seq1 = pF1KE3691.tfa, 1965 bp
seq2 = pF1KE3691/gi568815575r_117798911.tfa (gi568815575r:117798911_118072828), 273918 bp

>pF1KE3691 1965
>gi568815575r:117798911_118072828 (ChrX)

(complement)

1-98  (100001-100098)   100% ->
99-240  (127254-127395)   100% ->
241-373  (152459-152591)   100% ->
374-570  (153112-153308)   100% ->
571-1366  (162733-163528)   100% ->
1367-1480  (170883-170996)   100% ->
1481-1965  (173434-173918)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCATTGAAATGGAAAACGAGCTCTCCTGCTATCTGGAAATTCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCATTGAAATGGAAAACGAGCTCTCCTGCTATCTGGAAATTCCCAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCTGTGCTTAAAACATCCAGGTCAACTCCACTTTCTCCAGCATACAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100051 TCCTGTGCTTAAAACATCCAGGTCAACTCCACTTTCTCCAGCATACATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     99        ATCTCTCGTGGAAGAGGAAGACCAACACATGAAATTGTCCCTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 A...CAGATCTCTCGTGGAAGAGGAAGACCAACACATGAAATTGTCCCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAGGCAGCGAAATGGGCCTCTCATCCCATTTGCAGTCTTCCAAGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127297 GGAGGCAGCGAAATGGGCCTCTCATCCCATTTGCAGTCTTCCAAGGCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCTACACGCATCTTTACCAGCAATACCCACAGTTCTGTGGTGTTACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 127347 ACCTACACGCATCTTTACCAGCAATACCCACAGTTCTGTGGTGTTACAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         GGCTTTGACCAGCTTCGACTTGAAGGATTGCTTTGTGATGTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127397 TA...TAGGGCTTTGACCAGCTTCGACTTGAAGGATTGCTTTGTGATGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCCTGATGCCAGGTGACACAGATGATGCTTTCCCTGTGCATAGAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152501 ACCCTGATGCCAGGTGACACAGATGATGCTTTCCCTGTGCATAGAGTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATGGCATCTGCTAGTGATTACTTCAAGGCTATGTTCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 152551 GATGGCATCTGCTAGTGATTACTTCAAGGCTATGTTCACAGGTA...AAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGGAATGAAAGAACAAGATTTAATGTGCATTAAACTTCATGGTGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153112 GTGGAATGAAAGAACAAGATTTAATGTGCATTAAACTTCATGGTGTGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAGTCGGTCTAAGGAAAATTATTGATTTCATTTATACTGCAAAGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153162 AAAGTCGGTCTAAGGAAAATTATTGATTTCATTTATACTGCAAAGCTTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTTAATATGGACAACCTTCAAGACACGCTGGAAGCTGCCAGTTTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153212 TCTTAATATGGACAACCTTCAAGACACGCTGGAAGCTGCCAGTTTCCTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGATTCTGCCAGTTTTGGACTTCTGTAAAGTGTTTCTCATATCTGGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 153262 AGATTCTGCCAGTTTTGGACTTCTGTAAAGTGTTTCTCATATCTGGGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    571       GTCACTTTAGACAACTGTGTTGAAGTTGGACGGATTGCCAACAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153312 ...TAGGTCACTTTAGACAACTGTGTTGAAGTTGGACGGATTGCCAACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTACAATCTAACCGAAGTGGATAAATACGTTAACAGTTTCGTCTTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162777 CTACAATCTAACCGAAGTGGATAAATACGTTAACAGTTTCGTCTTGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATTTTCCTGCATTGCTGAGCACAGGGGAGTTCTTGAAACTCCCTTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162827 ATTTTCCTGCATTGCTGAGCACAGGGGAGTTCTTGAAACTCCCTTTTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGTCTTGCCTTCGTGCTTTCCAGTAATAGCCTTAAGCACTGTACTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162877 CGTCTTGCCTTCGTGCTTTCCAGTAATAGCCTTAAGCACTGTACTGAACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGAGCTCTTTAAGGCTACCTGTCGTTGGCTTCGCCTGGAAGAGCCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162927 TGAGCTCTTTAAGGCTACCTGTCGTTGGCTTCGCCTGGAAGAGCCTCGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGGACTTTGCTGCAAAATTAATGAAGAACATACGATTTCCACTGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162977 TGGACTTTGCTGCAAAATTAATGAAGAACATACGATTTCCACTGATGACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCACAGGAGCTCATTAATTACGTGCAAACGGTGGATTTCATGAGAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163027 CCACAGGAGCTCATTAATTACGTGCAAACGGTGGATTTCATGAGAACTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAATACTTGTGTGAATTTGCTTTTGGAAGCCAGCAATTACCAAATGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163077 CAATACTTGTGTGAATTTGCTTTTGGAAGCCAGCAATTACCAAATGATGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CATATATGCAGCCAGTTATGCAGTCAGACAGGACTGCCATTAGGTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163127 CATATATGCAGCCAGTTATGCAGTCAGACAGGACTGCCATTAGGTCTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ACCACTCACTTGGTTACACTAGGAGGAGTGCTGAGGCAGCAGCTGGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163177 ACCACTCACTTGGTTACACTAGGAGGAGTGCTGAGGCAGCAGCTGGTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CAGTAAGGAATTGCGCATGTATGATGAAAAGGCCCATGAGTGGAAATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163227 CAGTAAGGAATTGCGCATGTATGATGAAAAGGCCCATGAGTGGAAATCGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TAGCCCCCATGGATGCCCCAAGGTACCAGCATGGCATCGCCGTCATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163277 TAGCCCCCATGGATGCCCCAAGGTACCAGCATGGCATCGCCGTCATTGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 AATTTTCTCTATGTGGTTGGCGGACAGAGTAATTATGATACAAAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163327 AATTTTCTCTATGTGGTTGGCGGACAGAGTAATTATGATACAAAAGGAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 AACGGCAGTTGATACAGTCTTCAGATTTGATCCTCGATACAATAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163377 AACGGCAGTTGATACAGTCTTCAGATTTGATCCTCGATACAATAAATGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TGCAAGTTGCATCTTTAAATGAAAAGCGCACCTTCTTCCACCTAAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163427 TGCAAGTTGCATCTTTAAATGAAAAGCGCACCTTCTTCCACCTAAGTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CTCAAAGGATATCTGTATGCAGTTGGTGGGCGAAATGCAGCAGGTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163477 CTCAAAGGATATCTGTATGCAGTTGGTGGGCGAAATGCAGCAGGTGAACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GC         CCACAGTAGAATGTTACAATCCAAGAACAAATGAATGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163527 GCGTA...CAGCCACAGTAGAATGTTACAATCCAAGAACAAATGAATGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 CCTATGTTGCCAAAATGAGTGAGCCCCACTATGGCCATGCTGGAACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170922 CCTATGTTGCCAAAATGAGTGAGCCCCACTATGGCCATGCTGGAACTGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 TATGGAGGAGTGATGTATATTTCAG         GAGGAATTACTCATGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 170972 TATGGAGGAGTGATGTATATTTCAGGTA...TAGGAGGAATTACTCATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TACTTTCCAAAAGGAGCTCATGTGCTTTGACCCTGATACTGACAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173450 TACTTTCCAAAAGGAGCTCATGTGCTTTGACCCTGATACTGACAAATGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 TCCAGAAGGCGCCAATGACCACTGTCAGAGGTCTGCATTGCATGTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173500 TCCAGAAGGCGCCAATGACCACTGTCAGAGGTCTGCATTGCATGTGTACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 GTGGGAGAAAGGCTCTATGTCATTGGTGGCAATCACTTCAGAGGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173550 GTGGGAGAAAGGCTCTATGTCATTGGTGGCAATCACTTCAGAGGAACAAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 TGATTATGATGATGTCCTAAGCTGTGAATACTATTCACCTATCCTTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173600 TGATTATGATGATGTCCTAAGCTGTGAATACTATTCACCTATCCTTGACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 AGTGGACCCCAATTGCTGCCATGTTAAGAGGGCAGAGTGATGTTGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173650 AGTGGACCCCAATTGCTGCCATGTTAAGAGGGCAGAGTGATGTTGGGGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 GCTGTCTTCGAAAATAAAATCTATGTGGTTGGGGGGTATTCTTGGAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173700 GCTGTCTTCGAAAATAAAATCTATGTGGTTGGGGGGTATTCTTGGAATAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 TCGTTGTATGGTAGAGATAGTGCAGAAATATGATCCAGATAAAGATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173750 TCGTTGTATGGTAGAGATAGTGCAGAAATATGATCCAGATAAAGATGAAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 GGCATAAGGTTTTTGATCTGCCAGAATCCCTTGGTGGCATTCGTGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173800 GGCATAAGGTTTTTGATCTGCCAGAATCCCTTGGTGGCATTCGTGCTTGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 ACACTCACAGTTTTTCCACCAGAAGAAACCACACCATCACCTTCTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173850 ACACTCACAGTTTTTCCACCAGAAGAAACCACACCATCACCTTCTAGAGA

   2000     .    :    .
   1947 GTCCCCTCTTTCTGCACCT
        |||||||||||||||||||
 173900 GTCCCCTCTTTCTGCACCT