seq1 = pF1KE3690.tfa, 3024 bp
seq2 = pF1KE3690/gi568815595r_148932223.tfa (gi568815595r:148932223_149184891), 252669 bp

>pF1KE3690 3024
>gi568815595r:148932223_149184891 (Chr3)

(complement)

1-20  (98556-98575)   100% ->
21-228  (100003-100210)   100% ->
229-395  (108845-109011)   100% ->
396-529  (110544-110677)   100% ->
530-627  (111570-111667)   100% ->
628-702  (113235-113309)   98% ->
703-894  (113449-113640)   100% ->
895-990  (116557-116652)   98% ->
991-1066  (120026-120101)   100% ->
1067-1160  (121368-121461)   100% ->
1161-1240  (124034-124113)   100% ->
1241-1285  (124205-124249)   100% ->
1286-1372  (125088-125174)   100% ->
1373-1470  (129492-129589)   100% ->
1471-1614  (134517-134660)   100% ->
1615-1753  (135891-136029)   100% ->
1754-1889  (136729-136864)   100% ->
1890-2069  (138633-138812)   100% ->
2070-2194  (142602-142726)   100% ->
2195-2373  (143224-143402)   100% ->
2374-2499  (144736-144861)   100% ->
2500-2612  (145199-145311)   100% ->
2613-2793  (145663-145843)   100% ->
2794-2874  (149894-149974)   100% ->
2875-3024  (152520-152669)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTGGATGTTCAAGAG         GGATCCAGTTTGGAAGTACTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
  98556 ATGTCCTGGATGTTCAAGAGGTG...TAGGGATCCAGTTTGGAAGTACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCAGACTGTCCAGTATGGAGTTCATGGAAATTTTCCACGCCTCTCATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100024 GCAGACTGTCCAGTATGGAGTTCATGGAAATTTTCCACGCCTCTCATATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAACTTTCTTTCCACGTTTTGAATTCCAAGATGTTATCCCTCCAGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100074 CAACTTTCTTTCCACGTTTTGAATTCCAAGATGTTATCCCTCCAGATGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTCTAACTAGTGATGAAGAAGTAGATTCCGTTTTATTTGGAAGTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100124 TTTCTAACTAGTGATGAAGAAGTAGATTCCGTTTTATTTGGAAGTTTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGTCATGTGGTTGGACTACGCTATTACACGGGAGTA         GTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100174 AGGTCATGTGGTTGGACTACGCTATTACACGGGAGTAGTG...TAGGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATAATAATGAAATGGTTGCATTACAACGAGATCCTAATAACCCTTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108849 ATAATAATGAAATGGTTGCATTACAACGAGATCCTAATAACCCTTATGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGAATGCAATTAAAGTAAACAATGTGAATGGAAATCAAGTTGGCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108899 AAGAATGCAATTAAAGTAAACAATGTGAATGGAAATCAAGTTGGCCATTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAGAAAGAGCTTGCAGGTGCTTTGGCCTATATCATGGACAACAAATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108949 AAAGAAAGAGCTTGCAGGTGCTTTGGCCTATATCATGGACAACAAATTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACAAATTGAAGG         GGTAGTTCCTTTTGGTGCAAACAATGCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108999 CACAAATTGAAGGGTA...TAGGGTAGTTCCTTTTGGTGCAAACAATGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTACCATGCCTCTGCATATGACTTTTTGGGGAAAAGAAGAAAATAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110572 TTTACCATGCCTCTGCATATGACTTTTTGGGGAAAAGAAGAAAATAGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCGGTTTCAGATCAGTTGAAGAAACATGGATTTAAATTGGGTCCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110622 AGCGGTTTCAGATCAGTTGAAGAAACATGGATTTAAATTGGGTCCTGCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAAAAA         CTTTAGGATTCAATTTGGAAAGTGGTTGGGGCTCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110672 CAAAAAGTA...TAGCTTTAGGATTCAATTTGGAAAGTGGTTGGGGCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGAAGAGCTGGACCAAGCTATAGTATGCCAGTGCATGCTGCAGTACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111605 GGAAGAGCTGGACCAAGCTATAGTATGCCAGTGCATGCTGCAGTACAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GACAACTGAACAG         CTTAAAACAGAATTTGACAAATTGTTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111655 GACAACTGAACAGGTG...TAGCTTAAAACAGAATTTGACAAATTGTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGATTTAAAAGAAGATGATAAAACCCTTGAAATGGAACCAGCTGAG   
        ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||>>>
 113263 AAGATTTAAAAGAAGATGATAAAACCCATGAAATGGAACCAGCTGAGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703       GCTATTGAAACACCACTGCTTCCACATCAAAAACAAGCTCTAGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113313 ...TAGGCTATTGAAACACCACTGCTTCCACATCAAAAACAAGCTCTAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTGGATGGTGTCACGGGAAAATAGCAAAGAACTTCCACCATTCTGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113493 TTGGATGGTGTCACGGGAAAATAGCAAAGAACTTCCACCATTCTGGGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGCGAAATGACTTATACTATAACACAATAACAAATTTTTCTGAGAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113543 AGCGAAATGACTTATACTATAACACAATAACAAATTTTTCTGAGAAGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CGACCAGAAAATGTCCATGGAGGAATTTTAGCTGATGATATGGGTTTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 113593 CGACCAGAAAATGTCCATGGAGGAATTTTAGCTGATGATATGGGTTTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    895        GGTAAAACTCTTACAGCCATTGCAGTAATCCTTACCAACTTCC
        >...>>>|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 113643 A...AAGGGTAAAACTCTTACGGCCATTGCAGTAATCCTTACCAACTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGATGGCAGACCTCTTCCTATTGAAAGAGTTAAAAAGAATCTACTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116600 ATGATGGCAGACCTCTTCCTATTGAAAGAGTTAAAAAGAATCTACTGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAG         GAATATAATGTTAACGATGACTCTATGAAACTTGGAGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116650 AAGGTA...CAGGAATATAATGTTAACGATGACTCTATGAAACTTGGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AAACAATACCAGTGAAAAGGCAGATGGACTAAGCAAAG         ACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 120064 AAACAATACCAGTGAAAAGGCAGATGGACTAAGCAAAGGTA...TAGACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CATCTAGATGTAGTGAACAACCCAGTATTTCAGATATCAAGGAGAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121371 CATCTAGATGTAGTGAACAACCCAGTATTTCAGATATCAAGGAGAAGAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGTTTCGCATGTCAGAATTGTCTAGCTCCCGCCCCAAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 121421 AAGTTTCGCATGTCAGAATTGTCTAGCTCCCGCCCCAAAAGGTA...TAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AAGAAAAACTGCTGTCCAGTACATAGAAAGCAGTGATTCAGAGGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124034 AAGAAAAACTGCTGTCCAGTACATAGAAAGCAGTGATTCAGAGGAAATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAACAAGTGAATTGCCGCAGAAAATGAAAG         GCAAACTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 124084 AAACAAGTGAATTGCCGCAGAAAATGAAAGGTA...TAGGCAAACTGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AATGTACAGTCTGAAACTAAAGGCAGGGCGAAAG         GATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 124216 AATGTACAGTCTGAAACTAAAGGCAGGGCGAAAGGTA...CAGGATCTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TAAGGTTATAGAAGATGTGGCATTTGCATGTGCATTAACTTCATCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125095 TAAGGTTATAGAAGATGTGGCATTTGCATGTGCATTAACTTCATCTGTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CTACAACAAAAAAGAAAATGTTGAAAAAGG         GAGCTTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 125145 CTACAACAAAAAAGAAAATGTTGAAAAAGGGTC...TAGGAGCTTGTGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GTGGAGGGGTCAAAGAAAACTGATGTTGAGGAGAGACCAAGAACAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129503 GTGGAGGGGTCAAAGAAAACTGATGTTGAGGAGAGACCAAGAACAACACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GATCATCTGTCCGCTTTCTGTGTTAAGCAACTGGATT         GACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 129553 GATCATCTGTCCGCTTTCTGTGTTAAGCAACTGGATTGTA...TAGGACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 AGTTTGGACAACATATAAAATCAGATGTACACTTGAATTTTTATGTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134521 AGTTTGGACAACATATAAAATCAGATGTACACTTGAATTTTTATGTTTAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 TATGGTCCTGATCGTATTAGAGAACCGGCCTTACTTTCAAAACAGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134571 TATGGTCCTGATCGTATTAGAGAACCGGCCTTACTTTCAAAACAGGATAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TGTTTTGACTACGTATAATATTTTAACTCATGACTATGGA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 134621 TGTTTTGACTACGTATAATATTTTAACTCATGACTATGGAGTA...CAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 CTAAAGGAGATAGTCCATTACATAGCATAAGGTGGCTAAGAGTGATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135892 CTAAAGGAGATAGTCCATTACATAGCATAAGGTGGCTAAGAGTGATCCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GATGAAGGACATGCCATACGAAATCCAAATGCTCAGCAGACAAAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135942 GATGAAGGACATGCCATACGAAATCCAAATGCTCAGCAGACAAAAGCTGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 ACTTGACTTAGAATCAGAAAGAAGATGGGTTTTGACAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 135992 ACTTGACTTAGAATCAGAAAGAAGATGGGTTTTGACAGGTA...TAGGTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 CTCCAATCCAGAATTCTTTAAAGGACTTGTGGTCTCTTCTTTCCTTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136732 CTCCAATCCAGAATTCTTTAAAGGACTTGTGGTCTCTTCTTTCCTTTTTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 AAACTTAAACCATTTATTGATAGAGAATGGTGGCATAGAACAATACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136782 AAACTTAAACCATTTATTGATAGAGAATGGTGGCATAGAACAATACAGCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 TCCTGTCACAATGGGAGATGAAGGAGGACTTAG         GCGTTTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 136832 TCCTGTCACAATGGGAGATGAAGGAGGACTTAGGTA...TAGGCGTTTAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 AGTCCCTAATTAAAAATATTACACTTAGAAGAACAAAGACAAGCAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138641 AGTCCCTAATTAAAAATATTACACTTAGAAGAACAAAGACAAGCAAAATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 AAAGGAAAACCTGTTTTGGAGTTACCAGAACGTAAAGTATTTATTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138691 AAAGGAAAACCTGTTTTGGAGTTACCAGAACGTAAAGTATTTATTCAGCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 CATTACACTTTCAGATGAAGAGAGAAAGATTTATCAGTCTGTGAAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138741 CATTACACTTTCAGATGAAGAGAGAAAGATTTATCAGTCTGTGAAAAATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 AAGGCAGAGCCACTATTGGAAG         GTATTTTAATGAAGGGACT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 138791 AAGGCAGAGCCACTATTGGAAGGTA...TAGGTATTTTAATGAAGGGACT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 GTCCTGGCACATTATGCAGATGTCCTGGGTCTTTTGCTTAGACTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142621 GTCCTGGCACATTATGCAGATGTCCTGGGTCTTTTGCTTAGACTGCGGCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 AATTTGTTGCCATACTTACCTTCTTACAAATGCAGTGTCTTCCAATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142671 AATTTGTTGCCATACTTACCTTCTTACAAATGCAGTGTCTTCCAATGGCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 CCTCAG         GAAATGATACACCTGAAGAACTGAGAAAGAAGTTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142721 CCTCAGGTA...TAGGAAATGATACACCTGAAGAACTGAGAAAGAAGTTA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 ATAAGGAAGATGAAGTTAATTCTGAGCTCAGGTTCAGATGAGGAATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143259 ATAAGGAAGATGAAGTTAATTCTGAGCTCAGGTTCAGATGAGGAATGTGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 AATTTGCCTGGATTCTTTAACAGTTCCTGTGATAACACATTGTGCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143309 AATTTGCCTGGATTCTTTAACAGTTCCTGTGATAACACATTGTGCACATG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 TATTTTGTAAACCCTGTATTTGCCAAGTCATTCAGAATGAGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 143359 TATTTTGTAAACCCTGTATTTGCCAAGTCATTCAGAATGAGCAGGTT...

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2374    CCACATGCTAAATGCCCTTTATGCAGAAATGATATACATGAAGATAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144733 TAGCCACATGCTAAATGCCCTTTATGCAGAAATGATATACATGAAGATAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 TTTATTAGAATGTCCTCCAGAAGAATTAGCACGTGACAGTGAGAAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144783 TTTATTAGAATGTCCTCCAGAAGAATTAGCACGTGACAGTGAGAAAAAGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 CTGATATGGAATGGACATCCAGTTCAAAG         ATTAATGCGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 144833 CTGATATGGAATGGACATCCAGTTCAAAGGTA...CAGATTAATGCGCTA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 ATGCACGCATTGACTGACTTAAGAAAGAAGAATCCCAACATAAAAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145211 ATGCACGCATTGACTGACTTAAGAAAGAAGAATCCCAACATAAAAAGTTT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 GGTTGTTTCTCAGTTTACAACATTCCTGTCTTTAATAGAAATACCACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145261 GGTTGTTTCTCAGTTTACAACATTCCTGTCTTTAATAGAAATACCACTTA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 A         AGCCTCTGGATTTGTGTTTACTCGTTTGGATGGTTCCATG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145311 AGTA...TAGAGCCTCTGGATTTGTGTTTACTCGTTTGGATGGTTCCATG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2653 GCCCAAAAGAAAAGAGTTGAATCAATTCAGTGTTTTCAAAACACTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145703 GCCCAAAAGAAAAGAGTTGAATCAATTCAGTGTTTTCAAAACACTGAAGC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2703 AGGATCTCCAACTATAATGCTTCTGTCCTTAAAAGCAGGTGGAGTTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145753 AGGATCTCCAACTATAATGCTTCTGTCCTTAAAAGCAGGTGGAGTTGGTT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2753 TGAATCTGTCTGCAGCTTCTCGAGTGTTTTTAATGGATCCA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 145803 TGAATCTGTCTGCAGCTTCTCGAGTGTTTTTAATGGATCCAGTA...TAG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2794 GCCTGGAATCCTGCTGCTGAAGATCAGTGCTTTGACAGATGCCATAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149894 GCCTGGAATCCTGCTGCTGAAGATCAGTGCTTTGACAGATGCCATAGACT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2844 TGGTCAGAAGCAAGAAGTTATCATCACAAAA         TTCATTGTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 149944 TGGTCAGAAGCAAGAAGTTATCATCACAAAAGTG...AAGTTCATTGTAA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2885 AGGACTCTGTTGAAGAAAATATGCTGAAAATACAAAACAAAAAGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152530 AGGACTCTGTTGAAGAAAATATGCTGAAAATACAAAACAAAAAGAGAGAA

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2935 CTTGCAGCAGGAGCCTTTGGAACTAAAAAACCAAATGCTGACGAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152580 CTTGCAGCAGGAGCCTTTGGAACTAAAAAACCAAATGCTGACGAAATGAA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :
   2985 ACAAGCCAAAATTAATGAAATCAGAACATTAATTGACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152630 ACAAGCCAAAATTAATGAAATCAGAACATTAATTGACTTA