seq1 = pF1KE3661.tfa, 1263 bp
seq2 = pF1KE3661/gi568815586f_57491290.tfa (gi568815586f:57491290_57701603), 210314 bp

>pF1KE3661 1263
>gi568815586f:57491290_57701603 (Chr12)

1-174  (100001-100174)   100% ->
175-272  (102736-102833)   100% ->
273-369  (103837-103933)   100% ->
370-513  (104599-104742)   99% ->
514-660  (107776-107922)   100% ->
661-699  (108111-108149)   100% ->
700-813  (109035-109148)   99% ->
814-1081  (109522-109789)   100% ->
1082-1185  (109956-110059)   99% ->
1186-1263  (110237-110314)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCTCCTCGGTCCCACCAGCCACGGTATCGGCGGCGACAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCCTCCTCGGTCCCACCAGCCACGGTATCGGCGGCGACAGCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCGGCCCAGGTTTCGGCTTCGCCTCCAAGACCAAGAAGAAGCATTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCGGCCCAGGTTTCGGCTTCGCCTCCAAGACCAAGAAGAAGCATTTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCAGCAGAAGGTGAAGGTGTTCCGGGCGGCCGACCCGCTGGTGGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCAGCAGAAGGTGAAGGTGTTCCGGGCGGCCGACCCGCTGGTGGGTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCTGTGGGGCGTAGCCCACTCG         ATCAATGAGCTCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100151 TTCCTGTGGGGCGTAGCCCACTCGGTG...CAGATCAATGAGCTCAGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGCCTCCCCCGGTGATGCTGCTGCCAGATGACTTTAAGGCCAGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102753 GGTGCCTCCCCCGGTGATGCTGCTGCCAGATGACTTTAAGGCCAGCTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGATCAAGGTCAACAATCACCTTTTCCACAG         GGAAAATCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102803 AGATCAAGGTCAACAATCACCTTTTCCACAGGTA...CAGGGAAAATCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCAGTCATTTCAAGTTCAAGGAGTATTGTCCCCAGGTCTTCAGGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103847 CCCAGTCATTTCAAGTTCAAGGAGTATTGTCCCCAGGTCTTCAGGAACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCGTGATCGATTTGGCATTGATGACCAAGATTACTTG         GTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103897 CCGTGATCGATTTGGCATTGATGACCAAGATTACTTGGTG...CAGGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCTTACCCGAAACCCCCCCAGCGAAAGTGAAGGCAGTGATGGTCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104603 CCCTTACCCGAAACCCCCCCAGCGAAAGTGAAGGCAGTGATGGTCGCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTATCTCCTACGATCGGACTCTGGTCATCAAAAAAGTATCCAGTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 104653 CTTATCTCCTACGATCGGACTCTGGTCATCAAAGAAGTATCCAGTGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATTGCTGACATGCATAGCAACCTCTCCAACTATCACCAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104703 CATTGCTGACATGCATAGCAACCTCTCCAACTATCACCAGGTC...TAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACATTGTGAAGTGCCATGGCAACACGCTTCTGCCCCAGTTCCTGGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107777 ACATTGTGAAGTGCCATGGCAACACGCTTCTGCCCCAGTTCCTGGGGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TACCGAGTCAGTGTGGACAACGAAGACAGCTACATGCTTGTGATGCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107827 TACCGAGTCAGTGTGGACAACGAAGACAGCTACATGCTTGTGATGCGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TATGTTTAGCCACCGTCTTCCTGTGCACAGGAAGTATGACCTCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 107877 TATGTTTAGCCACCGTCTTCCTGTGCACAGGAAGTATGACCTCAAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661      GGTTCCCTAGTGTCCCGGGAAGCCAGCGATAAGGAAAAG      
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107927 ..CAGGGTTCCCTAGTGTCCCGGGAAGCCAGCGATAAGGAAAAGGTG...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700    GTTAAAGAATTGCCCACCCTTAGGGATATGGACTTTCTCAACAAGAA
        >>>|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 109032 TAGGTTAAAGAATTGCCCACCCTTAAGGATATGGACTTTCTCAACAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCAGAAAGTATATATTGGTGAAGAGGAGAAGAAAATATTTCTGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109082 CCAGAAAGTATATATTGGTGAAGAGGAGAAGAAAATATTTCTGGAGAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGAAGAGAGATGTGGAG         TTTCTAGTGCAGCTGAAGATCATG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109132 TGAAGAGAGATGTGGAGGTG...CAGTTTCTAGTGCAGCTGAAGATCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GACTACAGCCTTCTGCTAGGCATCCACGACATCATTCGGGGCTCTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109546 GACTACAGCCTTCTGCTAGGCATCCACGACATCATTCGGGGCTCTGAACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGAGGAGGAAGCGCCCGTGCGGGAGGATGAGTCAGAGGTGGATGGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109596 AGAGGAGGAAGCGCCCGTGCGGGAGGATGAGTCAGAGGTGGATGGGGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCAGCCTGACTGGACCTCCTGCTCTGGTGGGCTCCTATGGCACCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109646 GCAGCCTGACTGGACCTCCTGCTCTGGTGGGCTCCTATGGCACCTCCCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGGGTATCGGAGGCTACATCCATTCCCATCGGCCCCTGGGCCCAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109696 GAGGGTATCGGAGGCTACATCCATTCCCATCGGCCCCTGGGCCCAGGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GTTTGAGTCCTTCATTGATGTCTATGCCATCCGGAGTGCTGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109746 GTTTGAGTCCTTCATTGATGTCTATGCCATCCGGAGTGCTGAAGGTG...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1082    GAGCCCCCCAGAAGGAGGTCTACTTCATGGGCCTCATTGATATCCTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109953 CAGGAGCCCCCCAGAAGGAGGTCTACTTCATGGGCCTCATTGATATCCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACACAGTATGATGCCAAGAAGAAAGCAGCTCATGCAGCCAAAACTGTCAA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110003 ACACAGTATGATGCTAAGAAGAAAGCAGCTCATGCAGCCAAAACTGTCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCATGGG         GCTGGGGCAGAGATCTCTACTGTCCATCCGGAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110053 GCATGGGGTG...CAGGCTGGGGCAGAGATCTCTACTGTCCATCCGGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGTATGCTAAGCGATTCCTGGATTTTATTACCAACATCTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110271 AGTATGCTAAGCGATTCCTGGATTTTATTACCAACATCTTTGCC