seq1 = pF1KE3664.tfa, 1962 bp
seq2 = pF1KE3664/gi568815579f_48520515.tfa (gi568815579f:48520515_48729770), 209256 bp

>pF1KE3664 1962
>gi568815579f:48520515_48729770 (Chr19)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-511  (105377-105848)   100% ->
512-661  (107178-107327)   100% ->
662-756  (107461-107555)   100% ->
757-872  (107648-107763)   100% ->
873-1962  (108167-109256)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGGACACCTTGAAGCAGAGGAGCAGCAGGACCAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGAATGGACACCTTGAAGCAGAGGAGCAGCAGGACCAGGTA...CAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCCAGACCAGGAGCTGACCGGGAGCTGGGGCCACGGGCCTAGGAGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105379 GCCAGACCAGGAGCTGACCGGGAGCTGGGGCCACGGGCCTAGGAGCACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGTCAGGGCTAAGGCCATGGCCCCGCCCCCACCGCCACTGGCTGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105429 TGGTCAGGGCTAAGGCCATGGCCCCGCCCCCACCGCCACTGGCTGCCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCCCGCTCCTCCATGGCGAGTTTGGCTCCTACCCAGCCCGAGGCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105479 ACCCCGCTCCTCCATGGCGAGTTTGGCTCCTACCCAGCCCGAGGCCCACG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTTGCCCTCACCCTTACATCGCAGGCCCTGCACATACAGCGGCTGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105529 CTTTGCCCTCACCCTTACATCGCAGGCCCTGCACATACAGCGGCTGCGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAAACCTGAAGCCAGGCCCCGGGGTGGCCTGGTCCCGTTGGCCGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105579 CCAAACCTGAAGCCAGGCCCCGGGGTGGCCTGGTCCCGTTGGCCGAGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCAGGCTGCTGCACCCTGCGAAGCCGCAGCCCCTCAGACTCAGCGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105629 TCAGGCTGCTGCACCCTGCGAAGCCGCAGCCCCTCAGACTCAGCGGCCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTCTGCATCTACACCTACCCTCGGGGCCGGCGCGGGGCCCGGCGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105679 CTTCTGCATCTACACCTACCCTCGGGGCCGGCGCGGGGCCCGGCGCAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCACTCGCACCTTCCGGGCAGATGGGGCCGCCACCTACGAAGAGAACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105729 CCACTCGCACCTTCCGGGCAGATGGGGCCGCCACCTACGAAGAGAACCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCCGAGGCCCAGCGCTGGGCCACTGCCCTCACCTGTCTGCTCCGAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105779 GCCGAGGCCCAGCGCTGGGCCACTGCCCTCACCTGTCTGCTCCGAGGACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCCACTGCCCGGGGATGGGG         AGATCACCCCTGACCTGCTAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 105829 GCCACTGCCCGGGGATGGGGGTG...CAGAGATCACCCCTGACCTGCTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTCGGCCGCCCCGGTTGCTTCTATTGGTCAATCCCTTTGGGGGTCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107199 CTCGGCCGCCCCGGTTGCTTCTATTGGTCAATCCCTTTGGGGGTCGGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGGCCTGGCAGTGGTGTAAGAACCACGTGCTTCCCATGATCTCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107249 CTGGCCTGGCAGTGGTGTAAGAACCACGTGCTTCCCATGATCTCTGAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGGGCTGTCCTTCAACCTCATCCAGACAG         AACGACAGAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107299 TGGGCTGTCCTTCAACCTCATCCAGACAGGTA...CAGAACGACAGAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACGCCCGGGAGCTGGTCCAGGGGCTGAGCCTGAGTGAGTGGGATGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107473 ACGCCCGGGAGCTGGTCCAGGGGCTGAGCCTGAGTGAGTGGGATGGCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTCACGGTCTCGGGAGACGGGCTGCTCCATGAG         GTGCTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107523 GTCACGGTCTCGGGAGACGGGCTGCTCCATGAGGTA...CAGGTGCTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGGGCTCCTAGATCGCCCTGACTGGGAGGAAGCTGTGAAGATGCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107656 CGGGCTCCTAGATCGCCCTGACTGGGAGGAAGCTGTGAAGATGCCTGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCATCCTCCCCTGCGGCTCGGGCAACGCGCTGGCCGGAGCAGTGAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107706 GCATCCTCCCCTGCGGCTCGGGCAACGCGCTGGCCGGAGCAGTGAACCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CACGGGGG         ATTTGAGCCAGCCCTGGGCCTCGACCTGTTGCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107756 CACGGGGGGTA...AAGATTTGAGCCAGCCCTGGGCCTCGACCTGTTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAACTGCTCACTGTTGCTGTGCCGGGGTGGTGGCCACCCACTGGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108200 CAACTGCTCACTGTTGCTGTGCCGGGGTGGTGGCCACCCACTGGACCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCTCCGTGACGCTGGCCTCGGGCTCCCGCTGTTTCTCCTTCCTGTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108250 TCTCCGTGACGCTGGCCTCGGGCTCCCGCTGTTTCTCCTTCCTGTCTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCCTGGGGCTTCGTGTCAGATGTGGATATCCAGAGCGAGCGCTTCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108300 GCCTGGGGCTTCGTGTCAGATGTGGATATCCAGAGCGAGCGCTTCAGGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CTTGGGCAGTGCCCGCTTCACACTGGGCACGGTGCTGGGCCTCGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108350 CTTGGGCAGTGCCCGCTTCACACTGGGCACGGTGCTGGGCCTCGCCACAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGCACACCTACCGCGGACGCCTCTCCTACCTCCCCGCCACTGTGGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108400 TGCACACCTACCGCGGACGCCTCTCCTACCTCCCCGCCACTGTGGAACCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GCCTCGCCCACCCCTGCCCATAGCCTGCCTCGTGCCAAGTCGGAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108450 GCCTCGCCCACCCCTGCCCATAGCCTGCCTCGTGCCAAGTCGGAGCTGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CCTAACCCCAGACCCAGCCCCGCCCATGGCCCACTCACCCCTGCATCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108500 CCTAACCCCAGACCCAGCCCCGCCCATGGCCCACTCACCCCTGCATCGTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CTGTGTCTGACCTGCCTCTTCCCCTGCCCCAGCCTGCCCTGGCCTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108550 CTGTGTCTGACCTGCCTCTTCCCCTGCCCCAGCCTGCCCTGGCCTCTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GGCTCGCCAGAACCCCTGCCCATCCTGTCCCTCAACGGTGGGGGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108600 GGCTCGCCAGAACCCCTGCCCATCCTGTCCCTCAACGGTGGGGGCCCAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GCTGGCTGGGGACTGGGGTGGGGCTGGGGATGCTCCGCTGTCCCCGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108650 GCTGGCTGGGGACTGGGGTGGGGCTGGGGATGCTCCGCTGTCCCCGGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 CACTGCTGTCTTCACCTCCTGGCTCTCCCAAGGCAGCTCTACACTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108700 CACTGCTGTCTTCACCTCCTGGCTCTCCCAAGGCAGCTCTACACTCACCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 GTCTCCGAAGGGGCCCCCGTAATTCCCCCATCCTCTGGGCTCCCACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108750 GTCTCCGAAGGGGCCCCCGTAATTCCCCCATCCTCTGGGCTCCCACTTCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 CACCCCTGATGCCCGGGTAGGGGCCTCCACCTGCGGCCCGCCCGACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108800 CACCCCTGATGCCCGGGTAGGGGCCTCCACCTGCGGCCCGCCCGACCACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 TGCTGCCTCCGCTGGGCACCCCGCTGCCCCCAGACTGGGTGACGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108850 TGCTGCCTCCGCTGGGCACCCCGCTGCCCCCAGACTGGGTGACGCTGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GGGGACTTTGTGCTCATGTTGGCCATCTCGCCCAGCCACCTAGGCGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108900 GGGGACTTTGTGCTCATGTTGGCCATCTCGCCCAGCCACCTAGGCGCTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CCTGGTGGCAGCTCCGCATGCGCGCTTCGACGACGGCCTGGTGCACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108950 CCTGGTGGCAGCTCCGCATGCGCGCTTCGACGACGGCCTGGTGCACCTGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 GCTGGGTGCGTAGCGGCATCTCGCGGGCTGCGCTGCTGCGCCTTTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109000 GCTGGGTGCGTAGCGGCATCTCGCGGGCTGCGCTGCTGCGCCTTTTCTTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GCCATGGAGCGTGGTAGCCACTTCAGCCTGGGCTGTCCGCAGCTGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109050 GCCATGGAGCGTGGTAGCCACTTCAGCCTGGGCTGTCCGCAGCTGGGCTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 CGCCGCGGCCCGTGCCTTCCGCCTAGAGCCGCTCACACCACGCGGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109100 CGCCGCGGCCCGTGCCTTCCGCCTAGAGCCGCTCACACCACGCGGCGTGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 TCACAGTGGACGGGGAGCAGGTGGAGTATGGGCCGCTACAGGCACAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109150 TCACAGTGGACGGGGAGCAGGTGGAGTATGGGCCGCTACAGGCACAGATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 CACCCTGGCATCGGTACACTGCTCACTGGGCCTCCTGGCTGCCCGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109200 CACCCTGGCATCGGTACACTGCTCACTGGGCCTCCTGGCTGCCCGGGGCG

   2000     .
   1956 GGAGCCC
        |||||||
 109250 GGAGCCC