seq1 = pF1KE3682.tfa, 1251 bp
seq2 = pF1KE3682/gi568815589f_65637146.tfa (gi568815589f:65637146_65838393), 201248 bp

>pF1KE3682 1251
>gi568815589f:65637146_65838393 (Chr9)

1-1251  (100001-101248)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCTGCCAAGAGCTGAGCGCCTTCGCTCCACACCGCAGCGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCTGCCAAGAGCTGAGCGCCCTCGCTCCACACCGCAGCGCAGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGACTCCGATGGGGAAGACGGTAAAATCGATGTCCTGGGAGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGGACTCCGATGGGGAAGACGGTAAAATCGATGTCCTGGGAGAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGATGAAGACGAGGTGGAAGACGAGGAGGAGGCGGCGAGCCAGCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
 100101 AAGATGAAGACGAGGTGGAAGACGAGGAGGAGGAGGCGAGACAGCAGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTAGAGCAGTCGCTCCAGCCGGGGCTGCAGGTGGCCCGGTGGGGCGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTAGAGCAGTCGCTCCAGCCGGGGCTGCAGGTGGCCCGGTGGGGCGGGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCGCTTCCCCGAGAGCACATCGAGGGCGGCGGCGGCCCGAGCGACCCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
 100201 TGCGCTTCCCCGAGAGCACATCGAGGGCGGCGGCGGCCCGAGTGACCCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGAGTTTGGCACCAAGTTCAGGGCACCGCCAAGGTCTGCGGCGGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGAGTTTGGCACCAAGTTCAGGGCACCGCCAAGGTCTGCGGCGGCCTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAAGATGCCCGGCAGCCGGCAAAGCCCCCCTACTCGTACATCGCGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAAGATGCCCGGCAGCCGGCAAAGCCCCCCTACTCGTACATCGCGCTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACCATGGCCATCCTGCAAAACCCGCACAAGCGCCTCACGCTCAGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACCATGGCCATCCTGCAAAACCCGCACAAGCGCCTCACGCTCAGCGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTGCGCCTTCATTAGTGGCCGCTTCCCCTACTACCGCCGCAAGTTCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100401 TCTGCGCCTTCATTAGTGGCCGCTTCCCATACTACCGCCGCAAGTTCCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCTGGCAGAACAGCATCCGCCACAACCTCTCGCTGAACGACTGCTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCTGGCAGAACAGCATCCGCCACAACCTCTCGCTGAACGACTGCTTCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAAGATCCCCCGCGAGCCGGGCCACCCAGGCAAGGGCAACTACTGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TAAGATCCCCCGCGAGCCGGGCCACCCAGGCAAGGGCAACTACTGGAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGACCCCGCCTCCCAAGACATGTTCGACAATGGCAGCTTTCTCCGGCGT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGACCCCGCCTCCCAGGACATGTTCGACAATGGCAGCTTTCTCCGGCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGGAAGCGTTTCAAGCGCCACCAACTGACCCCGGGAGCCCACCTGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGGAAGCGTTTCAAGCGCCACCAACTGACCCCGGGAGCCCACCTGCCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCCCTTCCCTCTACCTGCTGCACACGCCGCCCTGCACAACCCCCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCCCTTCCCTCTACCTGCTGCACACGCCGCCCTGCACAACCCCCACCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCCTCTGCTTGGGGCCCCTGCCCCGCCGCAGCCAGTCCCGGGGGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCCCTCTGCTTGGGGCCCCTGCCCCGCCGCAGCCAGTCCCGGGGGCCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCCAACACCGCCCCCGGGAGACGCCCTTACGCTCTGCTGCACCCGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCCAACACCGCCCCCGGGAGACGCCCTTACGCTCTGCTGCACCCGCATCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCTTCGCTACCTACTGCTCTCGGCCCCCGTCTATGCCGGGGCACCGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100801 TCTTCGCTACCTACTGCTCTCGGCCCGCGTCTATGCCGGGGCACCGAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AAGCAGAAGGCGCGGCCCTGGCGACCCCGGCACCCTTCCCGTGCTGCAGC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AAGCAGAAGGCGCGGACCTGGCGACCCCGGCACCCTTCCCGTGCTGCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCTCACTTGGTCCTCAGCCTTGGGAGGAGGGCAAGGGTCTGGCGTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CCTCACTTGGTCCTCAGCCTTGGGAGGAGGGCAAGGGTCTGGCGTCGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCGGGAGGCGGATGCATCTCTTTCAGCATTGAGAGTATTATGCAAGGGGT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCGGGAGGCGGATGCTTCTCTTTCAGCATTGAGAGTATTATGCAAGGGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CAGGGGAGCGGGTACAGGGGCTGCGCAGAGTTTGTCCCCGACCGCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CAGGGGAGCGGGTACAGGGGCTGCGCAGAGTTTGTCCCCGACCGCGTGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GCTACTGCCACCTGCTCCAGCGACCATCAAGCCTGTTGCATCCCCAGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 101051 GCTACTGCCACCTGCTCCAGCGACCATCAAGCCTGTTGCATCCCCAAACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GCTGCCCCTTTGCTGCAAGTGTCCGCCGCCGCCGCTGCTCGGACAATTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 101101 GCTGCCCCTTTGCTGCAAGTGTCCGCCGCCGCTGCTGCTCGGACAATTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GCAGCAATAGCAGCAGCATCAGGAGGAGGACTGCGCCAACGGCTGCGCTC
        ||||||||||||||||||||---|||||||||||||||||||||||||||
 101151 GCAGCAATAGCAGCAGCATC   AGGAGGACTGCGCCAACGGCTGCGCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CCACCAAGGGCGCGGTGCTGGGCGGGCACCTGTCGGCCTCGTCGGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101198 CCACCAAGGGCGCGGTGCTGGGCGGGCACCTGTCGGCCTCGTCGGCGCTG

   1250 
   1251 C
        |
 101248 C