seq1 = pF1KE3654.tfa, 732 bp
seq2 = pF1KE3654/gi568815579r_50859167.tfa (gi568815579r:50859167_51068104), 208938 bp

>pF1KE3654 732
>gi568815579r:50859167_51068104 (Chr19)

(complement)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-197  (100780-100936)   100% ->
198-445  (104556-104803)   100% ->
446-582  (106225-106361)   100% ->
583-732  (108789-108938)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAAGCTGATGGTGGTGCTGAGTCTGATTGCTGCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGAAGAAGCTGATGGTGGTGCTGAGTCTGATTGCTGCAGGTG...CAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTGGGCAGAGGAGCAGAATAAGTTGGTGCATGGCGGACCCTGCGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100781 CTGGGCAGAGGAGCAGAATAAGTTGGTGCATGGCGGACCCTGCGACAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CATCTCACCCCTACCAAGCTGCCCTCTACACCTCGGGCCACTTGCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100831 CATCTCACCCCTACCAAGCTGCCCTCTACACCTCGGGCCACTTGCTCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTGGGGTCCTTATCCATCCACTGTGGGTCCTCACAGCTGCCCACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100881 GGTGGGGTCCTTATCCATCCACTGTGGGTCCTCACAGCTGCCCACTGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAACC         GAATCTTCAGGTCTTCCTGGGGAAGCATAACCTTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100931 AAAACCGTG...CAGGAATCTTCAGGTCTTCCTGGGGAAGCATAACCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGCAAAGGGAGAGTTCCCAGGAGCAGAGTTCTGTTGTCCGGGCTGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104591 GGCAAAGGGAGAGTTCCCAGGAGCAGAGTTCTGTTGTCCGGGCTGTGATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACCCTGACTATGATGCCGCCAGCCATGACCAGGACATCATGCTGTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104641 CACCCTGACTATGATGCCGCCAGCCATGACCAGGACATCATGCTGTTGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTGGCACGCCCAGCCAAACTCTCTGAACTCATCCAGCCCCTTCCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104691 CCTGGCACGCCCAGCCAAACTCTCTGAACTCATCCAGCCCCTTCCCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAGGGACTGCTCAGCCAACACCACCAGCTGCCACATCCTGGGCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104741 AGAGGGACTGCTCAGCCAACACCACCAGCTGCCACATCCTGGGCTGGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGACAGCAGATG         GTGATTTCCCTGACACCATCCAGTGTGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104791 AAGACAGCAGATGGTC...CAGGTGATTTCCCTGACACCATCCAGTGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATACATCCACCTGGTGTCCCGTGAGGAGTGTGAGCATGCCTACCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106253 ATACATCCACCTGGTGTCCCGTGAGGAGTGTGAGCATGCCTACCCTGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGATCACCCAGAACATGTTGTGTGCTGGGGATGAGAAGTACGGGAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106303 AGATCACCCAGAACATGTTGTGTGCTGGGGATGAGAAGTACGGGAAGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCCTGCCAG         GGTGATTCTGGGGGTCCGCTGGTATGTGGAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106353 TCCTGCCAGGTG...CAGGGTGATTCTGGGGGTCCGCTGGTATGTGGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCACCTCCGAGGCCTTGTGTCATGGGGTAACATCCCCTGTGGATCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108821 CCACCTCCGAGGCCTTGTGTCATGGGGTAACATCCCCTGTGGATCAAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGAAGCCAGGAGTCTACACCAACGTCTGCAGATACACGAACTGGATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108871 AGAAGCCAGGAGTCTACACCAACGTCTGCAGATACACGAACTGGATCCAA

    750     .    :    .
    715 AAAACCATTCAGGCCAAG
        ||||||||||||||||||
 108921 AAAACCATTCAGGCCAAG