seq1 = pF1KE3678.tfa, 951 bp
seq2 = pF1KE3678/gi568815579f_3473310.tfa (gi568815579f:3473310_3678113), 204804 bp

>pF1KE3678 951
>gi568815579f:3473310_3678113 (Chr19)

1-38  (100001-100038)   100% ->
39-147  (100383-100491)   100% ->
148-351  (101074-101277)   100% ->
352-472  (102231-102351)   100% ->
473-519  (102952-102998)   100% ->
520-592  (103244-103316)   100% ->
593-808  (103583-103798)   100% ->
809-941  (104672-104804)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCACGGCCCCAAGCAGCCCGGCGCGGCCGCCGC         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100001 ATGTCCCACGGCCCCAAGCAGCCCGGCGCGGCCGCCGCGTG...CAGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGCGGGCGGCAAGGCTCCGGGCCAGCATGGGGGCTTCGTGGTGACTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100386 GGCGGGCGGCAAGGCTCCGGGCCAGCATGGGGGCTTCGTGGTGACTGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCAAGAGCGCGGCGAGGGTCCACGCGCGGGCGAGAAGGGGTCCCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100436 AGCAAGAGCGCGGCGAGGGTCCACGCGCGGGCGAGAAGGGGTCCCACGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGAG         CCGGTGAAGAAACGCGGCTGGCCCAAGGGCAAGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100486 GAGGAGGTG...CAGCCGGTGAAGAAACGCGGCTGGCCCAAGGGCAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCGGAAGAAGATTCTGCCGAATGGGCCCAAGGCACCGGTCACGGGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101109 GCGGAAGAAGATTCTGCCGAATGGGCCCAAGGCACCGGTCACGGGCTACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCGCTTCCTGAACGAGCGGCGCGAGCAGATCCGCACGCGCCACCCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101159 TGCGCTTCCTGAACGAGCGGCGCGAGCAGATCCGCACGCGCCACCCGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGCCCTTTCCCGAGATCACCAAGATGCTGGGCGCCGAGTGGAGCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101209 CTGCCCTTTCCCGAGATCACCAAGATGCTGGGCGCCGAGTGGAGCAAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAGCCAACGGAAAAGCAG         CGGTACCTGGATGAGGCCGAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101259 GCAGCCAACGGAAAAGCAGGTG...CAGCGGTACCTGGATGAGGCCGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAGAGAAGCAGCAGTACATGAAGGAGCTGCGGGCGTACCAGCAGTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102253 GAGAGAAGCAGCAGTACATGAAGGAGCTGCGGGCGTACCAGCAGTCTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCTATAAGATGTGCACGGAGAAGATCCAGGAGAAGAAGATCAAGAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102303 GCCTATAAGATGTGCACGGAGAAGATCCAGGAGAAGAAGATCAAGAAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473         AAGACTCGAGCTCTGGGCTCATGAACACTCTCCTGAATGGAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102353 TG...CAGAAGACTCGAGCTCTGGGCTCATGAACACTCTCCTGAATGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACAAG         GGTGGGGACTGCGATGGCTTCTCCACCTTCGATGTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102994 ACAAGGTA...TAGGGTGGGGACTGCGATGGCTTCTCCACCTTCGATGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCCATCTTCACTGAAGAGTTCTTGGACCAAAACAAAG         CGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103280 CCCATCTTCACTGAAGAGTTCTTGGACCAAAACAAAGGTG...CAGCGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGAGGCGGAGCTTCGGCGCTTGCGGAAGATGAATGTGGCCTTCGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103587 TGAGGCGGAGCTTCGGCGCTTGCGGAAGATGAATGTGGCCTTCGAGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGAACGCGGTACTGCAGAGGCACACGCAGAGCATGAGCAGCGCGCGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103637 AGAACGCGGTACTGCAGAGGCACACGCAGAGCATGAGCAGCGCGCGCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGTCTGGAGCAGGAGCTGGCGCTGGAGGAGCGGAGGACGCTGGCGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103687 CGTCTGGAGCAGGAGCTGGCGCTGGAGGAGCGGAGGACGCTGGCGCTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCAGCAGCTCCAGGCCGTGCGCCAGGCGCTCACCGCCAGCTTCGCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103737 GCAGCAGCTCCAGGCCGTGCGCCAGGCGCTCACCGCCAGCTTCGCCTCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCCGGTGCCGG         GCACGGGCGAAACGCCCACGCTGGGCACT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103787 TGCCGGTGCCGGGTG...CAGGCACGGGCGAAACGCCCACGCTGGGCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGGACTTCTACATGGCCCGGCTTCACGGAGCCATCGAGCGCGACCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104701 CTGGACTTCTACATGGCCCGGCTTCACGGAGCCATCGAGCGCGACCCCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCAGCACGAGAAGCTCATCGTCCGCATCAAGGAAATCCTGGCCCAGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104751 CCAGCACGAGAAGCTCATCGTCCGCATCAAGGAAATCCTGGCCCAGGTCG

   1000 
    938 CCAG
        ||||
 104801 CCAG