seq1 = pF1KE3651.tfa, 2694 bp
seq2 = pF1KE3651/gi568815586r_118051000.tfa (gi568815586r:118051000_118355567), 304568 bp

>pF1KE3651 2694
>gi568815586r:118051000_118355567 (Chr12)

(complement)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-192  (110603-110674)   100% ->
193-294  (112052-112153)   100% ->
295-340  (116296-116341)   100% ->
341-437  (117399-117495)   100% ->
438-551  (119897-120010)   100% ->
552-643  (121803-121894)   100% ->
644-737  (141458-141551)   100% ->
738-819  (142573-142654)   100% ->
820-987  (154105-154272)   100% ->
988-1194  (156311-156517)   100% ->
1195-1329  (165627-165761)   100% ->
1330-1566  (173961-174197)   100% ->
1567-1695  (178239-178367)   100% ->
1696-1899  (182908-183111)   100% ->
1900-2139  (193541-193780)   100% ->
2140-2352  (195210-195422)   100% ->
2353-2535  (203159-203341)   100% ->
2536-2694  (204410-204568)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGTAAAGGGGTGCTGAAGGACCCAGAGATTGCCGATCTATTCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGTAAAGGGGTGCTGAAGGACCCAGAGATTGCCGATCTATTCTACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGATGATCCTGAGGAACTTTTTATTGGTTTGCATGAAATTGGACATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGATGATCCTGAGGAACTTTTTATTGGTTTGCATGAAATTGGACATGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTTTTGGAGCAGTTTATTTT         GCTACAAATGCTCACACCAGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 GTTTTGGAGCAGTTTATTTTGTA...CAGGCTACAAATGCTCACACCAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGTGGTGGCAATTAAGAAGATGTCCTATAGTGGGAAGCAGACCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110624 GAGGTGGTGGCAATTAAGAAGATGTCCTATAGTGGGAAGCAGACCCATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 G         AAATGGCAAGATATTCTTAAGGAAGTTAAATTTTTACGAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110674 GGTG...TAGAAATGGCAAGATATTCTTAAGGAAGTTAAATTTTTACGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATTGAAGCATCCTAATACTATTGAGTACAAAGGCTGTTACTTGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112092 AATTGAAGCATCCTAATACTATTGAGTACAAAGGCTGTTACTTGAAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACACTGCTTGG         TTGGTGATGGAATATTGCTTAGGCTCAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112142 CACACTGCTTGGGTA...TAGTTGGTGATGGAATATTGCTTAGGCTCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTCTGATTTATTAGAAG         TTCATAAAAAACCACTTCAGGAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 116325 CTCTGATTTATTAGAAGGTA...CAGTTCATAAAAAACCACTTCAGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGGAGATCGCTGCCATTACTCATGGAGCCTTGCATGGACTAGCCTACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117423 TGGAGATCGCTGCCATTACTCATGGAGCCTTGCATGGACTAGCCTACCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CATTCTCATGCATTGATTCATAG         GGATATTAAAGCAGGAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 117473 CATTCTCATGCATTGATTCATAGGTA...TAGGGATATTAAAGCAGGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TATTCTTCTAACAGAGCCAGGTCAGGTAAAACTAGCTGATTTTGGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119915 TATTCTTCTAACAGAGCCAGGTCAGGTAAAACTAGCTGATTTTGGATCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTTCAATGGCTTCTCCTGCCAACTCCTTCGTGGGCACACCTTACTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 119965 CTTCAATGGCTTCTCCTGCCAACTCCTTCGTGGGCACACCTTACTGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    552      GATGGCTCCAGAGGTGATCTTAGCTATGGATGAAGGACAGTATGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120015 ..TAGGATGGCTCCAGAGGTGATCTTAGCTATGGATGAAGGACAGTATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGGGAAAGTTGATATTTGGTCACTTGGCATCACTTGTATTGAATTGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 121848 TGGGAAAGTTGATATTTGGTCACTTGGCATCACTTGTATTGAATTGGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    644       CGGAACGGAAGCCGCCCCTTTTCAACATGAATGCAATGAGTGCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121898 ...CAGCGGAACGGAAGCCGCCCCTTTTCAACATGAATGCAATGAGTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTATATCACATTGCCCAGAATGACTCCCCAACGTTACAGTCTAATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141502 TTATATCACATTGCCCAGAATGACTCCCCAACGTTACAGTCTAATGAATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738          GACAGACTCCTTTAGGAGATTTGTTGATTACTGCTTGCAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141552 GTA...CAGGACAGACTCCTTTAGGAGATTTGTTGATTACTGCTTGCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AAATACCTCAGGAAAGGCCAACATCAGCAGAACTATTAAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 142614 AAATACCTCAGGAAAGGCCAACATCAGCAGAACTATTAAGGGTA...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CATGACTTTGTTCGACGAGACCGGCCACTACGTGTCCTCATTGACCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154105 CATGACTTTGTTCGACGAGACCGGCCACTACGTGTCCTCATTGACCTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 ACAGAGGACAAAAGATGCAGTTCGTGAGCTAGATAACCTACAGTACCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154155 ACAGAGGACAAAAGATGCAGTTCGTGAGCTAGATAACCTACAGTACCGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AAATGAAAAAAATACTTTTCCAAGAGACACGGAATGGACCCTTGAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154205 AAATGAAAAAAATACTTTTCCAAGAGACACGGAATGGACCCTTGAATGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TCACAGGAGGATGAGGAA         GACAGTGAACATGGAACCAGCCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 154255 TCACAGGAGGATGAGGAAGTA...CAGGACAGTGAACATGGAACCAGCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GAACAGGGAAATGGACAGCCTGGGCAGCAACCATTCCATTCCAAGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156334 GAACAGGGAAATGGACAGCCTGGGCAGCAACCATTCCATTCCAAGCATGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CCGTGAGCACAGGCAGCCAGAGCAGCAGTGTGAACAGCATGCAGGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156384 CCGTGAGCACAGGCAGCCAGAGCAGCAGTGTGAACAGCATGCAGGAAGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATGGACGAGAGCAGTTCCGAACTTGTCATGATGCACGATGACGAAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156434 ATGGACGAGAGCAGTTCCGAACTTGTCATGATGCACGATGACGAAAGCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AATCAATTCCAGCTCCTCCGTCGTGCATAAGAAA         GATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 156484 AATCAATTCCAGCTCCTCCGTCGTGCATAAGAAAGTA...CAGGATCATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TATTCATAAGGGATGAGGCGGGCCACGGCGATCCCAGGCCTGAGCCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165634 TATTCATAAGGGATGAGGCGGGCCACGGCGATCCCAGGCCTGAGCCGCGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CCTACCCAGTCAGTTCAGAGCCAGGCCCTCCACTACCGGAACAGAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165684 CCTACCCAGTCAGTTCAGAGCCAGGCCCTCCACTACCGGAACAGAGAGCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTTTGCCACGATCAAATCAGCATCTTTG         GTTACACGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 165734 CTTTGCCACGATCAAATCAGCATCTTTGGTA...CAGGTTACACGACAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TCCATGAGCATGAGCAGGAGAACGAGTTGCGGGAACAGATGTCAGGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173974 TCCATGAGCATGAGCAGGAGAACGAGTTGCGGGAACAGATGTCAGGTTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AAGCGGATGCGGCGCCAGCACCAGAAGCAGCTGATCGCCCTGGAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174024 AAGCGGATGCGGCGCCAGCACCAGAAGCAGCTGATCGCCCTGGAGAACAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GCTGAAGGCTGAGATGGACGAGCACCGCCTCAAGCTACAGAAGGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174074 GCTGAAGGCTGAGATGGACGAGCACCGCCTCAAGCTACAGAAGGAGGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGACGCATGCCAACAACTCGTCCATCGAGCTGGAGAAGCTGGCCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174124 AGACGCATGCCAACAACTCGTCCATCGAGCTGGAGAAGCTGGCCAAGAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CAAGTGGCTATCATAGAAAAGGAG         GCAAAGGTAGCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 174174 CAAGTGGCTATCATAGAAAAGGAGGTC...CAGGCAAAGGTAGCTGCAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AGATGAGAAGAAGTTCCAGCAACAGATCTTGGCCCAGCAGAAGAAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178256 AGATGAGAAGAAGTTCCAGCAACAGATCTTGGCCCAGCAGAAGAAAGATT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGACAACTTTCTTAGAAAGTCAGAAGAAGCAGTATAAGATTTGTAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178306 TGACAACTTTCTTAGAAAGTCAGAAGAAGCAGTATAAGATTTGTAAGGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 AAAATAAAAGAG         GAAATGAATGAGGACCATAGCACACCCAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 178356 AAAATAAAAGAGGTA...TAGGAAATGAATGAGGACCATAGCACACCCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GAAAGAGAAGCAAGAGCGGATCTCCAAACATAAAGAGAACTTGCAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182937 GAAAGAGAAGCAAGAGCGGATCTCCAAACATAAAGAGAACTTGCAGCACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CACAGGCTGAAGAGGAAGCCCACCTTCTCACTCAACAGAGACTGTACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182987 CACAGGCTGAAGAGGAAGCCCACCTTCTCACTCAACAGAGACTGTACTAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GACAAAAATTGTCGTTTCTTCAAGCGGAAAATAATGATCAAGCGGCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183037 GACAAAAATTGTCGTTTCTTCAAGCGGAAAATAATGATCAAGCGGCACGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GGTGGAGCAGCAGAACATTCGGGAG         GAACTAAATAAAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 183087 GGTGGAGCAGCAGAACATTCGGGAGGTA...CAGGAACTAAATAAAAAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 GGACCCAGAAGGAGATGGAGCATGCCATGCTAATCCGGCACGACGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193557 GGACCCAGAAGGAGATGGAGCATGCCATGCTAATCCGGCACGACGAGTCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 ACCCGAGAGCTAGAGTACAGGCAGCTGCACACGTTACAGAAGCTACGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193607 ACCCGAGAGCTAGAGTACAGGCAGCTGCACACGTTACAGAAGCTACGCAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GGATCTGATCCGTTTACAGCACCAGACGGAACTGGAAAACCAGCTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193657 GGATCTGATCCGTTTACAGCACCAGACGGAACTGGAAAACCAGCTGGAGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 ACAATAAGAGGCGAGAAAGAGAACTGCACAGAAAGCATGTCATGGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193707 ACAATAAGAGGCGAGAAAGAGAACTGCACAGAAAGCATGTCATGGAACTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 CGGCAACAGCCAAAAAACTTAAAG         GCCATGGAAATGCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 193757 CGGCAACAGCCAAAAAACTTAAAGGTA...CAGGCCATGGAAATGCAAAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 TAAAAAACAGTTTCAGGACACTTGCAAAGTACAGACCAAACAGTATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195227 TAAAAAACAGTTTCAGGACACTTGCAAAGTACAGACCAAACAGTATAAAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 CACTCAAGAATCACCAGTTGGAAGTTACTCCAAAGAATGAGCACAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195277 CACTCAAGAATCACCAGTTGGAAGTTACTCCAAAGAATGAGCACAAAACA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 ATCTTAAAGACACTGAAAGATGAGCAGACAAGAAAACTTGCCATTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195327 ATCTTAAAGACACTGAAAGATGAGCAGACAAGAAAACTTGCCATTTTGGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 AGAGCAGTATGAACAGAGTATAAATGAAATGATGGCCTCTCAAGCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 195377 AGAGCAGTATGAACAGAGTATAAATGAAATGATGGCCTCTCAAGCGGTA.

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2353      TTACGGCTAGATGAGGCTCAAGAAGCAGAATGCCAGGCCTTGAGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195427 ..CAGTTACGGCTAGATGAGGCTCAAGAAGCAGAATGCCAGGCCTTGAGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 CTACAGCTCCAGCAGGAAATGGAGCTGCTCAACGCCTACCAGAGCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203204 CTACAGCTCCAGCAGGAAATGGAGCTGCTCAACGCCTACCAGAGCAAAAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 CAAGATGCAAACAGAGGCACAACATGAACGTGAGCTCCAGAAGCTAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203254 CAAGATGCAAACAGAGGCACAACATGAACGTGAGCTCCAGAAGCTAGAGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 AGAGAGTGTCTCTGCGCAGAGCACACCTTGAGCAGAAG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 203304 AGAGAGTGTCTCTGCGCAGAGCACACCTTGAGCAGAAGGTA...CAGATT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 GAAGAGGAGCTGGCTGCCCTTCAGAAGGAACGCAGCGAGAGAATAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204413 GAAGAGGAGCTGGCTGCCCTTCAGAAGGAACGCAGCGAGAGAATAAAGAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 CCTATTGGAAAGGCAAGAGCGAGAGATTGAAACTTTTGACATGGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204463 CCTATTGGAAAGGCAAGAGCGAGAGATTGAAACTTTTGACATGGAGAGCC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 TCAGAATGGGATTTGGGAATTTGGTTACATTAGATTTTCCTAAGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204513 TCAGAATGGGATTTGGGAATTTGGTTACATTAGATTTTCCTAAGGAGGAC

   2850     .
   2689 TACAGA
        ||||||
 204563 TACAGA