCAGACTTTGGCATGGCGTCCCTGCAGGTTGGCGACAGCCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGAGACCAGCTGTGG         GTCCCCCCACTACGCCTGCCCCGAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 152307 TGGAGACCAGCTGTGGGTA...CAGGTCCCCCCACTACGCCTGCCCCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGATCCGG         GGGGAGAAGTATGACGGCCGGAAGGCGGACGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 152847 GTGATCCGGGTG...CAGGGGGAGAAGTATGACGGCCGGAAGGCGGACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GTGGAGCTGCGGCGTCATCCTGTTCGCCTTGCTGGTG         GGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 153083 GTGGAGCTGCGGCGTCATCCTGTTCGCCTTGCTGGTGGTG...CAGGGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CTCTGCCCTTCGACGATGACAACTTGCGACAGCTGCTGGAGAAGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153209 CTCTGCCCTTCGACGATGACAACTTGCGACAGCTGCTGGAGAAGGTGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CGGGGCGTGTTCCACATGCCGCACTTTATCCCGCCCGACTGCCAGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153259 CGGGGCGTGTTCCACATGCCGCACTTTATCCCGCCCGACTGCCAGAGTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCTACGGGGCATGATCGAGGTGGACGCCGCACGCCGCCTCACG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 153309 GCTACGGGGCATGATCGAGGTGGACGCCGCACGCCGCCTCACGGTG...T

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    781   CTAGAGCACATTCAGAAACACATATGGTATAT         AGGGGGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 154685 AGCTAGAGCACATTCAGAAACACATATGGTATATGTA...CAGAGGGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AAGAATGAGCCCGAACCAGAGCAGCCCATTCCTCGCAAGGTGCAGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155017 AAGAATGAGCCCGAACCAGAGCAGCCCATTCCTCGCAAGGTGCAGATCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CTCGCTGCCCAGCCTGGAGGACATCGACCCCGACGTGCTGGACAGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155067 CTCGCTGCCCAGCCTGGAGGACATCGACCCCGACGTGCTGGACAGCATGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ACTCACTGGGCTGCTTCCGAGACCGCAACAAGCTGCTGCAGGACCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155117 ACTCACTGGGCTGCTTCCGAGACCGCAACAAGCTGCTGCAGGACCTGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TCCGAGGA         GGAGAACCAGGAGAAGATGATTTACTTCCTCCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 155167 TCCGAGGAGTG...TAGGGAGAACCAGGAGAAGATGATTTACTTCCTCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCTGGACCGGAAAGAAAGGTACCCGAGCCAGGAGGATGAGGACCTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155320 CCTGGACCGGAAAGAAAGGTACCCGAGCCAGGAGGATGAGGACCTGCCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CCCGGAACGAGATAG         ACCCTCCCCGGAAGCGTGTGGACTCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 155370 CCCGGAACGAGATAGGTA...CAGACCCTCCCCGGAAGCGTGTGGACTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CCGATGCTGAACCGGCACGGCAAGCGGCGGCCAGAACGCAAATCCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155499 CCGATGCTGAACCGGCACGGCAAGCGGCGGCCAGAACGCAAATCCATGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GGTGCTCAGCGTGACGGACGGCGGCTCCCCGGTGCCTGCGCGGCGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155549 GGTGCTCAGCGTGACGGACGGCGGCTCCCCGGTGCCTGCGCGGCGGGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TTGAGATGGCCCAGCACGGCCAGAG         GTCTCGGTCCATCAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 155599 TTGAGATGGCCCAGCACGGCCAGAGGTG...CAGGTCTCGGTCCATCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GGTGCCTCCTCAGGCCTTTCCACCAGCCCACTCAGCAGCCCCCGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 159508 GGTGCCTCCTCAGGCCTTTCCACCAGCCCACTCAGCAGCCCCCGGGTG..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288     GTGACCCCTCACCCCTCACCAAGGGGCAGTCCCCTCCCCACCCCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159558 .CAGGTGACCCCTCACCCCTCACCAAGGGGCAGTCCCCTCCCCACCCCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 AGGGGACACCTGTCCACACGCCAAAGGAGAGCCCGGCTGGCACGCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160349 AGGGGACACCTGTCCACACGCCAAAGGAGAGCCCGGCTGGCACGCCCAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CCCACGCCCCCGTCCAGCCCCAGCGTCGGAGGGGTGCCCTGGAGGGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160399 CCCACGCCCCCGTCCAGCCCCAGCGTCGGAGGGGTGCCCTGGAGGGCGCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GCTCAACTCCATCAAGAACAGCTTTCTGGGCTCACCCCGCTTCCACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160449 GCTCAACTCCATCAAGAACAGCTTTCTGGGCTCACCCCGCTTCCACCGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GGAAACTGCAAG         TTCCGACGCCGGAGGAGATGTCCAACCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 160499 GGAAACTGCAAGGTG...CAGTTCCGACGCCGGAGGAGATGTCCAACCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 ACACCAGAGTCGTCCCCAGA         GCTGGCGAAGAAGTCCTGGTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 161116 ACACCAGAGTCGTCCCCAGAGTA...CAGGCTGGCGAAGAAGTCCTGGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 TGGGAACTTCATCAGCCTGGAGAAGGAGGAGCAGATCTTCGTGGTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164222 TGGGAACTTCATCAGCCTGGAGAAGGAGGAGCAGATCTTCGTGGTCATCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 AAGACAAACCTCTGAGCTCCATCAAGGCTGACATCGTGCACGCCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164272 AAGACAAACCTCTGAGCTCCATCAAGGCTGACATCGTGCACGCCTTCCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 TCG         ATTCCCAGTCTCAGCCACAGCGTCATCTCCCAAACGAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164322 TCGGTG...CAGATTCCCAGTCTCAGCCACAGCGTCATCTCCCAAACGAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 CTTCCGGGCCGAGTACAAGGCCACGGGGGGGCCAGCCGTGTTCCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166102 CTTCCGGGCCGAGTACAAGGCCACGGGGGGGCCAGCCGTGTTCCAGAAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 CGGTCAAGTTCCAGGTTGATATCACCTACACGGAGGGTGGGGAGGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166152 CGGTCAAGTTCCAGGTTGATATCACCTACACGGAGGGTGGGGAGGCGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 AAGGAGAACGGCATCTACTCCGTCACCTTCACCCTGCTCTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 166202 AAGGAGAACGGCATCTACTCCGTCACCTTCACCCTGCTCTCAGGTG...T

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1850   GCCCCAGCCGTCGCTTCAAGAGGGTGGTGGAGACCATCCAGGCCCAGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166312 AGGCCCCAGCCGTCGCTTCAAGAGGGTGGTGGAGACCATCCAGGCCCAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 TGCTGAGCACACACGACCCGCCTGCGGCCCAGCACTTGTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 166362 TGCTGAGCACACACGACCCGCCTGCGGCCCAGCACTTGTCAGGTG...CA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1940  ACACCACTAACTGTATGGAAATGATGACGGGGCGGCTTTCCAAATGTG 
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 168907 GACACCACTAACTGTATGGAAATGATGACGGGGCGGCTTTCCAAATGTGG

   2150     .    :    .    :    .
   1988         GAATTATCCCGAAAAGT
        >>...>>>|||||||||||||||||
 168957 TA...CAGGAATTATCCCGAAAAGT