seq1 = pF1KE3644.tfa, 1602 bp
seq2 = pF1KE3644/gi568815582r_66703012.tfa (gi568815582r:66703012_66930899), 227888 bp

>pF1KE3644 1602
>gi568815582r:66703012_66930899 (Chr16)

(complement)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-157  (104120-104223)   100% ->
158-218  (104317-104377)   100% ->
219-249  (106015-106045)   100% ->
250-321  (107300-107371)   100% ->
322-401  (107594-107673)   100% ->
402-511  (109341-109450)   100% ->
512-621  (112263-112372)   100% ->
622-684  (113413-113475)   100% ->
685-748  (113872-113935)   100% ->
749-840  (114228-114319)   100% ->
841-900  (117054-117113)   100% ->
901-1034  (117203-117336)   100% ->
1035-1110  (120128-120203)   100% ->
1111-1150  (120487-120526)   100% ->
1151-1237  (121825-121911)   100% ->
1238-1330  (122287-122379)   100% ->
1331-1445  (124874-124988)   100% ->
1446-1495  (125074-125123)   100% ->
1496-1602  (127782-127888)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCAGCTGGGAAAGCTGCTCAAGGAGCAGAAGTACGACCGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCAGCTGGGAAAGCTGCTCAAGGAGCAGAAGTACGACCGGCAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAG         GTTGTGGGGTGATCATGGGCAAGAGGCTTTAGAATCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGGTG...TAGGTTGTGGGGTGATCATGGGCAAGAGGCTTTAGAATCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCATGTTTGCCTAATAAATGCAACAGCCACAGGAACTGAAATTCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104158 CTCATGTTTGCCTAATAAATGCAACAGCCACAGGAACTGAAATTCTTAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACTTGGTACTACCAG         GTATTGGTTCGTTTACAATTATTGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104208 AACTTGGTACTACCAGGTA...CAGGTATTGGTTCGTTTACAATTATTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGGAAATCAGGTCAGCGGAGAAGATGCTGGAAACAA         TTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104342 TGGAAATCAGGTCAGCGGAGAAGATGCTGGAAACAAGTA...TAGTTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCCTTCAAAGAAGCAGTATCGGCAAG         AACCGAGCTGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 106020 TCCTTCAAAGAAGCAGTATCGGCAAGGTA...AAGAACCGAGCTGAAGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GCCATGGAATTCTTACAAGAATTAAATAGCGATGTCTCTGGAAGTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107315 GCCATGGAATTCTTACAAGAATTAAATAGCGATGTCTCTGGAAGTTTTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGAAGAG         AGTCCAGAAAACCTTCTAGACAATGATCCCTCAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107365 GGAAGAGGTA...TAGAGTCCAGAAAACCTTCTAGACAATGATCCCTCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TTTTCTGTAGGTTTACTGTTGTAGTTGCAACTCAGCTTCCTGAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 107628 TTTTCTGTAGGTTTACTGTTGTAGTTGCAACTCAGCTTCCTGAAAGGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    402      CACTTCACTACGCTTAGCAGATGTCCTCTGGAATTCCCAGATTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107678 ..CAGCACTTCACTACGCTTAGCAGATGTCCTCTGGAATTCCCAGATTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TCTTTTGATCTGTAGGACATATGGACTAGTTGGTTATATGAGGATCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109386 TCTTTTGATCTGTAGGACATATGGACTAGTTGGTTATATGAGGATCATTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TAAAAGAACATCCAG         TAATAGAATCTCATCCAGATAATGCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109436 TAAAAGAACATCCAGGTA...CAGTAATAGAATCTCATCCAGATAATGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 TTAGAGGATCTACGACTAGATAAGCCATTTCCTGAACTGAGAGAACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112289 TTAGAGGATCTACGACTAGATAAGCCATTTCCTGAACTGAGAGAACATTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TCAGTCCTATGATTTGGATCATATGGAAAAAAAG         GACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 112339 TCAGTCCTATGATTTGGATCATATGGAAAAAAAGGTT...TAGGACCACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 GTCATACTCCATGGATTGTGATCATAGCTAAATATTTAGCACAGTGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113420 GTCATACTCCATGGATTGTGATCATAGCTAAATATTTAGCACAGTGGTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AGTGAA         ACAAATGGACGAATACCTAAAACGTATAAAGAAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113470 AGTGAAGTA...TAGACAAATGGACGAATACCTAAAACGTATAAAGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 AGAGGACTTCAGAGATTTGATTAGACAAG         GAATTCTAAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 113907 AGAGGACTTCAGAGATTTGATTAGACAAGGTA...TAGGAATTCTAAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 ATGAAAATGGGGCTCCAGAAGATGAAGAGAATTTTGAAGAAGCTATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114240 ATGAAAATGGGGCTCCAGAAGATGAAGAGAATTTTGAAGAAGCTATTAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 AATGTGAACACAGCACTAAATACAACTCAG         ATCCCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 114290 AATGTGAACACAGCACTAAATACAACTCAGGTA...TAGATCCCAAGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 TATTGAAGATATATTTAATGATGATCGCTGCATAAATATCACCAAACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 117065 TATTGAAGATATATTTAATGATGATCGCTGCATAAATATCACCAAACAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901         ACTCCATCATTTTGGATTTTAGCTCGTGCCTTAAAGGAATTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117115 TA...TAGACTCCATCATTTTGGATTTTAGCTCGTGCCTTAAAGGAATTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 GTGGCCAAAGAGGGTCAAGGAAATTTACCTGTTCGAGGCACAATTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117245 GTGGCCAAAGAGGGTCAAGGAAATTTACCTGTTCGAGGCACAATTCCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 TATGATTGCAGATTCAGGCAAATATATAAAACTGCAAAACGT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 117295 TATGATTGCAGATTCAGGCAAATATATAAAACTGCAAAACGTGTA...TA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1035  TTACCGTGAAAAAGCAAAGAAAGATGCTGCCGCTGTGGGTAATCATGTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120127 GTTACCGTGAAAAAGCAAAGAAAGATGCTGCCGCTGTGGGTAATCATGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 GCCAAATTGCTGCAGTCCATTGGCCAG         GCACCAGAGTCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 120177 GCCAAATTGCTGCAGTCCATTGGCCAGGTA...CAGGCACCAGAGTCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1125 TTCAGAGAAAGAATTAAAATTACTCT         GCAGCAATTCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 120501 TTCAGAGAAAGAATTAAAATTACTCTGTA...CAGGCAGCAATTCTGCAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166 TTCTTCGAGTGGTAAGATGTCGATCCTTAGCTGAAGAATATGGTTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121840 TTCTTCGAGTGGTAAGATGTCGATCCTTAGCTGAAGAATATGGTTTGGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216 ACAATTAACAAGGATGAAATTA         TTTCTAGCATGGACAATCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 121890 ACAATTAACAAGGATGAAATTAGTA...CAGTTTCTAGCATGGACAATCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1257 AGATAATGAAATAGTGTTGTACTTAATGTTACGGGCTGTTGATAGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122306 AGATAATGAAATAGTGTTGTACTTAATGTTACGGGCTGTTGATAGATTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1307 ATAAACAACAGGGTAGATATCCAG         GAGTATCTAACTATCAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 122356 ATAAACAACAGGGTAGATATCCAGGTA...TAGGAGTATCTAACTATCAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1348 GTTGAAGAAGATATAGGAAAGTTGAAGTCTTGTCTCACTGGCTTCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124891 GTTGAAGAAGATATAGGAAAGTTGAAGTCTTGTCTCACTGGCTTCCTTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1398 GGAATATGGTTTATCTGTAATGGTGAAAGATGATTATGTCCACGAATT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 124941 GGAATATGGTTTATCTGTAATGGTGAAAGATGATTATGTCCACGAATTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1446        TTGCCGATATGGAGCTGCTGAGCCACATACCATTGCTGCATTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124991 G...TAGTTGCCGATATGGAGCTGCTGAGCCACATACCATTGCTGCATTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1489 TTGGGGG         GAGCTGCTGCTCAAGAGGTCATCAAAATAATCAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125117 TTGGGGGGTG...CAGGAGCTGCTGCTCAAGAGGTCATCAAAATAATCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1530 CAAACAATTTGTAATTTTTAATAATACTTACATTTACAGTGGCATGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127816 CAAACAATTTGTAATTTTTAATAATACTTACATTTACAGTGGCATGTCAC

   1750     .    :    .    :
   1580 AAACTTCAGCAACTTTCCAGTTG
        |||||||||||||||||||||||
 127866 AAACTTCAGCAACTTTCCAGTTG