seq1 = pF1KE3671.tfa, 2910 bp
seq2 = pF1KE3671/gi568815594f_127781829.tfa (gi568815594f:127781829_127998538), 216710 bp

>pF1KE3671 2910
>gi568815594f:127781829_127998538 (Chr4)

1-30  (99307-99336)   100% ->
31-126  (100003-100098)   100% ->
127-222  (101434-101529)   100% ->
223-337  (101611-101725)   100% ->
338-1358  (103880-104900)   100% ->
1359-1459  (105568-105668)   100% ->
1460-1830  (108038-108408)   100% ->
1831-1935  (109264-109368)   100% ->
1936-2038  (109751-109853)   100% ->
2039-2188  (110537-110686)   100% ->
2189-2322  (111457-111590)   100% ->
2323-2414  (111685-111776)   100% ->
2415-2562  (111906-112053)   100% ->
2563-2703  (113125-113265)   100% ->
2704-2810  (114973-115079)   100% ->
2811-2910  (116611-116710)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACCTGCATCGGGGAGAAGATCGAG         GATTTTAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  99307 ATGGCGACCTGCATCGGGGAGAAGATCGAGGTG...AAGGATTTTAAAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGGAAATCTGCTTGGTAAAGGATCATTTGCTGGTGTCTACAGAGCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 TGGAAATCTGCTTGGTAAAGGATCATTTGCTGGTGTCTACAGAGCTGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCATTCACACTGGTTTGGAAGTTGCAATCAAAATG         ATAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100064 CCATTCACACTGGTTTGGAAGTTGCAATCAAAATGGTA...TAGATAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAGAAAGCCATGTACAAAGCAGGAATGGTACAGAGAGTCCAAAATGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101440 AAGAAAGCCATGTACAAAGCAGGAATGGTACAGAGAGTCCAAAATGAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAAATACATTGCCAATTGAAACATCCTTCTATCTTGGAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101490 GAAAATACATTGCCAATTGAAACATCCTTCTATCTTGGAGGTA...CAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTTATAACTATTTTGAAGATAGCAATTATGTGTATCTGGTATTAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101612 TTTATAACTATTTTGAAGATAGCAATTATGTGTATCTGGTATTAGAAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGCCATAATGGAGAAATGAACAGGTATCTAAAGAATAGAGTGAAACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101662 TGCCATAATGGAGAAATGAACAGGTATCTAAAGAATAGAGTGAAACCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTCAGAAAATGAAG         CTCGACACTTCATGCACCAGATCATCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101712 CTCAGAAAATGAAGGTA...CAGCTCGACACTTCATGCACCAGATCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAGGGATGTTGTATCTTCATTCTCATGGTATACTACACCGGGACCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103907 CAGGGATGTTGTATCTTCATTCTCATGGTATACTACACCGGGACCTCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTTTCTAACCTCCTACTGACTCGTAATATGAACATCAAGATTGCTGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103957 CTTTCTAACCTCCTACTGACTCGTAATATGAACATCAAGATTGCTGATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGGCTGGCAACTCAACTGAAAATGCCACATGAAAAGCACTATACATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104007 TGGGCTGGCAACTCAACTGAAAATGCCACATGAAAAGCACTATACATTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGGAACTCCTAACTACATTTCACCAGAAATTGCCACTCGAAGTGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104057 GTGGAACTCCTAACTACATTTCACCAGAAATTGCCACTCGAAGTGCACAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCCTTGAATCTGATGTTTGGTCCCTGGGCTGTATGTTTTATACATTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104107 GGCCTTGAATCTGATGTTTGGTCCCTGGGCTGTATGTTTTATACATTACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TATCGGGAGACCACCCTTCGACACTGACACAGTCAAGAACACATTAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104157 TATCGGGAGACCACCCTTCGACACTGACACAGTCAAGAACACATTAAATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGTAGTATTGGCAGATTATGAAATGCCATCTTTTTTGTCAATAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104207 AAGTAGTATTGGCAGATTATGAAATGCCATCTTTTTTGTCAATAGAGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGGACCTTATTCACCAGTTACTTCGTAGAAATCCAGCAGATCGTTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104257 AAGGACCTTATTCACCAGTTACTTCGTAGAAATCCAGCAGATCGTTTAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCTGTCTTCAGTATTGGACCATCCTTTTATGTCCCGAAATTCTTCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104307 TCTGTCTTCAGTATTGGACCATCCTTTTATGTCCCGAAATTCTTCAACAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAAGTAAAGATTTAGGAACTGTGGAAGACTCAATTGATAGTGGGCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104357 AAAGTAAAGATTTAGGAACTGTGGAAGACTCAATTGATAGTGGGCATGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ACAATTTCTACTGCAATTACAGCTTCTTCCAGTACCAGTATAAGTGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104407 ACAATTTCTACTGCAATTACAGCTTCTTCCAGTACCAGTATAAGTGGTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTTATTTGACAAAAGAAGACTTTTGATTGGTCAGCCACTCCCAAATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104457 TTTATTTGACAAAAGAAGACTTTTGATTGGTCAGCCACTCCCAAATAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGACTGTATTTCCAAAGAATAAAAGTTCAACTGATTTTTCTTCTTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104507 TGACTGTATTTCCAAAGAATAAAAGTTCAACTGATTTTTCTTCTTCAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GATGGAAACAGTTTTTATACTCAGTGGGGAAATCAAGAAACCAGTAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104557 GATGGAAACAGTTTTTATACTCAGTGGGGAAATCAAGAAACCAGTAATAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGGAAGGGGAAGAGTAATTCAAGATGCAGAAGAAAGGCCACATTCTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104607 TGGAAGGGGAAGAGTAATTCAAGATGCAGAAGAAAGGCCACATTCTCGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ACCTTCGTAGAGCTTATTCCTCTGATAGATCTGGCACTTCTAATAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104657 ACCTTCGTAGAGCTTATTCCTCTGATAGATCTGGCACTTCTAATAGTCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TCTCAAGCAAAAACATATACAATGGAACGATGTCACTCAGCAGAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104707 TCTCAAGCAAAAACATATACAATGGAACGATGTCACTCAGCAGAAATGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TTCAGTGTCCAAAAGATCAGGAGGAGGTGAAAATGAAGAGAGGTACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104757 TTCAGTGTCCAAAAGATCAGGAGGAGGTGAAAATGAAGAGAGGTACTCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CCACAGACAACAATGCCAACATTTTTAACTTCTTTAAAGAAAAGACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104807 CCACAGACAACAATGCCAACATTTTTAACTTCTTTAAAGAAAAGACATCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 AGTAGTTCTGGATCTTTTGAAAGACCTGATAACAATCAAGCACT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104857 AGTAGTTCTGGATCTTTTGAAAGACCTGATAACAATCAAGCACTGTA...

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1359    CTCCAATCATCTTTGTCCAGGAAAAACTCCTTTTCCATTTGCAGACC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105565 TAGCTCCAATCATCTTTGTCCAGGAAAAACTCCTTTTCCATTTGCAGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 CGACACCTCAGACTGAAACCGTACAACAGTGGTTTGGGAATCTGCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105615 CGACACCTCAGACTGAAACCGTACAACAGTGGTTTGGGAATCTGCAAATA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 AATG         CTCATTTAAGAAAAACTACTGAATATGACAGCATCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105665 AATGGTG...TAGCTCATTTAAGAAAAACTACTGAATATGACAGCATCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CCCAAACCGGGACTTCCAGGGCCATCCAGATTTGCAGAAGGACACATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108075 CCCAAACCGGGACTTCCAGGGCCATCCAGATTTGCAGAAGGACACATCAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 AAAATGCCTGGACTGATACAAAAGTCAAAAAGAACTCTGATGCTTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108125 AAAATGCCTGGACTGATACAAAAGTCAAAAAGAACTCTGATGCTTCTGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 AATGCACATTCTGTAAAACAGCAAAATACCATGAAATATATGACTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108175 AATGCACATTCTGTAAAACAGCAAAATACCATGAAATATATGACTGCACT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 TCACAGTAAACCTGAGATAATCCAACAAGAATGTGTTTTTGGCTCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108225 TCACAGTAAACCTGAGATAATCCAACAAGAATGTGTTTTTGGCTCAGATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 CTCTTTCTGAACAGAGCAAGACTAGGGGTATGGAGCCACCATGGGGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108275 CTCTTTCTGAACAGAGCAAGACTAGGGGTATGGAGCCACCATGGGGTTAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 CAGAATCGTACATTAAGAAGCATTACATCTCCGTTGGTTGCTCACAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108325 CAGAATCGTACATTAAGAAGCATTACATCTCCGTTGGTTGCTCACAGGTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 AAAACCAATCAGACAGAAAACCAAAAAGGCTGTG         GTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108375 AAAACCAATCAGACAGAAAACCAAAAAGGCTGTGGTA...TAGGTGAGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TACTTGATTCAGAGGAGGTGTGTGTGGAGCTTGTAAAGGAGTATGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109271 TACTTGATTCAGAGGAGGTGTGTGTGGAGCTTGTAAAGGAGTATGCATCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 CAAGAATATGTGAAAGAAGTTCTTCAGATATCTAGTGATGGAAATACG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109321 CAAGAATATGTGAAAGAAGTTCTTCAGATATCTAGTGATGGAAATACGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1936        ATCACTATTTATTATCCAAATGGTGGTAGAGGTTTTCCTCTTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109371 A...CAGATCACTATTTATTATCCAAATGGTGGTAGAGGTTTTCCTCTTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 CTGATAGACCACCCTCACCTACTGACAACATCAGTAGGTACAGCTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109794 CTGATAGACCACCCTCACCTACTGACAACATCAGTAGGTACAGCTTTGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 AATTTACCAG         AAAAATACTGGCGAAAATATCAATATGCTTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 109844 AATTTACCAGGTA...TAGAAAAATACTGGCGAAAATATCAATATGCTTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 CAGGTTTGTACAGCTTGTAAGATCTAAATCTCCCAAAATCACTTATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110568 CAGGTTTGTACAGCTTGTAAGATCTAAATCTCCCAAAATCACTTATTTTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 CAAGATATGCTAAATGCATTTTGATGGAGAATTCTCCTGGTGCTGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110618 CAAGATATGCTAAATGCATTTTGATGGAGAATTCTCCTGGTGCTGATTTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 GAGGTTTGGTTTTATGATG         GGGTAAAAATACACAAAACAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110668 GAGGTTTGGTTTTATGATGGTA...TAGGGGTAAAAATACACAAAACAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 AGATTTCATTCAGGTGATTGAAAAGACAGGGAAGTCTTACACTTTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111479 AGATTTCATTCAGGTGATTGAAAAGACAGGGAAGTCTTACACTTTAAAAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2261 GTGAAAGTGAAGTTAATAGCTTGAAAGAGGAGATAAAAATGTATATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111529 GTGAAAGTGAAGTTAATAGCTTGAAAGAGGAGATAAAAATGTATATGGAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2311 CATGCTAATGAG         GGTCATCGTATTTGTTTAGCACTGGAATC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111579 CATGCTAATGAGGTA...TAGGGTCATCGTATTTGTTTAGCACTGGAATC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 CATAATTTCAGAAGAGGAAAGGAAAACTAGGAGTGCTCCCTTTTTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111714 CATAATTTCAGAAGAGGAAAGGAAAACTAGGAGTGCTCCCTTTTTCCCAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2402 TAATCATAGGAAG         AAAACCTGGTAGTACTAGTTCACCTAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111764 TAATCATAGGAAGGTA...CAGAAAACCTGGTAGTACTAGTTCACCTAAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 GCCTTATCACCTCCTCCTTCTGTGGATTCAAATTACCCAACGAGAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111934 GCCTTATCACCTCCTCCTTCTGTGGATTCAAATTACCCAACGAGAGAGAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2493 AGCATCTTTCAACAGAATGGTCATGCATAGTGCTGCTTCTCCAACACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111984 AGCATCTTTCAACAGAATGGTCATGCATAGTGCTGCTTCTCCAACACAGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2543 CACCAATCCTTAATCCCTCT         ATGGTTACAAATGAAGGACTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 112034 CACCAATCCTTAATCCCTCTGTA...TAGATGGTTACAAATGAAGGACTT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 GGTCTTACAACTACAGCTTCTGGAACAGACATCTCTTCTAATAGTCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113146 GGTCTTACAACTACAGCTTCTGGAACAGACATCTCTTCTAATAGTCTAAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2634 AGATTGTCTTCCTAAATCAGCACAACTTTTGAAATCTGTTTTTGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113196 AGATTGTCTTCCTAAATCAGCACAACTTTTGAAATCTGTTTTTGTGAAAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2684 ATGTTGGTTGGGCTACACAG         TTAACTAGTGGAGCTGTGTGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 113246 ATGTTGGTTGGGCTACACAGGTG...TAGTTAACTAGTGGAGCTGTGTGG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2725 GTTCAGTTTAATGATGGGTCCCAGTTGGTTGTGCAGGCAGGAGTGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114994 GTTCAGTTTAATGATGGGTCCCAGTTGGTTGTGCAGGCAGGAGTGTCTTC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2775 TATCAGTTATACCTCACCAAATGGTCAAACAACTAG         GTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 115044 TATCAGTTATACCTCACCAAATGGTCAAACAACTAGGTA...TAGGTATG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2816 GAGAAAATGAAAAATTACCAGACTACATCAAACAGAAATTACAGTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116616 GAGAAAATGAAAAATTACCAGACTACATCAAACAGAAATTACAGTGTCTG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2866 TCTTCCATCCTTTTGATGTTTTCTAATCCGACTCCTAATTTTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116666 TCTTCCATCCTTTTGATGTTTTCTAATCCGACTCCTAATTTTCAT