seq1 = pF1KE3653.tfa, 879 bp
seq2 = pF1KE3653/gi568815579r_50843634.tfa (gi568815579r:50843634_51052657), 209024 bp

>pF1KE3653 879
>gi568815579r:50843634_51052657 (Chr19)

(complement)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-335  (102542-102803)   99% ->
336-592  (103543-103799)   100% ->
593-726  (103885-104018)   100% ->
727-879  (108872-109024)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTACAGCAAGACCCCCCTGGATGTGGGTGCTCTGTGCTCTGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTACAGCAAGACCCCCCTGGATGTGGGTGCTCTGTGCTCTGATCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCTTGCTTCTGGGGGTCACAG         AGCATGTTCTCGCCAACA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 AGCCTTGCTTCTGGGGGTCACAGGTA...CAGAGCATGTTCTCGCCAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGATGTTTCCAGTGACCACCCCTCTAACACCGTGCCCTCTGGGAGCAAC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102560 ATGATGTTTCCTGTGACCACCCCTCTAACACCGTGCCCTCTGGGAGCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGACCTGGGAGCTGGGGCCGGGGAAGACGCCCGGTCGGATGACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102610 CAGGACCTGGGAGCTGGGGCCGGGGAAGACGCCCGGTCGGATGACAGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCCGCATCATCAATGGATCCGACTGCGATATGCACACCCAGCCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102660 CAGCCGCATCATCAATGGATCCGACTGCGATATGCACACCCAGCCGTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGCCGCGCTGTTGCTAAGGCCCAACCAGCTCTACTGCGGGGCGGTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102710 AGGCCGCGCTGTTGCTAAGGCCCAACCAGCTCTACTGCGGGGCGGTGTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGCATCCACAGTGGCTGCTCACGGCCGCCCACTGCAGGAAGAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102760 GTGCATCCACAGTGGCTGCTCACGGCCGCCCACTGCAGGAAGAAGTG...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    336    AGTTTTCAGAGTCCGTCTCGGCCACTACTCCCTGTCACCAGTTTATG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103540 CAGAGTTTTCAGAGTCCGTCTCGGCCACTACTCCCTGTCACCAGTTTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AATCTGGGCAGCAGATGTTCCAGGGGGTCAAATCCATCCCCCACCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103590 AATCTGGGCAGCAGATGTTCCAGGGGGTCAAATCCATCCCCCACCCTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TACTCCCACCCTGGCCACTCTAACGACCTCATGCTCATCAAACTGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103640 TACTCCCACCCTGGCCACTCTAACGACCTCATGCTCATCAAACTGAACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AAGAATTCGTCCCACTAAAGATGTCAGACCCATCAACGTCTCCTCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103690 AAGAATTCGTCCCACTAAAGATGTCAGACCCATCAACGTCTCCTCTCATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GTCCCTCTGCTGGGACAAAGTGCTTGGTGTCTGGCTGGGGGACAACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103740 GTCCCTCTGCTGGGACAAAGTGCTTGGTGTCTGGCTGGGGGACAACCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGCCCCCAAG         TGCACTTCCCTAAGGTCCTCCAGTGCTTGAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103790 AGCCCCCAAGGTG...CAGTGCACTTCCCTAAGGTCCTCCAGTGCTTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TATCAGCGTGCTAAGTCAGAAAAGGTGCGAGGATGCTTACCCGAGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103916 TATCAGCGTGCTAAGTCAGAAAAGGTGCGAGGATGCTTACCCGAGACAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TAGATGACACCATGTTCTGCGCCGGTGACAAAGCAGGTAGAGACTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103966 TAGATGACACCATGTTCTGCGCCGGTGACAAAGCAGGTAGAGACTCCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAG         GGTGATTCTGGGGGGCCTGTGGTCTGCAATGGCTCCCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104016 CAGGTG...CAGGGTGATTCTGGGGGGCCTGTGGTCTGCAATGGCTCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCAGGGACTCGTGTCCTGGGGAGATTACCCTTGTGCCCGGCCCAACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108910 GCAGGGACTCGTGTCCTGGGGAGATTACCCTTGTGCCCGGCCCAACAGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CGGGTGTCTACACGAACCTCTGCAAGTTCACCAAGTGGATCCAGGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108960 CGGGTGTCTACACGAACCTCTGCAAGTTCACCAAGTGGATCCAGGAAACC

    900     .    :    .
    865 ATCCAGGCCAACTCC
        |||||||||||||||
 109010 ATCCAGGCCAACTCC