seq1 = pF1KE3672.tfa, 1647 bp
seq2 = pF1KE3672/gi568815589f_68724115.tfa (gi568815589f:68724115_69040792), 316678 bp

>pF1KE3672 1647
>gi568815589f:68724115_69040792 (Chr9)

1-69  (98501-98569)   100% ->
70-189  (99982-100102)   99% ->
190-320  (139723-139853)   100% ->
321-438  (152563-152680)   100% ->
439-591  (164867-165019)   100% ->
592-891  (170225-170524)   100% ->
892-1103  (193434-193645)   100% ->
1104-1187  (195365-195448)   98% ->
1188-1236  (195567-195615)   100% ->
1237-1321  (199188-199272)   100% ->
1322-1477  (210776-210931)   100% ->
1478-1622  (216532-216676)   100% ->
1623-1647  (239069-239093)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTTCTGCTGCTGAAAATGGAGAGGCAGCACCTGGAAAACAAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  98501 ATGTCTTCTGCTGCTGAAAATGGAGAGGCAGCACCTGGAAAACAAAATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAAAAACCTATAAAAAG         ACACAAGTGAAAAACCAAATCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  98551 AGAAAAAACCTATAAAAAGGTG...TAGACACAAGTGAAAAACCAAATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGTCTCGTTTACCCAAGATTCCGTGTACATTCATTCAAGCATGGACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100004 TGTCTCGTTTACCCAAGATTCCGTGTACATTCATTCAAGCATGGACCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGAGATGATTACGTTGCTAGCCTGTTATTACTTCAGATCAGTTTCA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||->
 100054 ACAGAGATGATTACGTTGCTAGCCTGTTATTACTTCAGATCAGTTTCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190         ACTGCATCATCTGCTATTAAAGGTGCTATTCAGCTGGGAATA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100104 TG...CAGACTGCATCATCTGCTATTAAAGGTGCTATTCAGCTGGGAATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 GGATACACAGTGGGTAATCTCACTTCCAAGCCAGAACGAGATGTTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139765 GGATACACAGTGGGTAATCTCACTTCCAAGCCAGAACGAGATGTTCTTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 GCAAGACTTTTATGTGGTGGAAAGTGTGTTCCTACCCAG         CG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 139815 GCAAGACTTTTATGTGGTGGAAAGTGTGTTCCTACCCAGGTA...CAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    323 AAGGGAGCAATCTGACCCCAGCACATCACTACCCAGACTTTAGATTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152565 AAGGGAGCAATCTGACCCCAGCACATCACTACCCAGACTTTAGATTTAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373 ACATACGCTCCATTAGCATTCCGATATTTCAGAGAACTTTTTGGTATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152615 ACATACGCTCCATTAGCATTCCGATATTTCAGAGAACTTTTTGGTATCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423 GCCTGATGATTACTTG         TATTCCATCTGCAGTGAACCTCTAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 152665 GCCTGATGATTACTTGGTA...TAGTATTCCATCTGCAGTGAACCTCTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464 TAGAACTGTCTAACCCTGGAGCCAGTGGATCCTTGTTTTTTGTGACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164892 TAGAACTGTCTAACCCTGGAGCCAGTGGATCCTTGTTTTTTGTGACCAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514 GATGATGAATTTATCATCAAAACAGTTCAGCACAAAGAAGCTGAGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164942 GATGATGAATTTATCATCAAAACAGTTCAGCACAAAGAAGCTGAGTTTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564 TCAGAAGCTACTGCCAGGCTATTACATG         AATTTAAACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 164992 TCAGAAGCTACTGCCAGGCTATTACATGGTA...TAGAATTTAAACCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605 ATCCAAGGACTCTTTTGCCAAAATTTTACGGACTGTATTGTATGCAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170238 ATCCAAGGACTCTTTTGCCAAAATTTTACGGACTGTATTGTATGCAATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655 GGAGGCATTAATATCAGGATTGTGGTGATGAACAACGTTTTGCCACGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170288 GGAGGCATTAATATCAGGATTGTGGTGATGAACAACGTTTTGCCACGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705 CATGAGAATGCACTTTACATATGACTTGAAAGGCTCAACGTATAAGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170338 CATGAGAATGCACTTTACATATGACTTGAAAGGCTCAACGTATAAGCGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 GAGCATCCCGTAAAGAGAGAGAGAAATCCAACCCCACATTTAAGGACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170388 GAGCATCCCGTAAAGAGAGAGAGAAATCCAACCCCACATTTAAGGACTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805 GATTTCCTGCAAGACATGCACGAAGGGTTGTATTTTGATACGGAAACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170438 GATTTCCTGCAAGACATGCACGAAGGGTTGTATTTTGATACGGAAACATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 CAACGCGCTTATGAAAACACTTCAGAGAGACTGCCGG         GTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 170488 CAACGCGCTTATGAAAACACTTCAGAGAGACTGCCGGGTA...CAGGTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 TAGAAAGCTTCAAGATCATGGATTATAGCCTTCTGTTGGGAATTCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193438 TAGAAAGCTTCAAGATCATGGATTATAGCCTTCTGTTGGGAATTCATTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946 CTGGACCATTCCCTCAAAGAGAAAGAGGAGGAGACCCCACAAAATGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193488 CTGGACCATTCCCTCAAAGAGAAAGAGGAGGAGACCCCACAAAATGTGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    996 TGATGCTAAGCGGACTGGGATGCAGAAGGTTCTCTACTCAACAGCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193538 TGATGCTAAGCGGACTGGGATGCAGAAGGTTCTCTACTCAACAGCCATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1046 AATCTATCCAGGGTCCAGGGAAATCTGGAGATGGGATAATCACAGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193588 AATCTATCCAGGGTCCAGGGAAATCTGGAGATGGGATAATCACAGAGAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1096 CCAGACAC         AATGGGAGGCATTCCAGCTAAAAGCCATAGGGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 193638 CCAGACACGTA...CAGAATGGGAGGCATTCCAGCTAAAAGCCATAGGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1137 AGAAAAACTACTTTTATTTACGGGCATTATTGACATTCTGCAATCATATA
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 195398 AGAAAAACTACTTTTATTTATGGGCATTATTGACATTCTGCAATCATATA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1187 G         GTTAATGAAGAAGTTAGAACATTCCTGGAAAGCTCTTGTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195448 GGTA...TAGGTTAATGAAGAAGTTAGAACATTCCTGGAAAGCTCTTGTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1228 TATGATGGG         GACACTGTTTCTGTTCATAGACCAAGCTTTTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 195607 TATGATGGGGTA...CAGGACACTGTTTCTGTTCATAGACCAAGCTTTTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1269 TGCAGACAGATTTCTTAAGTTCATGAATTCCAGAGTTTTCAAGAAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199220 TGCAGACAGATTTCTTAAGTTCATGAATTCCAGAGTTTTCAAGAAAATTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1319 AAG         CTTTGAAGGCTTCACCGTCTAAGAAACGGTGCAATTCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199270 AAGGTA...TAGCTTTGAAGGCTTCACCGTCTAAGAAACGGTGCAATTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1360 ATCGCCGCCCTAAAGGCCACTTCACAGGAGATTGTGTCCTCAATTAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210814 ATCGCCGCCCTAAAGGCCACTTCACAGGAGATTGTGTCCTCAATTAGCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1410 GGAATGGAAGGATGAGAAGCGGGATTTGCTGACTGAAGGACAAAGTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210864 GGAATGGAAGGATGAGAAGCGGGATTTGCTGACTGAAGGACAAAGTTTTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1460 GCAGCCTTGATGAAGAAG         CCCTGGGATCCCGACACAGGCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 210914 GCAGCCTTGATGAAGAAGGTA...TAGCCCTGGGATCCCGACACAGGCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GACCTGGTCCCTAGCACTCCATCACTGTTTGAAGCTGCTTCCTTGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216555 GACCTGGTCCCTAGCACTCCATCACTGTTTGAAGCTGCTTCCTTGGCAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CACAATTTCATCTTCTTCCTTATACGTCAATGAGCACTATCCACACGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216605 CACAATTTCATCTTCTTCCTTATACGTCAATGAGCACTATCCACACGACA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 GGCCTACACTCTATTCAAACAG         GTTCAAGATGGCAACATCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 216655 GGCCTACACTCTATTCAAACAGGTA...CAGGTTCAAGATGGCAACATCA

   1750     .
   1642 GAGCAT
        ||||||
 239088 GAGCAT