seq1 = pF1KE3648.tfa, 702 bp
seq2 = pF1KE3648/gi568815585r_110423668.tfa (gi568815585r:110423668_110661519), 237852 bp

>pF1KE3648 702
>gi568815585r:110423668_110661519 (Chr13)

(complement)

1-172  (100001-100172)   100% ->
173-702  (137323-137852)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGAAGCCCGACAGCAAGATCGTGCTCCTGGGGGACATGAACGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGAAGCCCGACAGCAAGATCGTGCTCCTGGGGGACATGAACGTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGACGTCGCTGCTGCAGCGGTATATGGAGCGGCGCTTCCCGGACACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGACGTCGCTGCTGCAGCGGTATATGGAGCGGCGCTTCCCGGACACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAGCACGGTGGGCGGCGCCTTCTACCTGAAGCAGTGGCGCTCCTACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAGCACGGTGGGCGGCGCCTTCTACCTGAAGCAGTGGCGCTCCTACAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCTCCATCTGGGACACCGCAG         GGCGGGAGCAGTTCCACGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100151 ATCTCCATCTGGGACACCGCAGGTG...CAGGGCGGGAGCAGTTCCACGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGGGCTCCATGTACTGCCGGGGGGCGGCCGCCATCATCCTCACCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137342 CCTGGGCTCCATGTACTGCCGGGGGGCGGCCGCCATCATCCTCACCTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTGAATCACCGGCAGAGCCTGGTGGAGCTGGAGGACCGGTTCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137392 ATGTGAATCACCGGCAGAGCCTGGTGGAGCTGGAGGACCGGTTCCTGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGACAGACACAGCCAGCAAAGACTGCCTCTTCGCCATCGTGGGGAACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 137442 CTGACAGACACAGCCAGCAAAGACTGCCTCTTTGCCATCGTGGGGAACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGTGGACCTCACTGAGGAGGGGGCCTTGGCGGGCCAGGAGAAGGAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137492 AGTGGACCTCACTGAGGAGGGGGCCTTGGCGGGCCAGGAGAAGGAAGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCAGTCCCAATATGGACGCTGGGGACCGTGTCTCCCCAAGGGCACCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137542 GCAGTCCCAATATGGACGCTGGGGACCGTGTCTCCCCAAGGGCACCTAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGGTGCAGCTGGAGGATGCGGTGGCCCTTTATAAAAAGATCCTCAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137592 CAGGTGCAGCTGGAGGATGCGGTGGCCCTTTATAAAAAGATCCTCAAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAAGATGCTGGATGAGCAGGATGTGCCGGCCGCTGAGCAAATGTGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137642 CAAGATGCTGGATGAGCAGGATGTGCCGGCCGCTGAGCAAATGTGCTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGACCAGCGCCAAGACCGGCTACAATGTGGACCTCCTGTTTGAGACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137692 AGACCAGCGCCAAGACCGGCTACAATGTGGACCTCCTGTTTGAGACCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTTGACCTGGTGGTGCCAATGATCTTACAGCAGAGAGCTGAGAGGCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137742 TTTGACCTGGTGGTGCCAATGATCTTACAGCAGAGAGCTGAGAGGCCGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ACACACAGTGGATATATCCAGTCATAAGCCACCCAAGAGGACCAGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137792 ACACACAGTGGATATATCCAGTCATAAGCCACCCAAGAGGACCAGATCTG

    700     .    :
    692 GGTGTTGTGCC
        |||||||||||
 137842 GGTGTTGTGCC