seq1 = pF1KE3642.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KE3642/gi568815581f_28239522.tfa (gi568815581f:28239522_28444597), 205076 bp

>pF1KE3642 948
>gi568815581f:28239522_28444597 (Chr17)

1-205  (100001-100205)   100% ->
206-375  (100788-100957)   100% ->
376-465  (101716-101805)   100% ->
466-518  (101883-101935)   100% ->
519-714  (102726-102921)   100% ->
715-948  (104843-105076)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGGGGACACCTGCCTGTGCCCAGCCTCAGGGGCCAAGCCCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGGGGACACCTGCCTGTGCCCAGCCTCAGGGGCCAAGCCCAAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTGGCTTCAAGGGAGGAGGGTTGGGCAACAAGTATGTCCAGCTCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTGGCTTCAAGGGAGGAGGGTTGGGCAACAAGTATGTCCAGCTCAACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGCGGCTCTCTGTACTACACCACTGTGCGGGCCCTGACCCGCCACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGCGGCTCTCTGTACTACACCACTGTGCGGGCCCTGACCCGCCACGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCATGCTCAAGGCCATGTTCAGTGGGCGCATGGAGGTGCTGACCGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCATGCTCAAGGCCATGTTCAGTGGGCGCATGGAGGTGCTGACCGACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGAAG         GCTGGATCCTCATAGACCGTTGTGGAAAGCACTTTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAAGGTG...TAGGCTGGATCCTCATAGACCGTTGTGGAAAGCACTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCACCATTTTGAATTACCTCCGAGATGACACCATCACCCTCCCTCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100824 GCACCATTTTGAATTACCTCCGAGATGACACCATCACCCTCCCTCAGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGCAAGAAATCAAGGAATTGATGGCTGAAGCAAAGTATTACCTCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100874 CGGCAAGAAATCAAGGAATTGATGGCTGAAGCAAAGTATTACCTCATCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGGGCTGGTGAATATGTGCCAGAGTGCCCTGCAG         GACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100924 GGGGCTGGTGAATATGTGCCAGAGTGCCCTGCAGGTA...CAGGACAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGACTCCTACCAGCCTGTGTGCAACATCCCCATCATCACATCCCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101723 AGGACTCCTACCAGCCTGTGTGCAACATCCCCATCATCACATCCCTAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGGAGGAGCGGCTCATCGAATCCTCCACCAAG         CCCGTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101773 GAGGAGGAGCGGCTCATCGAATCCTCCACCAAGGTA...CAGCCCGTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAGCTGCTGTACAACAGAAGCAACAACAAGTATTCCTACACCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101891 GAAGCTGCTGTACAACAGAAGCAACAACAAGTATTCCTACACCAGGTA..

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    519     CAACTCTGACGACCACCTGCTGAAAAACATCGAGCTGTTTGACAAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101941 .CAGCAACTCTGACGACCACCTGCTGAAAAACATCGAGCTGTTTGACAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTCTCCCTGCGCTTCAACGGCCGCGTGCTCTTCATCAAGGATGTCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102772 CTCTCCCTGCGCTTCAACGGCCGCGTGCTCTTCATCAAGGATGTCATTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGACGAGATCTGCTGCTGGTCCTTTTATGGCCAGGGCCGTAAGCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102822 TGACGAGATCTGCTGCTGGTCCTTTTATGGCCAGGGCCGTAAGCTGGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGTGTGCTGTACCTCCATCGTGTATGCCACGGAGAAGAAGCAGACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102872 AGGTGTGCTGTACCTCCATCGTGTATGCCACGGAGAAGAAGCAGACCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715          GTGGAATTCCCAGAGGCCCGAATCTATGAGGAGACACTCAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102922 GTG...CAGGTGGAATTCCCAGAGGCCCGAATCTATGAGGAGACACTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGTCCTACTCTATGAGACTCCCCGCGTCCCCGACAACTCCTTGTTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104884 CGTCCTACTCTATGAGACTCCCCGCGTCCCCGACAACTCCTTGTTGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCACAAGCCGTAGCCGCAGCCAGGCTTCCCCCAGTGAAGATGAGGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104934 CCACAAGCCGTAGCCGCAGCCAGGCTTCCCCCAGTGAAGATGAGGAGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTTGAACTGCGGGACCGTGTCCGCCGCATCCACGTCAAGCGCTACAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104984 TTTGAACTGCGGGACCGTGTCCGCCGCATCCACGTCAAGCGCTACAGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TTACGATGACCGGCAGCTCGGCCACCAGTCTACCCATCGCGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105034 TTACGATGACCGGCAGCTCGGCCACCAGTCTACCCATCGCGAC