seq1 = pF1KE3686.tfa, 2337 bp
seq2 = pF1KE3686/gi568815575r_47347433.tfa (gi568815575r:47347433_47567481), 220049 bp

>pF1KE3686 2337
>gi568815575r:47347433_47567481 (ChrX)

(complement)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-199  (111084-111210)   100% ->
200-295  (111466-111561)   100% ->
296-2337  (118008-120049)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCTAATGGGGACTCTCCCCCATGGTCCCCGGCCCTGGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCTAATGGGGACTCTCCCCCATGGTCCCCGGCCCTGGCTGCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGACGTGGCAGCTCATGTGAG         GCTTCAGTGTCATTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 GGGACGTGGCAGCTCATGTGAGGTG...CAGGCTTCAGTGTCATTTGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACGTGACTGTGGACTTCAGCAAGGAGGAGTGGCAGCACTTGGACCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111103 ACGTGACTGTGGACTTCAGCAAGGAGGAGTGGCAGCACTTGGACCCTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGAGACGCCTGTACTGGGATGTGACACTAGAGAACTACAGCCACCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111153 CAGAGACGCCTGTACTGGGATGTGACACTAGAGAACTACAGCCACCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCAGTGG         GGTACCAAATTCCCAAGTCAGAGGCTGCCTTCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 111203 CTCAGTGGGTA...CAGGGTACCAAATTCCCAAGTCAGAGGCTGCCTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTTGGAGCAAGGAGAGGGGCCATGGATGCTGGAGGGGGAAGCCCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111499 AGTTGGAGCAAGGAGAGGGGCCATGGATGCTGGAGGGGGAAGCCCCACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGAGCTGTTCAG         GTGAGGCTATTGGGAAAATGCAGCAACA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111549 CAGAGCTGTTCAGGTG...TAGGTGAGGCTATTGGGAAAATGCAGCAACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGGAATTCCTGGAGGAATTTTCTTCCACTGTGAGAGATTTGATCAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118036 GGGAATTCCTGGAGGAATTTTCTTCCACTGTGAGAGATTTGATCAACCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAGGAGAAGATTCATTATGTTCTATTTTAGAAGAACTGTGGCAAGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118086 TAGGAGAAGATTCATTATGTTCTATTTTAGAAGAACTGTGGCAAGATAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACCAGCTAGAGCAACGTCAGGAAAACCAGAATAACCTTTTAAGTCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118136 GACCAGCTAGAGCAACGTCAGGAAAACCAGAATAACCTTTTAAGTCATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAAGTATTGATTAAGGAGAGGGGCTATGAACATAAAAACATTGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118186 GAAAGTATTGATTAAGGAGAGGGGCTATGAACATAAAAACATTGAAAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAATTCATGTGACTACCAAGCTTGTTCCTTCAATTAAAAGACTCCATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118236 TAATTCATGTGACTACCAAGCTTGTTCCTTCAATTAAAAGACTCCATAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGTGACACAATTTTGAAGCATACTTTAAACTCACATAATCATAATAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118286 TGTGACACAATTTTGAAGCATACTTTAAACTCACATAATCATAATAGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGTGCAACAAAGAACCTTGGCAAGATTTTTGGAAATGGTAACAATTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118336 CAGTGCAACAAAGAACCTTGGCAAGATTTTTGGAAATGGTAACAATTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCCATAGCCCTTCCTCTACTAAGAATGAGAATGCTAAAACAGGAGCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118386 CCCATAGCCCTTCCTCTACTAAGAATGAGAATGCTAAAACAGGAGCAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCCTGTGAACATGACCACTATGAAAAACATCTCAGCCACAAACAAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118436 TCCTGTGAACATGACCACTATGAAAAACATCTCAGCCACAAACAAGCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CACCCACCATCAGAAAATTCATCCTGAGGAGAAGCTTTATGTGTGTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118486 CACCCACCATCAGAAAATTCATCCTGAGGAGAAGCTTTATGTGTGTACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AATGTGTAATGGGCTTCACTCAGAAGTCACATCTGTTTGAGCATCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118536 AATGTGTAATGGGCTTCACTCAGAAGTCACATCTGTTTGAGCATCAGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ATTCATGCTGGAGAAAAGTCCCGTGAATGTGACAAAAGCAACAAAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118586 ATTCATGCTGGAGAAAAGTCCCGTGAATGTGACAAAAGCAACAAAGTCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCCCCAGAAACCCCAGGTTGATGTACATCCAAGTGTTTATACAGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118636 CCCCCAGAAACCCCAGGTTGATGTACATCCAAGTGTTTATACAGGAGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AACCCTATCTGTGTACTCAATGTGGGAAAGTCTTTACCCTCAAATCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118686 AACCCTATCTGTGTACTCAATGTGGGAAAGTCTTTACCCTCAAATCAAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CTCATTACACATCAAAAAATTCATACCGGGCAGAAACCCTACAAATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118736 CTCATTACACATCAAAAAATTCATACCGGGCAGAAACCCTACAAATGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGAATGTGGAAAAGCCTTTTTCCAGAGATCAGACCTCTTTAGACATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118786 TGAATGTGGAAAAGCCTTTTTCCAGAGATCAGACCTCTTTAGACATCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GAATTCATACAGGAGAAAAACCTTATGAATGCAGTGAATGTGGAAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118836 GAATTCATACAGGAGAAAAACCTTATGAATGCAGTGAATGTGGAAAAGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TTCTCCCAGAACTCAGACCTCAGTATACATCAGAAAACTCATACCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118886 TTCTCCCAGAACTCAGACCTCAGTATACATCAGAAAACTCATACCGGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GAAACACTATGAATGCAATGAATGTGGGAAGGCTTTCACAAGAAAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118936 GAAACACTATGAATGCAATGAATGTGGGAAGGCTTTCACAAGAAAATCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CACTCAGGATGCATCAGAGAATCCACACGGGAGAGAAACCTTATGTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118986 CACTCAGGATGCATCAGAGAATCCACACGGGAGAGAAACCTTATGTATGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GCTGACTGTGGGAAGGCCTTCATCCAGAAATCACATTTCAACACACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119036 GCTGACTGTGGGAAGGCCTTCATCCAGAAATCACATTTCAACACACATCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GAGAATTCATACTGGAGAAAAGCCGTATGAATGCAGTGACTGTGGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119086 GAGAATTCATACTGGAGAAAAGCCGTATGAATGCAGTGACTGTGGGAAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 CCTTCACTAAGAAGTCACAACTCCATGTGCATCAAAGAATTCACACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119136 CCTTCACTAAGAAGTCACAACTCCATGTGCATCAAAGAATTCACACCGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GAGAAACCCTATATATGTACAGAATGTGGAAAGGTCTTCACTCACAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119186 GAGAAACCCTATATATGTACAGAATGTGGAAAGGTCTTCACTCACAGGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 AAACCTCACCACACATCAGAAAACTCATACTGGGGAAAAACCCTATATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119236 AAACCTCACCACACATCAGAAAACTCATACTGGGGAAAAACCCTATATGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 GTGCTGAATGTGGAAAGGCTTTTACTGACCAGTCAAATCTCATTAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119286 GTGCTGAATGTGGAAAGGCTTTTACTGACCAGTCAAATCTCATTAAACAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 CAGAAAACTCACACTGGAGAGAAACCCTATAAGTGCAATGGCTGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119336 CAGAAAACTCACACTGGAGAGAAACCCTATAAGTGCAATGGCTGTGGAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 AGCCTTCATATGGAAGTCGCGCCTCAAAATACATCAGAAATCTCATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119386 AGCCTTCATATGGAAGTCGCGCCTCAAAATACATCAGAAATCTCATATTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 GAGAGAGACACTATGAATGCAAGGACTGCGGGAAAGCCTTCATCCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119436 GAGAGAGACACTATGAATGCAAGGACTGCGGGAAAGCCTTCATCCAGAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 TCAACACTAAGCGTGCATCAGAGAATCCATACAGGAGAGAAACCGTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119486 TCAACACTAAGCGTGCATCAGAGAATCCATACAGGAGAGAAACCGTACGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 TTGTCCTGAATGCGGGAAGGCCTTTATCCAGAAATCGCACTTCATTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119536 TTGTCCTGAATGCGGGAAGGCCTTTATCCAGAAATCGCACTTCATTGCGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 ATCATAGAATCCATACTGGAGAGAAGCCTTATGAATGCAGCGACTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119586 ATCATAGAATCCATACTGGAGAGAAGCCTTATGAATGCAGCGACTGTGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 AAATGCTTCACTAAGAAGTCACAACTCCGTGTGCATCAGAAAATCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119636 AAATGCTTCACTAAGAAGTCACAACTCCGTGTGCATCAGAAAATCCACAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 AGGTGAGAAGCCCAATATATGTGCTGAATGTGGAAAGGCCTTCACTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119686 AGGTGAGAAGCCCAATATATGTGCTGAATGTGGAAAGGCCTTCACTGACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 GATCAAATCTCATAACACATCAGAAAATCCACACTAGGGAGAAACCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119736 GATCAAATCTCATAACACATCAGAAAATCCACACTAGGGAGAAACCCTAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 GAATGTGGTGACTGCGGGAAAACCTTCACCTGGAAGTCACGCCTCAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119786 GAATGTGGTGACTGCGGGAAAACCTTCACCTGGAAGTCACGCCTCAATAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2124 ACATCAGAAGTCCCATACTGGAGAAAGACACTATGAATGTAGTAAATGTG
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119836 ACATCAGAAGTCTCATACTGGAGAAAGACACTATGAATGTAGTAAATGTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2174 GGAAAGCTTTCATCCAGAAAGCCACACTAAGTATGCATCAGATAATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119886 GGAAAGCTTTCATCCAGAAAGCCACACTAAGTATGCATCAGATAATTCAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2224 ACAGGAAAGAAACCTTATGCTTGTACAGAATGTCAGAAGGCCTTTACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119936 ACAGGAAAGAAACCTTATGCTTGTACAGAATGTCAGAAGGCCTTTACTGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2274 CAGATCGAATCTCATTAAACACCAGAAAATGCATAGTGGAGAAAAACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119986 CAGATCGAATCTCATTAAACACCAGAAAATGCATAGTGGAGAAAAACGCT

   2350     .    :
   2324 ATAAAGCCAGTGAC
        ||||||||||||||
 120036 ATAAAGCCAGTGAC