seq1 = pF1KE3657.tfa, 1242 bp
seq2 = pF1KE3657/gi568815584r_92841564.tfa (gi568815584r:92841564_93215163), 373600 bp

>pF1KE3657 1242
>gi568815584r:92841564_93215163 (Chr14)

(complement)

1-118  (100001-100116)   90% ->
119-246  (198361-198488)   100% ->
247-364  (221167-221284)   100% ->
365-463  (252315-252413)   100% ->
464-504  (252769-252809)   100% ->
505-670  (256798-256963)   100% ->
671-738  (263151-263218)   100% ->
739-901  (268671-268833)   100% ->
902-1242  (273260-273600)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGACCTTTCTGAAGGGGAAGAGAGTTGGCTACTGGCTGAGCGAGAA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGACCTTTCTGAAAGGGAAGAGAGTTGGCTACTGGCTGAGCGAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAATCAAGAAGCTGAATTTCCAGGCCTTCGCCGAGCTGTGCAGG AAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||
 100051 GAAAATCAAGAAGCTGAATTTCCAGGCCTTCGCCGAGCTGTGCAGGTAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 CGAGGGATGGAGGTTGTGC         AGCTGAACCTTAGCCGGCCGAT
        -|||||| | -||    |->>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100101  GAGGGACGC GGCGCCG GCG...CACAGCTGAACCTTAGCCGGCCGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 CGAGGAGCAGGGCCCCCTGGACGTCATCATCCACAAGCTGACTGACGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198383 CGAGGAGCAGGGCCCCCTGGACGTCATCATCCACAAGCTGACTGACGTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 TCCTTGAAGCCGACCAGAATGATAGCCAGTCCCTGGAGCTGGTGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198433 TCCTTGAAGCCGACCAGAATGATAGCCAGTCCCTGGAGCTGGTGCACAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 TTCCAG         GAGTACATCGATGCCCACCCTGAGACCATCGTCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198483 TTCCAGGTG...CAGGAGTACATCGATGCCCACCCTGAGACCATCGTCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 GGACCCGCTCCCTGCCATCAGAACCCTGCTTGACCGCTCCAAGTCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221202 GGACCCGCTCCCTGCCATCAGAACCCTGCTTGACCGCTCCAAGTCCTATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 AGCTCATCCGGAAGATTGAGGCCTACATGGAAG         ACGACAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 221252 AGCTCATCCGGAAGATTGAGGCCTACATGGAAGGTA...TAGACGACAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373 ATCTGCTCGCCACCCTTCATGGAGCTCACGAGCCTGTGCGGGGATGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252323 ATCTGCTCGCCACCCTTCATGGAGCTCACGAGCCTGTGCGGGGATGACAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423 CATGCGGCTGCTGGAGAAGAACGGCTTGACTTTCCCATTCA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 252373 CATGCGGCTGCTGGAGAAGAACGGCTTGACTTTCCCATTCAGTG...TAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464 TTTGCAAAACCAGAGTGGCTCATGGCACCAACTCTCACGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 252769 TTTGCAAAACCAGAGTGGCTCATGGCACCAACTCTCACGAGGTG...CAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    505 ATGGCTATCGTGTTCAACCAGGAGGGCCTGAACGCCATCCAGCCACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256798 ATGGCTATCGTGTTCAACCAGGAGGGCCTGAACGCCATCCAGCCACCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    555 CGTGGTCCAGAATTTCATCAACCACAACGCCGTCCTGTACAAGGTGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256848 CGTGGTCCAGAATTTCATCAACCACAACGCCGTCCTGTACAAGGTGTTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605 TGGTTGGCGAGTCCTACACCGTGGTCCAGAGGCCCTCACTCAAGAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256898 TGGTTGGCGAGTCCTACACCGTGGTCCAGAGGCCCTCACTCAAGAACTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655 TCCGCAGGCACATCAG         ACCGTGAGTCCATCTTCTTCAACAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 256948 TCCGCAGGCACATCAGGTA...CAGACCGTGAGTCCATCTTCTTCAACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    696 CCACAACGTGTCAAAGCCGGAGTCGTCATCGGTCCTGACGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 263176 CCACAACGTGTCAAAGCCGGAGTCGTCATCGGTCCTGACGGAGGTG...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739   CTGGACAAGATCGAGGGCGTGTTCGAGCGGCCGAGCGACGAGGTCATC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268669 AGCTGGACAAGATCGAGGGCGTGTTCGAGCGGCCGAGCGACGAGGTCATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    787 CGGGAGCTCTCCCGGGCCCTGCGGCAGGCACTGGGCGTGTCACTCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268719 CGGGAGCTCTCCCGGGCCCTGCGGCAGGCACTGGGCGTGTCACTCTTCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    837 CATCGACATCATCATCAACAACCAGACAGGGCAGCACGCCGTCATTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268769 CATCGACATCATCATCAACAACCAGACAGGGCAGCACGCCGTCATTGACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    887 TCAATGCCTTCCCAG         GCTACGAGGGCGTGAGCGAGTTCTTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 268819 TCAATGCCTTCCCAGGTG...CAGGCTACGAGGGCGTGAGCGAGTTCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928 ACAGACCTCCTGAACCACATCGCCACTGTCCTGCAGGGCCAGAGCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273286 ACAGACCTCCTGAACCACATCGCCACTGTCCTGCAGGGCCAGAGCACAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    978 CATGGCAGCCACAGGGGACGTGGCCCTGCTGAGGCACAGCAAGCTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273336 CATGGCAGCCACAGGGGACGTGGCCCTGCTGAGGCACAGCAAGCTTCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1028 CCGAGCCGGCGGGCGGCCTGGTGGGCGAGCGGACATGCAGCGCCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273386 CCGAGCCGGCGGGCGGCCTGGTGGGCGAGCGGACATGCAGCGCCAGCCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1078 GGCTGCTGCGGCAGCATGATGGGCCAGGACGCGCCCTGGAAGGCTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273436 GGCTGCTGCGGCAGCATGATGGGCCAGGACGCGCCCTGGAAGGCTGAGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1128 CGACGCGGGCGGCACCGCCAAGCTGCCGCACCAGAGACTCGGCTGCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273486 CGACGCGGGCGGCACCGCCAAGCTGCCGCACCAGAGACTCGGCTGCAACG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1178 CCGGCGTGTCGCCCAGCTTCCAGCAGCATTGTGTGGCCTCCCTGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273536 CCGGCGTGTCGCCCAGCTTCCAGCAGCATTGTGTGGCCTCCCTGGCCACC

   1300     .    :    .
   1228 AAGGCCTCCTCCCAG
        |||||||||||||||
 273586 AAGGCCTCCTCCCAG