seq1 = pF1KE3646.tfa, 585 bp
seq2 = pF1KE3646/gi568815580f_9608406.tfa (gi568815580f:9608406_9959322), 350917 bp

>pF1KE3646 585
>gi568815580f:9608406_9959322 (Chr18)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-119  (166873-166952)   100% ->
120-201  (183749-183830)   100% ->
202-273  (205615-205686)   100% ->
274-380  (206711-206817)   100% ->
381-490  (237177-237286)   100% ->
491-585  (250823-250917)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGCGATACGGGAGCTCAAAGTGTGCCTTCTCGGG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGATGGCGATACGGGAGCTCAAAGTGTGCCTTCTCGGGGTG...TAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CACTGGGGTTGGGAAATCAAGCATCGTGTGTCGATTTGTCCAGGATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166875 CACTGGGGTTGGGAAATCAAGCATCGTGTGTCGATTTGTCCAGGATCACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGACCACAACATCAGCCCTACTATTGG         GGCATCTTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 166925 TTGACCACAACATCAGCCCTACTATTGGGTA...CAGGGCATCTTTTATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ACCAAAACTGTGCCTTGTGGAAATGAACTTCACAAGTTCCTCATCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183762 ACCAAAACTGTGCCTTGTGGAAATGAACTTCACAAGTTCCTCATCTGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CACTGCTGGTCAGGAACGG         TTTCATTCATTGGCTCCCATGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 183812 CACTGCTGGTCAGGAACGGGTG...CAGTTTCATTCATTGGCTCCCATGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ACTATCGAGGCTCAGCTGCAGCTGTTATCGTGTATGATATTACCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205637 ACTATCGAGGCTCAGCTGCAGCTGTTATCGTGTATGATATTACCAAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274          GATTCATTTTATACCTTGAAGAAATGGGTCAAGGAGCTGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205687 GTA...TAGGATTCATTTTATACCTTGAAGAAATGGGTCAAGGAGCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGAACATGGTCCAGAAAACATTGTAATGGCCATCGCTGGAAACAAGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206752 AGAACATGGTCCAGAAAACATTGTAATGGCCATCGCTGGAAACAAGTGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACCTCTCAGATATTAG         GGAGGTTCCCCTGAAGGATGCTAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 206802 ACCTCTCAGATATTAGGTA...CAGGGAGGTTCCCCTGAAGGATGCTAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAATACGCTGAATCCATAGGTGCCATCGTGGTTGAGACAAGTGCAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237202 GAATACGCTGAATCCATAGGTGCCATCGTGGTTGAGACAAGTGCAAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGCTATTAATATCGAAGAGCTCTTTCAAGGAATCA         GCCGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 237252 TGCTATTAATATCGAAGAGCTCTTTCAAGGAATCAGTA...CAGGCCGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGATCCCACCCTTGGACCCCCATGAAAATGGAAACAATGGAACAATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250829 AGATCCCACCCTTGGACCCCCATGAAAATGGAAACAATGGAACAATCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .
    547 GTTGAGAAGCCAACCATGCAAGCCAGCCGCCGGTGCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250879 GTTGAGAAGCCAACCATGCAAGCCAGCCGCCGGTGCTGT