seq1 = pF1KE3670.tfa, 1479 bp
seq2 = pF1KE3670/gi568815595f_48827559.tfa (gi568815595f:48827559_49083267), 255709 bp

>pF1KE3670 1479
>gi568815595f:48827559_49083267 (Chr3)

1-255  (100001-100255)   100% ->
256-323  (134054-134121)   100% ->
324-387  (137361-137424)   100% ->
388-538  (139567-139717)   100% ->
539-660  (140976-141097)   100% ->
661-770  (143037-143146)   100% ->
771-888  (146141-146258)   100% ->
889-939  (147259-147309)   100% ->
940-961  (147400-147421)   100% ->
962-1113  (151924-152075)   100% ->
1114-1257  (152795-152938)   100% ->
1258-1326  (154102-154170)   100% ->
1327-1410  (155338-155421)   100% ->
1411-1479  (155641-155709)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGTGGACATGAATAGCCAGGGGTCTGACAGCAATGAAGAGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGTGGACATGAATAGCCAGGGGTCTGACAGCAATGAAGAGGACTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACCCAAATTGTGAGGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAAGACGACCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACCCAAATTGTGAGGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAAGACGACCCTGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACATAGAGGACTATTACGTGGGAGTAGCCAGCGATGTGGAGCAGCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACATAGAGGACTATTACGTGGGAGTAGCCAGCGATGTGGAGCAGCAGGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGATGCCTTTGATCCCGAGGAGTACCAGTTCACTTGCTTGACCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTGATGCCTTTGATCCCGAGGAGTACCAGTTCACTTGCTTGACCTACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAATCTGAGGGTGCCCTCAATGAGCACATGACCAGCTTAGCTTCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAATCTGAGGGTGCCCTCAATGAGCACATGACCAGCTTAGCTTCTGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAAAG         GTATCTCATTCAGTTGCTAAACTTATATTAGTTAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAAAGGTG...TAGGTATCTCATTCAGTTGCTAAACTTATATTAGTTAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCCACTGGCAAGTTTCAGAGATATTGGACAG         ATACAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 134090 TTCCACTGGCAAGTTTCAGAGATATTGGACAGGTA...TAGATACAAGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAATTCTGCTCAACTGCTTGTTGAGGCTCGAGTTCAGCCTAATCCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137370 CAATTCTGCTCAACTGCTTGTTGAGGCTCGAGTTCAGCCTAATCCATCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACAT         GTTCCCACATCCCATCCCCCTCACCACTGTGCAGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137420 AACATGTG...CAGGTTCCCACATCCCATCCCCCTCACCACTGTGCAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTATGCAGTTTGTGCGAAAGGAAAACCTACTCTCTCTGGCCTGTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139603 TGTATGCAGTTTGTGCGAAAGGAAAACCTACTCTCTCTGGCCTGTCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCAGTTTTGCCGCAGCTGCTGGGAGCAGCACTGCTCAGTTCTCGTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139653 CCAGTTTTGCCGCAGCTGCTGGGAGCAGCACTGCTCAGTTCTCGTCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACGGCGTGGGCGTGG         GAGTCTCTTGCATGGCTCAGGACTGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 139703 ACGGCGTGGGCGTGGGTG...CAGGAGTCTCTTGCATGGCTCAGGACTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCACTCCGTACACCAGAGGACTTTGTGTTTCCATTGCTTCCCAATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141002 CCACTCCGTACACCAGAGGACTTTGTGTTTCCATTGCTTCCCAATGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATTGAGAGAGAAATACAGGCGCTACCTCTTCAGGGACTATGTGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 141052 ATTGAGAGAGAAATACAGGCGCTACCTCTTCAGGGACTATGTGGAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661      AGTCATTACCAGCTCCAGCTGTGCCCTGGTGCAGACTGCCCCATG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141102 ..CAGAGTCATTACCAGCTCCAGCTGTGCCCTGGTGCAGACTGCCCCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTTATTCGGGTACAGGAGCCTAGAGCTCGCCGAGTACAGTGCAATCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143082 GTTATTCGGGTACAGGAGCCTAGAGCTCGCCGAGTACAGTGCAATCGGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAACGAGGTCTTCTG         TTTCAAGTGTCGTCAGATGTATCACG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 143132 CAACGAGGTCTTCTGGTA...AAGTTTCAAGTGTCGTCAGATGTATCACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CACCCACAGACTGTGCCACAATCCGGAAATGGCTCACGAAGTGTGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146167 CACCCACAGACTGTGCCACAATCCGGAAATGGCTCACGAAGTGTGCAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACTCTGAAACAGCCAACTACATTAGTGCTCACACTAAAGAC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 146217 GACTCTGAAACAGCCAACTACATTAGTGCTCACACTAAAGACGTA...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    889  TGTCCCAAGTGCAACATCTGCATTGAGAAGAATGGAGGCTGCAATCACA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147258 GTGTCCCAAGTGCAACATCTGCATTGAGAAGAATGGAGGCTGCAATCACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TG         CAATGCTCCAAATGTAAACACG         ACTTCTGC
        ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 147308 TGGTG...CAGCAATGCTCCAAATGTAAACACGGTG...CAGACTTCTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TGGATGTGTCTAGGAGATTGGAAGACTCATGGCAGTGAATACTATGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151932 TGGATGTGTCTAGGAGATTGGAAGACTCATGGCAGTGAATACTATGAGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAGTCGTTACAAGGAGAATCCTGACATCGTGAACCAGAGCCAACAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151982 CAGTCGTTACAAGGAGAATCCTGACATCGTGAACCAGAGCCAACAAGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGGCGAGGGAAGCCCTCAAGAAGTACTTATTCTACTTTGAGAGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 152032 AGGCGAGGGAAGCCCTCAAGAAGTACTTATTCTACTTTGAGAGGGTA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1114    TGGGAAAACCACAATAAAAGCTTGCAGCTAGAGGCACAGACATACCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152792 TAGTGGGAAAACCACAATAAAAGCTTGCAGCTAGAGGCACAGACATACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GCGGATTCACGAGAAGATTCAGGAGAGGGTCATGAACAATCTGGGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152842 GCGGATTCACGAGAAGATTCAGGAGAGGGTCATGAACAATCTGGGGACAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GGATCGACTGGCAGTACCTACAGAATGCTGCCAAGCTCTTGGCCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 152892 GGATCGACTGGCAGTACCTACAGAATGCTGCCAAGCTCTTGGCCAAGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1258       TGTCGATACACCCTGCAATACACCTACCCATATGCATATTACAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152942 ...CAGTGTCGATACACCCTGCAATACACCTACCCATATGCATATTACAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGAGTCCGGACCCAGGAAGAAGCTG         TTTGAATACCAGCAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 154146 GGAGTCCGGACCCAGGAAGAAGCTGGTA...CAGTTTGAATACCAGCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CTCAGCTGGAGGCTGAGATCGAAAACCTCTCATGGAAAGTGGAGCGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155354 CTCAGCTGGAGGCTGAGATCGAAAACCTCTCATGGAAAGTGGAGCGTGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GACAGCTATGACAGAGGG         GACTTGGAGAACCAGATGCATAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 155404 GACAGCTATGACAGAGGGGTA...CAGGACTTGGAGAACCAGATGCATAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1434 AGCGGAGCAGCGGAGGAGAACCCTGCTGAAAGATTTCCATGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155664 AGCGGAGCAGCGGAGGAGAACCCTGCTGAAAGATTTCCATGACACC