seq1 = pF1KE3662.tfa, 2928 bp
seq2 = pF1KE3662/gi568815597r_16025218.tfa (gi568815597r:16025218_16255932), 230715 bp

>pF1KE3662 2928
>gi568815597r:16025218_16255932 (Chr1)

(complement)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-153  (104970-105037)   100% ->
154-823  (106886-107555)   100% ->
824-979  (117503-117658)   100% ->
980-1312  (117748-118080)   100% ->
1313-1428  (120163-120278)   100% ->
1429-1582  (120744-120897)   100% ->
1583-1682  (121366-121465)   100% ->
1683-1738  (122018-122073)   100% ->
1739-1864  (122327-122452)   100% ->
1865-2053  (122565-122753)   100% ->
2054-2115  (123494-123555)   100% ->
2116-2325  (123660-123869)   100% ->
2326-2475  (124063-124212)   100% ->
2476-2669  (125514-125707)   100% ->
2670-2825  (126344-126499)   100% ->
2826-2928  (130613-130715)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTCCAGGCAGCCCGCGCCTGCTTCGCCCTGCTGTGGGGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTCCAGGCAGCCCGCGCCTGCTTCGCCCTGCTGTGGGGCTGTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGCCGCGGCCGCGGCGGCGCAGGGCAAGGAAG         TGGTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 GCTGGCCGCGGCCGCGGCGGCGCAGGGCAAGGAAGGTG...CAGTGGTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCTGGACTTTGCTGCAGCTGGAGGGGAGCTCGGCTGGCTCACACACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104976 TGCTGGACTTTGCTGCAGCTGGAGGGGAGCTCGGCTGGCTCACACACCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGGCAAAGGG         TGGGACCTGATGCAGAACATCATGAATGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105026 TATGGCAAAGGGGTA...CAGTGGGACCTGATGCAGAACATCATGAATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATGCCGATCTACATGTACTCCGTGTGCAACGTGATGTCTGGCGACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106915 CATGCCGATCTACATGTACTCCGTGTGCAACGTGATGTCTGGCGACCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAACTGGCTCCGCACCAACTGGGTGTACCGAGGAGAGGCTGAGCGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106965 ACAACTGGCTCCGCACCAACTGGGTGTACCGAGGAGAGGCTGAGCGTATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCATTGAGCTCAAGTTTACTGTACGTGACTGCAACAGCTTCCCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107015 TTCATTGAGCTCAAGTTTACTGTACGTGACTGCAACAGCTTCCCTGGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGCCAGCTCCTGCAAGGAGACTTTCAACCTCTACTATGCCGAGTCGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107065 CGCCAGCTCCTGCAAGGAGACTTTCAACCTCTACTATGCCGAGTCGGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGACTACGGCACCAACTTCCAGAAGCGCCTGTTCACCAAGATTGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107115 TGGACTACGGCACCAACTTCCAGAAGCGCCTGTTCACCAAGATTGACACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTGCGCCCGATGAGATCACCGTCAGCAGCGACTTCGAGGCACGCCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107165 ATTGCGCCCGATGAGATCACCGTCAGCAGCGACTTCGAGGCACGCCACGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAAGCTGAACGTGGAGGAGCGCTCCGTGGGGCCGCTCACCCGCAAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107215 GAAGCTGAACGTGGAGGAGCGCTCCGTGGGGCCGCTCACCCGCAAAGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCTACCTGGCCTTCCAGGATATCGGTGCCTGTGTGGCGCTGCTCTCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107265 TCTACCTGGCCTTCCAGGATATCGGTGCCTGTGTGGCGCTGCTCTCCGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGTGTCTACTACAAGAAGTGCCCCGAGCTGCTGCAGGGCCTGGCCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107315 CGTGTCTACTACAAGAAGTGCCCCGAGCTGCTGCAGGGCCTGGCCCACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCCTGAGACCATCGCCGGCTCTGATGCACCTTCCCTGGCCACTGTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107365 CCCTGAGACCATCGCCGGCTCTGATGCACCTTCCCTGGCCACTGTGGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCACCTGTGTGGACCATGCCGTGGTGCCACCGGGGGGTGAAGAGCCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107415 GCACCTGTGTGGACCATGCCGTGGTGCCACCGGGGGGTGAAGAGCCCCGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATGCACTGTGCAGTGGATGGCGAGTGGCTGGTGCCCATTGGGCAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107465 ATGCACTGTGCAGTGGATGGCGAGTGGCTGGTGCCCATTGGGCAGTGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GTGCCAGGCAGGCTACGAGAAGGTGGAGGATGCCTGCCAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107515 GTGCCAGGCAGGCTACGAGAAGGTGGAGGATGCCTGCCAGGGTG...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCTGCTCGCCTGGATTTTTTAAGTTTGAGGCATCTGAGAGCCCCTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117503 CCTGCTCGCCTGGATTTTTTAAGTTTGAGGCATCTGAGAGCCCCTGCTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAGTGCCCTGAGCACACGCTGCCATCCCCTGAGGGTGCCACCTCCTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117553 GAGTGCCCTGAGCACACGCTGCCATCCCCTGAGGGTGCCACCTCCTGCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GTGTGAGGAAGGCTTCTTCCGGGCACCTCAGGACCCAGCGTCGATGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117603 GTGTGAGGAAGGCTTCTTCCGGGCACCTCAGGACCCAGCGTCGATGCCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GCACAC         GACCCCCCTCCGCCCCACACTACCTCACAGCCGTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117653 GCACACGTG...CAGGACCCCCCTCCGCCCCACACTACCTCACAGCCGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GGCATGGGTGCCAAGGTGGAGCTGCGCTGGACGCCCCCTCAGGACAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117783 GGCATGGGTGCCAAGGTGGAGCTGCGCTGGACGCCCCCTCAGGACAGCGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGGCCGCGAGGACATTGTCTACAGCGTCACCTGCGAACAGTGCTGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117833 GGGCCGCGAGGACATTGTCTACAGCGTCACCTGCGAACAGTGCTGGCCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AGTCTGGGGAATGCGGGCCGTGTGAGGCCAGTGTGCGCTACTCGGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117883 AGTCTGGGGAATGCGGGCCGTGTGAGGCCAGTGTGCGCTACTCGGAGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CCTCACGGACTGACCCGCACCAGTGTGACAGTGAGCGACCTGGAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117933 CCTCACGGACTGACCCGCACCAGTGTGACAGTGAGCGACCTGGAGCCCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CATGAACTACACCTTCACCGTGGAGGCCCGCAATGGCGTCTCAGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117983 CATGAACTACACCTTCACCGTGGAGGCCCGCAATGGCGTCTCAGGCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TAACCAGCCGCAGCTTCCGTACTGCCAGTGTCAGCATCAACCAGACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 118033 TAACCAGCCGCAGCTTCCGTACTGCCAGTGTCAGCATCAACCAGACAGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1313        AGCCCCCCAAGGTGAGGCTGGAGGGCCGCAGCACCACCTCGCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118083 G...CAGAGCCCCCCAAGGTGAGGCTGGAGGGCCGCAGCACCACCTCGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TAGCGTCTCCTGGAGCATCCCCCCGCCGCAGCAGAGCCGAGTGTGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120206 TAGCGTCTCCTGGAGCATCCCCCCGCCGCAGCAGAGCCGAGTGTGGAAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 ACGAGGTCACTTACCGCAAGAAG         GGAGACTCCAACAGCTAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 120256 ACGAGGTCACTTACCGCAAGAAGGTA...CAGGGAGACTCCAACAGCTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 AATGTGCGCCGCACCGAGGGTTTCTCCGTGACCCTGGACGACCTGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120762 AATGTGCGCCGCACCGAGGGTTTCTCCGTGACCCTGGACGACCTGGCCCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 AGACACCACCTACCTGGTCCAGGTGCAGGCACTGACGCAGGAGGGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120812 AGACACCACCTACCTGGTCCAGGTGCAGGCACTGACGCAGGAGGGCCAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 GGGCCGGCAGCAAGGTGCACGAATTCCAGACGCTGT         CCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 120862 GGGCCGGCAGCAAGGTGCACGAATTCCAGACGCTGTGTG...CAGCCCCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GAGGGATCTGGCAACTTGGCGGTGATTGGCGGCGTGGCTGTCGGTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121371 GAGGGATCTGGCAACTTGGCGGTGATTGGCGGCGTGGCTGTCGGTGTGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CCTGCTTCTGGTGCTGGCAGGAGTTGGCTTCTTTATCCACCGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 121421 CCTGCTTCTGGTGCTGGCAGGAGTTGGCTTCTTTATCCACCGCAGGTT..

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683     GAGGAAGAACCAGCGTGCCCGCCAGTCCCCGGAGGACGTTTACTTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121471 .CAGGAGGAAGAACCAGCGTGCCCGCCAGTCCCCGGAGGACGTTTACTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 TCCAAGTCAG         AACAACTGAAGCCCCTGAAGACATACGTGGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 122064 TCCAAGTCAGGTG...CAGAACAACTGAAGCCCCTGAAGACATACGTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CCCCCACACATATGAGGACCCCAACCAGGCTGTGTTGAAGTTCACTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122358 CCCCCACACATATGAGGACCCCAACCAGGCTGTGTTGAAGTTCACTACCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AGATCCATCCATCCTGTGTCACTCGGCAGAAGGTGATCGGAGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 122408 AGATCCATCCATCCTGTGTCACTCGGCAGAAGGTGATCGGAGCAGGTG..

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865     GAGAGTTTGGGGAGGTGTACAAGGGCATGCTGAAGACATCCTCGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122458 .CAGGAGAGTTTGGGGAGGTGTACAAGGGCATGCTGAAGACATCCTCGGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GAAGAAGGAGGTGCCGGTGGCCATCAAGACGCTGAAAGCCGGCTACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122611 GAAGAAGGAGGTGCCGGTGGCCATCAAGACGCTGAAAGCCGGCTACACAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 AGAAGCAGCGAGTGGACTTCCTCGGCGAGGCCGGCATCATGGGCCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122661 AGAAGCAGCGAGTGGACTTCCTCGGCGAGGCCGGCATCATGGGCCAGTTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 AGCCACCACAACATCATCCGCCTAGAGGGCGTCATCTCCAAAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 122711 AGCCACCACAACATCATCCGCCTAGAGGGCGTCATCTCCAAATGTG...C

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2054   ACAAGCCCATGATGATCATCACTGAGTACATGGAGAATGGGGCCCTGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123492 AGACAAGCCCATGATGATCATCACTGAGTACATGGAGAATGGGGCCCTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 ACAAGTTCCTTCGG         GAGAAGGATGGCGAGTTCAGCGTGCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 123542 ACAAGTTCCTTCGGGTA...CAGGAGAAGGATGGCGAGTTCAGCGTGCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 CAGCTGGTGGGCATGCTGCGGGGCATCGCAGCTGGCATGAAGTACCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123687 CAGCTGGTGGGCATGCTGCGGGGCATCGCAGCTGGCATGAAGTACCTGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 CAACATGAACTATGTGCACCGTGACCTGGCTGCCCGCAACATCCTCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123737 CAACATGAACTATGTGCACCGTGACCTGGCTGCCCGCAACATCCTCGTCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 ACAGCAACCTGGTCTGCAAGGTGTCTGACTTTGGCCTGTCCCGCGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123787 ACAGCAACCTGGTCTGCAAGGTGTCTGACTTTGGCCTGTCCCGCGTGCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 GAGGACGACCCCGAGGCCACCTACACCACCAGT         GGCGGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 123837 GAGGACGACCCCGAGGCCACCTACACCACCAGTGTA...CAGGGCGGCAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 GATCCCCATCCGCTGGACCGCCCCGGAGGCCATTTCCTACCGGAAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124071 GATCCCCATCCGCTGGACCGCCCCGGAGGCCATTTCCTACCGGAAGTTCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 CCTCTGCCAGCGACGTGTGGAGCTTTGGCATTGTCATGTGGGAGGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124121 CCTCTGCCAGCGACGTGTGGAGCTTTGGCATTGTCATGTGGGAGGTGATG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 ACCTATGGCGAGCGGCCCTACTGGGAGTTGTCCAACCACGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 124171 ACCTATGGCGAGCGGCCCTACTGGGAGTTGTCCAACCACGAGGTG...CA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2476  GTGATGAAAGCCATCAATGATGGCTTCCGGCTCCCCACACCCATGGACT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125513 GGTGATGAAAGCCATCAATGATGGCTTCCGGCTCCCCACACCCATGGACT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2525 GCCCCTCCGCCATCTACCAGCTCATGATGCAGTGCTGGCAGCAGGAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125563 GCCCCTCCGCCATCTACCAGCTCATGATGCAGTGCTGGCAGCAGGAGCGT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2575 GCCCGCCGCCCCAAGTTCGCTGACATCGTCAGCATCCTGGACAAGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125613 GCCCGCCGCCCCAAGTTCGCTGACATCGTCAGCATCCTGGACAAGCTCAT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2625 TCGTGCCCCTGACTCCCTCAAGACCCTGGCTGACTTTGACCCCCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 125663 TCGTGCCCCTGACTCCCTCAAGACCCTGGCTGACTTTGACCCCCGGTG..

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2670     CGTGTCTATCCGGCTCCCCAGCACGAGCGGCTCGGAGGGGGTGCCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125713 .CAGCGTGTCTATCCGGCTCCCCAGCACGAGCGGCTCGGAGGGGGTGCCC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2716 TTCCGCACGGTGTCCGAGTGGCTGGAGTCCATCAAGATGCAGCAGTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126390 TTCCGCACGGTGTCCGAGTGGCTGGAGTCCATCAAGATGCAGCAGTATAC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2766 GGAGCACTTCATGGCGGCCGGCTACACTGCCATCGAGAAGGTGGTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126440 GGAGCACTTCATGGCGGCCGGCTACACTGCCATCGAGAAGGTGGTGCAGA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2816 TGACCAACGA         CGACATCAAGAGGATTGGGGTGCGGCTGCCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 126490 TGACCAACGAGTA...CAGCGACATCAAGAGGATTGGGGTGCGGCTGCCC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2857 GGCCACCAGAAGCGCATCGCCTACAGCCTGCTGGGACTCAAGGACCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130644 GGCCACCAGAAGCGCATCGCCTACAGCCTGCTGGGACTCAAGGACCAGGT

   3050     .    :    .    :
   2907 GAACACTGTGGGGATCCCCATC
        ||||||||||||||||||||||
 130694 GAACACTGTGGGGATCCCCATC