seq1 = pF1KE3685.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KE3685/gi568815597r_70966776.tfa (gi568815597r:70966776_71180995), 214220 bp

>pF1KE3685 960
>gi568815597r:70966776_71180995 (Chr1)

(complement)

1-56  (100001-100056)   100% ->
57-109  (102288-102340)   100% ->
110-218  (102431-102539)   100% ->
219-301  (104119-104201)   100% ->
302-378  (108448-108524)   100% ->
379-513  (108741-108875)   100% ->
514-683  (110000-110169)   99% ->
684-770  (111634-111720)   100% ->
771-929  (114062-114220)   100% ->
930-960  (115244-115274)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGACCAAGAATTTCCGAGTCAGTGACGGGGACTGGATTTGCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGACCAAGAATTTCCGAGTCAGTGACGGGGACTGGATTTGCCCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAAAA         ATGTGGAAATGTAAACTTTGCTAGAAGAACCAGCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAAAAGTG...TAGATGTGGAAATGTAAACTTTGCTAGAAGAACCAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTAATCGATGTGGTCGGG         AGAAAACAACTGAGGCCAAGATG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102323 GTAATCGATGTGGTCGGGGTA...CAGAGAAAACAACTGAGGCCAAGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATGAAAGCTGGGGGCACTGAAATAGGAAAGACACTTGCAGAAAAGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102454 ATGAAAGCTGGGGGCACTGAAATAGGAAAGACACTTGCAGAAAAGAGCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGGCCTATTTAGTGCTAATGACTGGCAATGTAAAAC         TTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102504 AGGCCTATTTAGTGCTAATGACTGGCAATGTAAAACGTA...AAGTTGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GCAATGTGAATTGGGCCAGAAGATCAGAGTGTAATATGTGTAATACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104124 GCAATGTGAATTGGGCCAGAAGATCAGAGTGTAATATGTGTAATACTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGTATGCTAAATTAGAAGAAAGAACAG         GATATGGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104174 AAGTATGCTAAATTAGAAGAAAGAACAGGTA...AAGGATATGGTGGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TTTTAATGAAAGAGAAAATGTTGAATATATAGAAAGAGAAGAATCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108461 TTTTAATGAAAGAGAAAATGTTGAATATATAGAAAGAGAAGAATCTGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTGAATATGATGAG         TTTGGACGTAAAAAGAAAAAATACAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108511 GTGAATATGATGAGGTA...TAGTTTGGACGTAAAAAGAAAAAATACAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GGGAAAGCAGTTGGTCCTGCATCTATATTAAAGGAAGTTGAAGATAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108768 GGGAAAGCAGTTGGTCCTGCATCTATATTAAAGGAAGTTGAAGATAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATCAGAGGGAGAAGAAGAGGATGAGGATGAAGATCTTTCTAAATATAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108818 ATCAGAGGGAGAAGAAGAGGATGAGGATGAAGATCTTTCTAAATATAAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TAGATGAG         GATGAGGATGAAGATGACGCTGATCTCTCAAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108868 TAGATGAGGTG...TAGGATGAGGATGAAGATGACGCTGATCTCTCAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TATAATCTTGATGCCAGTGAAGAAGAAGATAGTAATAAAAAGAAATCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110033 TATAATCTTGATGCCAGTGAAGAAGAAGATAGTAATAAAAAGAAATCTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TAGACGAAGTCGCTCAAAGTCTGGATCTTCACATTCACGATCTTCATCAC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 110083 TAGACGAAGTCGCTCAAAGTCTCGATCTTCACATTCACGATCTTCATCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCTCATCCTCCCCCTCAAGTTCAAGGTCTAGGTCCAG         GTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110133 GCTCATCCTCCCCCTCAAGTTCAAGGTCTAGGTCCAGGTA...CAGGTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CGTTCAAGAAGTTCTTCCAGTTCGCAGTCAAGATCTCGTTCCAGTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111638 CGTTCAAGAAGTTCTTCCAGTTCGCAGTCAAGATCTCGTTCCAGTTCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGAACGTTCGAGATCTCGTGGGTCGAAATCAAG         ATCCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 111688 AGAACGTTCGAGATCTCGTGGGTCGAAATCAAGGTG...AAGATCCAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CCAGGTCCCACAGGGGCTCTTCTTCCCCACGAAAAAGATCTTATTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114070 CCAGGTCCCACAGGGGCTCTTCTTCCCCACGAAAAAGATCTTATTCAAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TCATCATCTTCTCCTGAGAGGAACAGAAAGAGAAGTCGTTCTAGATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114120 TCATCATCTTCTCCTGAGAGGAACAGAAAGAGAAGTCGTTCTAGATCTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TTCATCTGGTGATCGCAAAAAAAGACGAACAAGATCACGGTCACCCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114170 TTCATCTGGTGATCGCAAAAAAAGACGAACAAGATCACGGTCACCCGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    929 G         CCAGGTGATTGGTGAAAACACTAAACAACCC
        |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 114220 GGTT...AAGCCAGGTGATTGGTGAAAACACTAAACAACCC