seq1 = pF1KE3649.tfa, 1311 bp
seq2 = pF1KE3649/gi568815584f_64886954.tfa (gi568815584f:64886954_65161309), 274356 bp

>pF1KE3649 1311
>gi568815584f:64886954_65161309 (Chr14)

1-144  (100001-100144)   100% ->
145-209  (117296-117360)   100% ->
210-282  (125364-125436)   100% ->
283-374  (128672-128763)   100% ->
375-521  (140500-140646)   100% ->
522-605  (140745-140828)   100% ->
606-692  (145657-145743)   100% ->
693-822  (153837-153966)   100% ->
823-955  (157358-157490)   100% ->
956-1067  (166285-166396)   100% ->
1068-1182  (167622-167736)   100% ->
1183-1311  (174228-174356)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCTCCGAGTTCTTTCACCTACTATTGCCCTCCATCTTCCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCTCCGAGTTCTTTCACCTACTATTGCCCTCCATCTTCCTCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCTGGTCAGAGCCGCTGTACAGTCTGAGGCCCGAGCACGCGCGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTCTGGTCAGAGCCGCTGTACAGTCTGAGGCCCGAGCACGCGCGAGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGTTGCAGGACGACTCGGTGGAAACAGTCACGTCCATAGAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100101 GGTTGCAGGACGACTCGGTGGAAACAGTCACGTCCATAGAACAGGTG...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    145    GCAAAAGTAGAAGAAAAGATCCAAGAGGTCTTCAGTTCTTACAAGTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117293 CAGGCAAAAGTAGAAGAAAAGATCCAAGAGGTCTTCAGTTCTTACAAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACCACCTTGTACCAAG         GCTTGTTTTGCAGAGGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 117343 CAACCACCTTGTACCAAGGTA...CAGGCTTGTTTTGCAGAGGGAGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTTCCATTATCTGAAAAGAGGCCTTCGACAACTGACAGATGCCTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125387 ACTTCCATTATCTGAAAAGAGGCCTTCGACAACTGACAGATGCCTATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283          TGTCTGGATGCCAGCCGCCCATGGCTCTGCTATTGGATCCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125437 GTA...CAGTGTCTGGATGCCAGCCGCCCATGGCTCTGCTATTGGATCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCACAGCTTGGAACTGCTAGATGAACCCATCCCCCAGATAGTGGCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128713 GCACAGCTTGGAACTGCTAGATGAACCCATCCCCCAGATAGTGGCTACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 A         TGTGTGTCAGTTCCTGGAGCTGTGTCAGAGCCCAGAAGGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128763 AGTG...TAGTGTGTGTCAGTTCCTGGAGCTGTGTCAGAGCCCAGAAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGCTTTGGAGGAGGACCCGGTCAGTATCCACACCTTGCACCCACATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140540 GGCTTTGGAGGAGGACCCGGTCAGTATCCACACCTTGCACCCACATATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGCAGTCAATGCATTGTGCATCATTGGCACCGAGGAGGCCTATGACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140590 AGCAGTCAATGCATTGTGCATCATTGGCACCGAGGAGGCCTATGACATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTAACAG         AGAGAAGCTTCTTCAGTATTTGTACTCCCTGAAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140640 TTAACAGGTA...CAGAGAGAAGCTTCTTCAGTATTTGTACTCCCTGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAACCTGACGGCTCCTTTCTCATGCATGTCGGAGGTGAGGTGGATGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140779 CAACCTGACGGCTCCTTTCTCATGCATGTCGGAGGTGAGGTGGATGTGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606          AAGCGCATACTGTGCTGCCTCCGTAGCCTCGCTGACCAACA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140829 GTG...CAGAAGCGCATACTGTGCTGCCTCCGTAGCCTCGCTGACCAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCATCACTCCAGACCTCTTTGAGGGCACTGCTGAATGGATAGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 145698 TCATCACTCCAGACCTCTTTGAGGGCACTGCTGAATGGATAGCAAGGTG.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    693      GTGTCAGAACTGGGAAGGTGGCATTGGCGGGGTACCAGGGATGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145748 ..TAGGTGTCAGAACTGGGAAGGTGGCATTGGCGGGGTACCAGGGATGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGCCCATGGTGGCTATACCTTCTGTGGCCTGGCCGCGCTGGTAATCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153882 AGCCCATGGTGGCTATACCTTCTGTGGCCTGGCCGCGCTGGTAATCCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGAGGGAACGTTCCTTGAACTTGAAGAGCTTATTA         CAATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 153932 AGAGGGAACGTTCCTTGAACTTGAAGAGCTTATTAGTA...CAGCAATGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GTGACAAGCCGGCAGATGCGATTTGAAGGAGGATTTCAGGGCCGCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157364 GTGACAAGCCGGCAGATGCGATTTGAAGGAGGATTTCAGGGCCGCTGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAAGCTGGTGGATGGCTGCTACTCCTTCTGGCAGGCGGGGCTCCTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157414 CAAGCTGGTGGATGGCTGCTACTCCTTCTGGCAGGCGGGGCTCCTGCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGCTCCACCGCGCACTGCACGCCCAAG         GTGACCCTGCCCTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 157464 TGCTCCACCGCGCACTGCACGCCCAAGGTG...CAGGTGACCCTGCCCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AGCATGAGCCACTGGATGTTCCATCAGCAGGCCCTGCAGGAGTACATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166299 AGCATGAGCCACTGGATGTTCCATCAGCAGGCCCTGCAGGAGTACATCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GATGTGCTGCCAGTGCCCTGCGGGGGGGCTTCTGGATAAACCTGGCAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 166349 GATGTGCTGCCAGTGCCCTGCGGGGGGGCTTCTGGATAAACCTGGCAAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1068        GTCGCGTGATTTCTACCACACCTGCTACTGCCTGAGCGGCCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166399 G...CAGGTCGCGTGATTTCTACCACACCTGCTACTGCCTGAGCGGCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TCCATAGCCCAGCACTTCGGCAGCGGAGCCATGTTGCATGATGTGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167665 TCCATAGCCCAGCACTTCGGCAGCGGAGCCATGTTGCATGATGTGGTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGGTGTGCCCGAAAACGCTCTG         CAGCCCACTCACCCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 167715 GGGTGTGCCCGAAAACGCTCTGGTA...CAGCAGCCCACTCACCCAGTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ACAACATTGGACCAGACAAGGTGATCCAGGCCACTACATACTTTCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174247 ACAACATTGGACCAGACAAGGTGATCCAGGCCACTACATACTTTCTACAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAGCCAGTCCCAGGTTTTGAGGAGCTTAAGGATGAGACATCGGCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174297 AAGCCAGTCCCAGGTTTTGAGGAGCTTAAGGATGAGACATCGGCAGAGCC

   1400     .    :
   1302 TGCAACCGAC
        ||||||||||
 174347 TGCAACCGAC